SUPERFAMILY 2可从supfam.org网站。拜托联系我们如果你遇到任何问题。
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SUPERFAMILY是所有蛋白质和基因组的结构和功能注释数据库。
SUPERFAMILY注释基于隐马尔可夫模型,代表结构蛋白域SCOP公司超家族水平。超家族将具有进化关系的域组合在一起。注释通过扫描来自2478个完全测序的基因组针对隐马尔可夫模型。
对于每个蛋白质你可以: 提交的序列SCOP分类 查看域组织、序列比对和蛋白质序列详细信息
对于每个基因组你可以: 检查超家族分配、系统发育树、领域组织列表和网络 检查基因组中超家族的过度和不足表达
对于每个超家族你可以: 检查SCOP分类、功能注释、基因本体注释、InterPro抽象和基因组分配 探索生命树中超家族的分类分布
所有注释、模型和数据库转储都可免费用于下载给每个人。描述(续)。
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提交SCOP超家族和家族级分类的蛋白质或DNA序列。
搜索超科、科或种的名称和序列,SCOP公司,偏微分方程或隐藏的马尔可夫模型ID。
完整排序的域分配、对齐和体系结构真核生物的和原核的生物体,以及序列集合.
浏览不寻常的(过度和低估的)超家族和家族,相邻域对列表和图、唯一域对、域组合、,每个生物体的领域结构共生网络和跨分类王国的领域分布。
对于每个基因组:序列数,分配的序列数,分配的序列百分比、总序列覆盖率百分比、分配的域数,分配的超家族数量,分配的家族数量,平均超家族规模,重复产生的百分比、平均序列长度、匹配的平均长度、域对数以及许多独特的域架构。
的功能注释范围1.73超家族,由克里斯汀·沃格尔.
生产您的SCOP域分配使用SUPERFAMILY模型的序列。马丁·马德拉的HMM可视化,例如型号0045110.
当HMM搜索找不到重要匹配时,查找远程域匹配。配置文件比较(中华人民共和国)用于对齐和评分两个剖面隐藏马尔可夫马丁·马德拉的模型
分布式注释服务器,并链接到SUPERFAMILY。
序列、赋值、模型、,MySQL数据库和脚本-每周更新。
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