隐喻
RNA代谢途径分析
生物导体版本：释放（3.19）
MetaPhOR的开发旨在使用户能够使用转录组水平的数据（RNA测序和微阵列数据）评估代谢失调，并生成公开质量数据。DESeq2或limma中的差异表达基因（DEGs）列表（包括折叠变化和p值）可用作输入，MetaPhOR的样本大小，并将生成每个KEGG通路的分数数据框架。这些分数代表了路径中转录变化的大小和方向，以及估计的p值。MetaPhOR然后使用这些分数通过各种机制（包括气泡图、热图和通路模型）可视化样本内和样本间的代谢曲线。
作者：艾米丽·伊森哈特[aut，cre]，斯宾塞·罗萨里奥[aut]
维护人员：艾米丽·伊森哈特（Emily Isenhart）<Emily.Isenhart at roswellpark.org>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“MetaPhOR”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“MetaPhOR”）
细节
| 生物视图 |
差异表达式,基因表达式,KEGG公司,代谢组学,微阵列,路径,RNA序列,排序,软件 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
实用程序，ggplot2,gg排斥,字符串,情势图，grDevices，统计数据，clusterProfiler（群集探查器）,记录链接,RCy3号机组 |
| 系统要求 |
cytoPath（）示例的Cytoscape（>=3.9.0） |
| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
