ILoReg公司
ILoReg：一种从scRNA-Seq数据中识别高分辨率细胞群的工具
生物导体版本：释放（3.19）
ILoReg是一种从scRNA-seq数据中识别细胞群的工具。特别是，ILoReg有助于发现具有细微转录组差异的细胞群体。该方法使用一种称为迭代聚类投影（ICP）的自监督学习方法来寻找聚类概率，这些概率在主成分分析（PCA）以及随后的层次聚类和t-SNE步骤之前用于降噪。此外，还提供了差异表达分析功能，以找到群体的基因标记和基因表达可视化。
作者：约翰内斯·斯莫兰德[cre，aut]，西尼·朱蒂拉[aut]
维护人员：约翰内斯·斯莫兰德
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ILoReg”）
对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“ILoReg”）
细节
| 生物视图 |
群集,数据表示,差异表达式,尺寸缩减,基因表达式,RNA序列,单个单元格,软件,转录,转录组学,可视化 |
| 版本 |
1.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.0.0） |
| 进口 |
矩阵，平行，foreach公司,aricode码,利伯里纳,SparseM（备用）,ggplot2,奶牛场,R光谱,乌玛,Rtsne公司,快速群集,平行距离,集群,右旋糖,描述工具,普利尔,规模,情势图,重塑2,数字播放器,doRNG公司,单细胞实验,总结性实验,S4载体，方法，统计信息，doSNOW公司，实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/elolab/ILoReg网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/elolab/ILoReg/issues |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
