MethPed公司

用于儿童脑肿瘤亚型鉴定的DNA甲基化分类工具

生物导体版本：释放（3.19）

将儿童肿瘤分为生物学定义的亚型具有挑战性，需要多方面的方法。为此，我们开发了一种基于DNA甲基化谱的诊断分类器。我们提供MethPed作为一个易于使用的工具箱，允许研究人员和临床诊断人员测试单个样本以及大规模队列，以预测儿童脑肿瘤的亚类。当前版本的MethPed可将以下肿瘤诊断/亚组分为：弥漫性桥脑内胶质瘤（DIPG）、室管膜瘤、具有多层玫瑰花结的胚胎肿瘤（ETMR）、胶质母细胞瘤（GBM）、髓母细胞瘤-组3（MB_Gr3）、组4（MB_Gr3）、WNT组（MB_WNT）、SHH组（MB_SHH）和毛细胞星形细胞瘤（PiloAstro）。

作者：Mohammad Tanvir Ahamed[aut，trl]，Anna Danielsson[aut]，Szilárd Nemes[aut

维护人员：海伦娜·卡伦（Helena Carén）<helenacarenlab at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“MethPed”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MethPed”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“MethPed”）

MethPed用户指南	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	分类,DNA甲基化,表观遗传学,免疫肿瘤学,软件
版本	1.32.0
在生物导体中	生物C 3.3（R-3.3）（8年）
许可证	GPL-2型
取决于	R（>=3.0.0），博科生物
进口	随机森林，gr设备，图形，统计
系统要求
统一资源定位地址

建议	生物风格,针织物,降价,插补
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	方法Ped_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	MethPed_1.32.0拉链（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	方法Ped_1.32.0.tgz
macOS二进制（arm64）	方法Ped_1.32.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethPed网址
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：程序包/MethPed
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MethPed网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/MethPed网站/
软件包下载报告	下载统计信息