DepInfeR公司

通过整合体外药物反应分析和药物蛋白分析推断肿瘤特异性癌症依赖性

生物导体版本：释放（3.19）

DepInfeR集成了两个实验上可访问的输入数据矩阵：癌细胞系或原发肿瘤ex-vivo（X）的药物敏感性曲线，以及一组蛋白质的药物亲和力（Y），以推断癌症的分子蛋白依赖性矩阵（ß）。DepInfeR通过正则化多元线性回归来反褶积蛋白质对存活表型的抑制作用。它为每个蛋白质和每个样本指定一个“依赖系数”，因此可以用于获得对异质性疾病中基因组畸变的功能后果的因果和准确理解，以及指导针对特定癌症类型、亚类型、，或单个患者。有关更多信息，请阅读bioRxiv上的预印本：https://doi.org/10.101/2022.01.11.475864。

作者：陆俊彦[aut，cre]，阿里娜·巴兹拉[aut]

维护人员：陆俊彦（Junyan Lu）<jylu1118 at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“DepInfeR”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“DepInfeR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

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浏览幻影（“DepInfeR”）

DepInfeR公司	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	功能基因组学,药物遗传学,药物基因组学,回归,软件
版本	1.8.0
在生物导体中	生物柴油3.15（R-4.2）（2年）
许可证	GPL-3型
取决于	R（>=4.2.0）
进口	矩阵统计,格尔姆奈特，统计，生物并行
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/Huber-group-EMBL/DepInfeR/问题

建议	测试那个(>= 3.0.0),针织物,rmarkdown公司,数字播放器,第三年,易怒的,ggplot2,miss森林,情势图,R彩色啤酒,gg排斥,仿生风格,蜂群
链接到
增强功能
取决于我
导入我
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	DepInfeR_1.8.0.tar.gz公司
Windows二进制	DepInfeR_1.8.0.zip公司
macOS二进制（x86_64）	DepInfeR_1.8.0.tgz公司
macOS二进制（arm64）	DepInfeR_1.8.0.tgz公司
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DepInfeR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/DepInfeR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DepInfeR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/DepInfeR/
软件包下载报告	下载统计信息