下载SUPERFAMILY模型、数据库转储和基因组分配
注意：。不再需要在本地安装SUPERFAMILY。相反，您可以使用我们的EC2 AWS云图像.
要从SUPERFAMILY服务器获得下载权限许可协议必须获得，这是免费的学术和商业用途。
有一个短路登记要填写的表格，它可以立即访问下载内容。要访问下载，请按照注册期间提供的说明。
SUPERFAMILY软件包不包括使用这些模型所需的所有软件。这必须从其他地方获得；建议用户考虑山姆和HMMER3型（强烈推荐）。也可以使用PSI-BLAST，但这不适用于任何解析脚本，只有当您真正知道自己在做什么时才建议（注意，解析脚本也不再解析SAM输出）。
- 模型
可以下载HMMER3（/models/hmmlib_1.75.gz）格式的隐藏马尔可夫模型models目录。除了模型库。模型库将随着的每次发布而更新SCOP公司。它也很强大建议获得SCOP公司文件（cla、des、hie）。家庭级分类除了上述SCOP可解析文件。有以下描述如何下载、设置和运行模型.
- 脚本
不再有运行HMM的包装器脚本，只需使用HMMER3中的hmmscan程序即可。有一个重要的脚本强烈建议的解析完整SUPERFAMILY模型库搜索生成的分数和对齐。它位于/scripts/ass3.pl中，设计为在hmmscan（HMMER3）的输出上运行。输出是一个“.ass”文件，其中应包含非冲突域分配。注意：要运行少量序列，请关闭文件检查，因为其中一项检查是针对FASTA文件中最少数量的序列。 此外，您可以通过script/scripts/superfamily.pl运行序列。superfaily.pl脚本是一个包装器，它调用其他几个程序，这些程序将负责形成序列、调用HMMER3、解析和创建html格式的输出版本（使用/scripts/ass_to_html.pl）。你可以检查如何在Amazon云上使用脚本，获取脚本和输出文件的详细说明。
这里还有其他有用的脚本。
- 基因组分配
基因组分配包含在SQL数据库中，但可能也可以在/genemos目录中以平面文件格式访问。文件（/generomes/ass_date.tab）包含所有基因组的基因组分配。文件/genomes/genome.tab包含有关基因组的信息。此目录可能没有启动到目前为止，如果您想要网站上的一些数据，但还没有在下载目录中，然后发送电子邮件超级家庭@mrc-lmb.cam.ac.uk.
- SUPERFAMILY MySQL数据库
SUPERFAMILY数据库有一个MySQL转储（在/sql/supfamdate.sql.gz文件，其中必须替换适当的日期）。其中包含所有基因组分配和相关信息。建议这样做如果要使用基因组分配，则下载并安装。有以下描述如何下载、安装和查询数据库. 依次描述每个数据库表在这里和实体关系模型包括图表。
- SUPERFAMILY模型的种子序列
SCOP域用作构建超家族的种子序列模型可供下载。它们被过滤到不同的级别冗余，可以在/sequences目录中找到。
- EC2 AWS云图像
用于分析FASTA格式蛋白质序列文件的SUPERFAMILY管道已预先安装在适用于Amazon EC2 AWS云计算设施的图像上。你所需要的只是一个亚马逊账户，你可以上传你的序列，并使用一个命令直接运行我们的管道。这比下载和安装SUPERFAMIY软件包要容易得多。之后登记您将可以访问该图像，并且还有如何在Amazon云上使用图像的说明.
这个SCOP可解析文件（cla，des，hie）是理解超级系列使用的SCOP标识符所必需的数据库。可以找到详细描述在这里.
基因组分配和MySQL数据库转储每周更新一次。
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