EasyCell类型

注释scRNA-seq数据的细胞类型

生物导体版本：释放（3.19）

我们开发了EasyCellType，它可以通过单元格标记数据库自动检查从Seurat等现有软件获得的输入标记列表。提供了两种用于注释细胞类型的量化方法：基因集富集分析（GSEA）和修改的Fisher精确测试版本。该功能在图形结果中提供注释建议：每个簇的条形图显示候选单元格类型，以及一个点图总结每个簇的前5个重要注释。

作者：李若兴[aut，cre，ctb]，李子怡[ctb]

维护人员：李若兴（Ruoxing Li）<outlook.com>

引文（从R中输入引文（“EasyCellType”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“EasyCellType”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“EasyCellType”）

我的签名	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基因表达式,GeneSet扩展,单个单元格,软件
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.2.0）
进口	clusterProfiler（群集探查器）,数字播放器,对于猫,ggplot2,马格里特,爱尔兰航空公司，统计，组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,注释Dbi,压控变压器(>= 0.6.4),仿生风格
系统要求
统一资源定位地址

建议	针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0),修拉,生物技术经理,开发工具,仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	EasyCellType_1.6.0.tar.gz易用手机
Windows二进制	EasyCellType_1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	EasyCellType_1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	EasyCellType_1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EasyCellType
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/EasyCellType
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EasyCellType/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/EasyCellType/
软件包下载报告	下载统计信息