可可
坐标协变分析
生物导体版本：释放（3.19）
COCOA是一种了解样本间表观遗传变异的方法。COCOA可用于表观遗传学数据，包括基因组坐标和表观遗传学信号，如DNA甲基化和染色质可及性数据。为了在更高层次上描述该方法，COCOA使用有监督或无监督技术量化样本间差异，然后使用“区域集”数据库注释样本间的差异。区域集是一组共享生物注释的基因组区域，例如转录因子（TF）结合区域、组蛋白修饰区域或开放染色质区域。COCOA可以识别与样本间表观遗传变异相关的区域集，并提高对数据变异的理解。
作者：约翰·劳森[aut，cre]，内森·谢菲尔德[aut](http://www.databio.org)，杰森·史密斯
维护人员：约翰·劳森（John Lawson）<jtl2hk at virginia.edu>
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“COCOA”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
ATACSeq公司,ChIPSeq公司,脱氧核糖核酸甲基化,DNA序列,表观遗传学,功能基因组学,基因调控,基因组注释,基因组变异,免疫肿瘤学,甲基Seq,甲基化阵列,主要组件,排序,软件,系统生物学 |
| 版本 |
2.18.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.8（R-3.5）（6年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=3.5），基因组范围 |
| 进口 |
生物遗传学,S4载体,I范围,数据表,ggplot2,博科生物，统计信息，方法，复杂热图,MIRA公司,第三年、网格、gr设备、，简单缓存,菲迪斯特普卢斯 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://code.databio.org/COCOA/ |
| 错误报告 |
https://github.com/databio/COCOA |
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程序包档案
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