SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

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包含domain-like超家族的发夹环

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: 小蛋白质[56992个](90)
折叠: 包含类域的发夹环[ 57413]
超级家族:   包含类域的发夹环[ 57414] (3)
家庭: 包含域的发夹环[ 57415]
  抗platelet蛋白[ 64556]
  平移模块(APPLE域)[ 82901]


超级家庭统计
基因组学(329) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
3,377 11,175 8
蛋白质类 2,223 6,909 8


功能注释
一般类别 其他
详细类别 未知函数

文件:
SCOP结构域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)作用于肽键(肽水解酶)0信息最少直接
酶委员会(EC)丝氨酸内肽酶0信息量适中直接
酶委员会(EC)血浆蛋白0高度信息化直接

文件:SCOP域的EC注释

疾病本体(DO)

(显示详细信息)
DO术语FDR(全部)SDDO级别注释(直接或继承)
疾病本体(DO)造血系统疾病0.001685信息量适中继承
疾病本体(DO)动脉疾病0.002706信息量适中继承
疾病本体(DO)心肌梗死0.00004987信息直接
疾病本体(DO)血栓形成倾向0.00000003476高度信息化直接

文件:SCOP域的DO注释

人类表型(HP)

(显示详细信息)
HP术语FDR(全部)SDHP水平注释(直接或继承)
表型异常(PA)血液和造血组织异常0.03549信息量适中继承
表型异常(PA)混凝级联异常0.00002212信息直接

文件:SCOP域的HP注释

小鼠表型(MP)

(显示详细信息)
MP术语FDR(全部)SDMP级别注释(直接或继承)
哺乳动物表型(MP)造血系统表型0信息最少直接
哺乳动物表型(MP)肝胆系统表型0信息量适中直接

文件:SCOP域的MP注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息) 文件:SCOP域的WP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)水解酶类0.00000001644信息最少直接
酶委员会(EC)作用于肽键(肽酶)0信息量适中直接
酶委员会(EC)丝氨酸内肽酶0信息直接

文件:SCOP域的EC注释

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内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐4种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列的相同性小于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的域组合,包括包含类域域的发夹环。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有4个隐马尔可夫模型表示包含类域超家族的发夹环。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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