ExpressionAtlas公司

从EMBL-EBI Expression Atlas下载数据集

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包用于在EMBL-EBI Expression Atlas中搜索数据集，并将其下载到R中进行进一步分析。每个Expression Atlas数据集都表示为一个SimpleList对象，每个平台有一个元素。测序数据包含在SummarizedExperiment对象中，而微阵列数据包含在ExpressionSet或MAList对象中。

作者：玛丽亚·凯伊斯，佩德罗·麦德里加[cre]

维护人员：佩德罗·麦德里加（Pedro Madrigal）<pmadrigal at ebi.ac.uk>

引文（从R中输入引文（“ExpressionAtlas”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“ExpressionAtlas”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“ExpressionAtlas”）

ExpressionAtlas公司	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	阵列Express,实验数据,表达式数据,微阵列数据,排序数据,软件
版本	1.32.0
在生物导体中	生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年）
许可证	GPL（>=3）
取决于	R（>=4.2.0），方法，博科生物,总结性实验,利马,S4载体,xml语言2,RCurl（RCurl）,jsonlite公司,仿生风格
进口	实用程序，XML格式,高温气冷堆
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织物,测试那个,rmarkdown公司
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	空间热图
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	表达式Atlas_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	表达式Atlas_1.32.0.zip
macOS二进制（x86_64）	表达式Atlas_1.32.0.tgz
macOS二进制（arm64）	表达式Atlas_1.32.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpressionAtlas网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/ExpressionAtlas
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ExpressionAtlas/
包短Url	https://bioductor.org/packages/ExpressionAtlas（https://bioductor.org/packages/ExpressionAtlas）/
软件包下载报告	下载统计信息