异贝叶斯
IsoBayes:基于贝叶斯分析的单一异构蛋白推断方法
生物导体版本:释放(3.19)
IsoBayes是一种对单个蛋白质亚型进行推断的贝叶斯方法。我们的方法推断蛋白质亚型的存在/缺失,并估计其丰度;此外,它通过以下方法提供了这些估计的不确定性度量:i)样本中存在蛋白质亚型的后验概率;ii)丰度的后部可信区间。IsoBayes输入液相色谱质谱(MS)数据,可以同时处理PSM计数和强度。如果可用,还将纳入trascript亚型丰度(即TPM):TPM用于制定相应蛋白质亚型相对丰度的信息优先。我们进一步确定蛋白质和转录物相对丰度显著不同的亚型。我们使用两层潜在变量方法来建模MS数据的两个典型不确定性来源:i)肽可能被错误检测(即使没有);ii)许多肽与多种蛋白质亚型相容。在第一层中,我们根据错误检测的估计概率(也称为PEP,即后验错误概率)对每个肽的存在/缺失进行采样。在第二层,对于估计存在的肽,我们将其丰度分配到它们映射到的蛋白质亚型。这两个步骤允许我们恢复每个蛋白质亚型的存在和丰度。
作者:Jordy Bollon[aut]、Simone Tiberi[aut、cre]
维护人员:西蒙·提贝里(Simone Tiberi)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“IsoBayes”)
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文档
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浏览渐晕图(“IsoBayes”)
细节
生物视图 |
交替拼接,贝叶斯主义者,基因表达式,遗传学,质谱学,蛋白质组学,RNA序列,排序,软件,统计方法,可视化 |
版本 |
1.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.18(R-4.3)(0.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
方法,卢比,数据表,胶,统计,do并行,平行,doRNG公司,foreach公司,迭代器,ggplot2,HD间隔,总结性实验,S4载体 |
系统要求 |
C++17 |
统一资源定位地址 |
https://github.com/SimoneTiberi/IsoBayes |
错误报告 |
https://github.com/SimoneTiberi/IsoBayes/issues网站 |
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程序包档案
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