LR电池
使用Logistic/线性回归进行差异细胞类型变化分析
生物导体版本:释放(3.19)
LRcell的目标是识别特定的亚细胞类型,这些亚细胞类型驱动在大量RNA-seq差异基因表达实验中观察到的变化。为了实现这一点,LRcell利用从单细胞RNA-sequencing(scRNA-seq)获得的一组细胞标记基因作为感兴趣组织中各种细胞类型的指标。接下来,对于每种细胞类型,我们使用其标记基因作为指标,对具有差异表达p值的整套基因应用Logistic回归,以计算细胞类型显著性p值。最后,对这些p值进行比较,以预测哪一个(s)可能与批量RNA-seq实验中观察到的差异基因表达模式有关。LRcell受到Sartor等人开发的LRpath[@sartor2009lrpath]算法的启发,该算法最初设计用于路径/基因集富集分析。LRcell包含三个主要组成部分:LRcell分析、图位生成和标记基因选择。此软件包中的所有模块都是用R编写的。此软件包还提供了前额叶皮层(pFC)人脑区域、人PBMC和九个小鼠脑区域(前额叶皮质、小脑、苍白球、海马、内胚层、后皮质、纹状体、黑质和丘脑)的标记基因。
作者:马文静[cre,aut]
维护人员:马文静(Wenjing Ma)<Wenjing.Ma at emory.edu>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“LRcell”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“LRcell”)
细节
生物视图 |
差异表达式,基因表达式,GeneSet扩展,回归,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.1),实验中心,批注中心 |
进口 |
BiocParallel公司,数字播放器,ggplot2,GG排斥,马格里特,统计数据,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/marvinquiet/LRcell/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。