完整的

结合TWAS和克隆化分析进行基因集富集分析


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包将共定位分析中的共定位概率与转录全关联研究(TWAS)扫描汇总统计数据相结合,以牵连可能与复杂性状生物学相关的基因。该软件包中实现的概率框架使用基因级协同定位概率约束基于TWAS扫描z评分的可能性。给定基因集注释,该软件包可以使用TWAS共定位整合步骤的后验概率估计基因集富集。

作者:杰弗里·冈本,小泉文[aut]

维护人员:杰弗里·冈本(Jeffrey Okamoto)

引文(从R中输入引文(“INTACT”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“INTACT”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“INTACT”)
INTACT:整合TWAS和Colocalization分析进行基因集富集 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 贝叶斯主义者,GeneSet扩展,软件
版本 1.4.0
在生物导体中 生物柴油3.17(R-4.3)(1.5年)
许可证 GPL-3+文件许可证
取决于 R(>=4.3.0)
进口 方形,bdsmatrix公司,数字派生,统计,第三年
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/jokamoto97/INTACT网站
错误报告 https://github.com/jokamoto97/INTACT/issues网站
查看更多
建议 仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 INTACT_1.4.0.tar.gz简介
Windows二进制 INTACT_1.4.0.zip(互动_1.4.0.zip)
macOS二进制(x86_64) 互动_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64) 内景_1.4.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/INTACT
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/INTACT
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/INTACT网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/INTACT/
软件包下载报告 下载统计信息