Banksy银行

空间转录组聚类

生物导体版本：释放（3.19）

Banksy是一个R包，它将空间信息整合到特征空间中的聚类细胞中（例如基因表达）。为了合并空间信息，BANKSY计算平均邻域表达和捕获基因表达梯度的方位Gabor滤波器。这些特征与细胞自身的表达相结合，将细胞嵌入到相邻扩增产物空间中，然后可以对其进行聚类，从而实现准确和空间感知的细胞分型和组织域分割。

作者：维普尔·辛哈[aut]，约瑟夫·李[aut，cre]

维护人员：约瑟夫·李（Joseph Lee）<Joseph.Lee at u.nus.edu>

引文（从R中输入引文（“Banksy”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“Banksy”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“Banksy”）

域分割（STARmap PLUS鼠脑）	HTML格式	R脚本
多样本分析（10x人用维生素DLPFC）	HTML格式	R脚本
参数选择（VeraFISH鼠标海马）	HTML格式	R脚本
与Harmony（10x Visium Human DLPFC）的空间数据集成	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	群集,尺寸缩减,基因表达式,单个单元格,软件,空间
版本	1.0.0
在生物导体中	生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月）
许可证	文件许可证
取决于	R（>=4.4.0）
进口	aricode码,数据表,聚类算法,空间实验,单细胞实验,总结性实验,S4载体，统计，矩阵统计,麦克卢斯特,记录仪,厄尔巴,莱登阿尔格（>=1.1.0），实用程序，超高速,Rcpp匈牙利语
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/prabhakarlab/Banksy网站
错误报告	https://github.com/prabhakarlab/Banksy/issues

建议	针织物,市场营销,好友,舷窗,散射,尖叫声,奶牛场,ggplot2,测试那个(>= 3.0.0),和谐,修拉,实验中心,空间LIBD,仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	Banksy_1.0.0.tar.gz银行
Windows二进制	Banksy_1.0.0.zip银行
macOS二进制（x86_64）	Banksy_1.0.0.tgz银行
macOS二进制（arm64）	Banksy_1.0.0.tgz银行
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Banksy网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/Banksy
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Banksy网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/Banksy网站/
软件包下载报告	下载统计信息