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HybridExpress混合动力

杂种及其祖细胞RNA-seq数据的比较分析


生物导体版本:释放(3.19)

HybridExpress可用于对杂种(或异源多倍体)与其祖先物种进行比较转录组学分析。该软件包具有以下功能:对样本分组进行探索性分析,识别杂种相对于其祖先的差异表达基因,将基因分为表达类别(N=12)和类别(N=5),并进行功能分析。我们还为用户提供图形功能,以便无缝创建文献中常用的公开现成图形。

作者:法布里西奥·阿尔梅达·席尔瓦[aut,cre],卢卡斯·普罗斯特·博科恩,伊夫·范·德·佩尔[aut]

维护人员:Fabricio Almeida-Silva<Fabricio_almeidasilva at hotmail.com>

引文(从R中输入引文(“HybridExpress”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“HybridExpress”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“HybridExpress”)
杂种及其后代的比较转录组学分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 分类,差异表达式,功能基因组学,基因表达式,RNA序列,软件,转录组学
版本 1.0.0
在生物导体中 生物C 3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 GPL-3型
取决于 R(>=4.3.0)
进口 ggplot2,拼凑的,爱尔兰航空公司,DESeq2公司,总结性实验,统计数据,方法,R彩色啤酒,复杂热图,gr设备,生物并行
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/almeidasilvaf/HybridExpress网站
错误报告 https://support.bioconductor.org/tag/HybridExpress网站
查看更多
建议 仿生风格,针织物,sessioninfo(会话信息),测试那个(>= 3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 混合快车_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 HybridExpress_1.0.0.zip混合动力
macOS二进制(x86_64) HybridExpress_1.0.0.tgz混合动力
macOS二进制(arm64) 混合快速_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HybridExpress网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/HybridExpress
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/HybridExpress网站/
包短Url https://bioductor.org/packages/HybridExpress/
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