SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

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Serpins超家族

SCOP分类
根目录: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: 多域蛋白质(α和β)[ 56572] (66)
折叠: 塞尔维亚语[ 56573]
超级家族:   塞尔维亚语[ 56574]
家庭: 塞尔维亚语[ 56575] (16)


超级家庭统计
基因组学(483) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
5,703 19,390 63
蛋白质类 5397个 18,564 63


功能注释
一般类别 流程_IC
详细类别 蛋白酵素

文件:
SCOP结构域超家族的功能注释

疾病本体(DO)

(显示详细信息)
DO术语FDR(全部)SDDO级别注释(直接或继承)
疾病本体(DO)造血系统疾病0.162信息量适中继承
疾病本体(DO)泌尿系统疾病0.2106信息量适中继承
疾病本体(DO)血栓形成倾向0.000006625高度信息化直接

文件:SCOP域的DO注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息)
WP术语FDR(全部)SDWP水平注释(直接或继承)
蠕虫表型(WP)细胞周成分发育变异0.00001672信息量适中直接
蠕虫表型(WP)基底膜重塑变异体0.000004186信息直接

文件:SCOP域的WP注释

飞行解剖学(FA)

(显示详细信息)
FA术语FDR(全部)SDFA级别注释(直接或继承)
飞行解剖学(FA)器官系统细分0信息最少直接
飞行解剖学(FA)珠被区0信息量适中直接

文件:SCOP域的FA注释

爪蟾解剖学(XA)

(显示详细信息)
XA术语FDR(全部)SDXA级别注释(直接或继承)
爪蟾发育阶段(XDE)胚胎后阶段0.004723信息最少继承
爪蟾发育阶段(XDE)高潮阶段0.0006321信息量适中直接
爪蟾发育阶段(XDE)NF阶段620.0004549高度信息化直接
爪蟾发育阶段(XDE)变形前阶段0.07778高度信息化继承

文件:SCOP域的XA注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息) 文件:SCOP域的AP注释

InterPro注释
交叉引用 IPR000215型 SSF56574号 蛋白质匹配
摘要

Serpins(血清蛋白酶抑制剂)[公共医学14705960,公共医学2690952,公共医学8417965]属于MEROPS抑制剂家族I4,家族ID。Serpins是一种主要被称为不可逆丝氨酸蛋白酶抑制剂的蛋白质,对S1、S8和C14肽酶具有活性。细胞外和细胞内都有蛇毒蛋白,除了真菌外,在所有生物体中都能找到[公共医学11116082,公共医学12411597]. 与“刚性”蛋白酶抑制剂(如Kunitz或Kazal家族的蛋白酶抑制剂)相比,蛇蛋白是亚稳蛋白(活性蛋白),它与底物相互作用,在主要构象变化时不可逆地捕获酰基中间体[公共医学11116079]; 它们最好被描述为自杀底物抑制剂。这些蛋白质的共同结构是一个多域折叠,包含一束8或9个α螺旋和一个由3个β片组成的β三明治。反应中心环(RCL)位于这些蛋白质的C末端。

Serpins及其同系物是一组高分子量(40至50kDa)结构相关的蛋白质,参与许多基本生物过程,如凝血、补体激活、纤溶、血管生成、炎症、肿瘤抑制和激素转运。所有已知的蛇蛋白被分为16个分支和10个孤儿序列;脊椎动物蛇可以方便地分为六个亚类[公共医学11116082]. 在人类血浆中,它们约占总蛋白的2%,其中70%是α-1-抗胰蛋白酶。基于强烈的序列相似性已知的抑制活性也属于该家族,包括:血管紧张素原、皮质类固醇结合球蛋白和甲状腺素结合球蛋白[公共医学12824063].


InterPro数据库


关于配体、序列和结构基序的PDBeMotif信息
交叉引用 PDB条目
配体结合统计
核酸结合统计
二级结构元素的出现
小型三维结构图案的出现

PDBeMotif资源

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内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。


序列对齐38款单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列的相同性小于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质包括Serpins域的不同域组合。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有38个隐马尔可夫模型代表Serpins超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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