超级家庭数据库和网站说明
SUPERFAMILY是所有蛋白质和基因组的结构和功能注释数据库。
SUPERFAMILY注释基于隐马尔可夫模型，代表结构蛋白域SCOP公司超家族水平。超家族将具有进化关系的域组合在一起。注释通过扫描来自2478个完全测序的基因组针对隐马尔可夫模型。
对于每个蛋白质你可以：
 提交序列SCOP分类
查看域组织、序列比对和蛋白质序列详细信息
对于每个基因组你可以：
检查超家族分配、系统发育树、领域组织列表和网络
检查基因组中超家族的过度和不足表达
对于每个超家族你可以：
检查SCOP分类、功能注释、基因本体注释、InterPro抽象和基因组分配
探索生命树中超家族的分类分布
所有注释、模型和数据库转储都可免费用于下载给每个人。
SUPERFAMILY是InterPro公司蛋白质注释数据库联盟，并已集成到合奏真核生物基因组计划和的拟南芥信息资源网站迄今为止，超级家族出版物被引用1000多次。SUPERFAMILY已用于结构、功能、进化和系统发育研究项目。
服务器用途
该服务器的目的是为蛋白质提供结构（以及隐含的功能）分配序列主要位于SCOP超家族水平。一个超家族包含所有有共同进化结构证据的蛋白质祖先。这项服务提供的是复杂且专业的远程同源性检测。它是什么不提供的是速度上的改进或结构未知的超家族的分配。
有一个设施计算你自己的DNA或蛋白质序列的分配，并且可以访问基因组分配和SCOP的多序列比对超家族.如果您对运行大量序列感兴趣，那么请不要犹豫通过联系我们超级家庭@mrc-lmb.cam.ac.uk.
该网站包括各种服务，如所有蛋白质分配的域结构和比对细节、可搜索的域组合、域发生网络可视化、通过与其他基因组的比较检测给定基因组的过度或低表达超家族，分配手动提交的序列和关键字搜索。
序列搜索描述
序列搜索方法使用一个库（涵盖所有已知结构的蛋白质），其中包括1962SCOP 1.75（范围1.75）从类a到类g的超家族。每个超家族都由组隐马尔可夫模型。将分配您的查询序列所有模型的e-value分数，将返回有意义的分数。每一个序列都可能超家族不止一次，因为每个超家族都有几个重叠的模型，然而对超家族的打击是有意义的。每个模型都是从一个种子序列创建的，该种子序列与许多超家族同源物。模型是根据路线构建的（请参见山姆网站获取详细解释）。对模型的成功不是对种子的成功，而是对超级家族的成功哪个型号代表。您可以查看序列对齐的到表示对超家族的看法，尽管它可能偏向于种子。你也可以看到基因组作业对于每个超家族或查看基因组比对序列。
SUPERFAMILY服务器基于1.75版SCOP公司结构分类蛋白质，来自ASTRAL公司、和山姆和HMMER3型隐马尔可夫模型软件包。 比较基因组学工具
SUPERFAMILY网站提供了一些比较基因组学工具，用于分析生命树上的超家族和家族域。这些工具包括：异常列表（过度和不足表示）超家族和家族，相邻域对列表和图，唯一域对，域组合、域体系结构共生网络和跨分类王国的域分布每个有机体。有关这些工具的功能以及如何使用它们的详细说明，请访问比较基因组学第页。
下载
下载一经申请即可免费使用许可证。模型库、基因组分配和一些软件可用。基因组分配每周更新一次。有低流量公告邮件列表更新/更改通知。
引文
要求使用本项目结果进行出版的团体引用：
可以找到SUPERFAMILY出版物的详细列表在这里.
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