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L结构域样超家族

SCOP分类
根: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: α和β蛋白(a/b)[51349个] (147)
折叠: 富含亮氨酸的重复序列,LRR(右手β-α超螺旋)[ 52046] (3)
超级家族:   L类域名[ 52058] (8)
家庭: 内部LRR域[ 52059] (3)
  富含亮氨酸的效应蛋白YopM[ 69433]
  Ngr外域样[ 75142] (6)
  聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白PGIP[ 89569]
  Rab香叶基香叶酰基转移酶α亚单位,C末端结构域[ 52062]
  mRNA输出因子tap[ 52065]
  U2A’-类似[ 52068]
  L域[ 52071] (5)


超级家庭统计
基因组(1,419) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
119,601 298,005 63
蛋白质 93,513 237,507 49


功能注释
一般类别 概述
详细类别 概述

文档:
SCOP域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)作用于酯键0.00000756信息最少直接
酶委员会(EC)裂解酶1信息最少继承
酶委员会(EC)氧化还原酶类1信息最少继承
酶委员会(EC)蛋白质-氨基酸/苏氨酸激酶0信息量适中直接
酶委员会(EC)磷酸单酯水解酶0.3857信息量适中继承
酶委员会(EC)受体蛋白酪氨酸激酶0信息直接
酶委员会(EC)磷蛋白磷酸酶0.00000000441信息直接
酶委员会(EC)过氧化物酶0.0001357信息直接
酶委员会(EC)磷氧裂解酶1信息继承
酶委员会(EC)聚(A)特异性核糖核酸酶0高度信息化直接
酶委员会(EC)腺苷酸环化酶0.00000000003813高度信息化直接
酶委员会(EC)过氧化物酶0.0000000001091高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

疾病本体论

(显示详细信息)
DO术语FDR(全部)SDDO级别注释(直接或继承)
疾病本体论神经系统疾病0.05437信息最少继承
疾病本体论造血系统疾病0.2511信息量适中继承
疾病本体论感觉系统疾病0.3445信息量适中继承
疾病本体论传染源性疾病0.6163信息量适中继承
疾病本体论近视0.0009218信息直接
疾病本体论遗传性凝血病0.004274信息继承
疾病本体论丝虫病0.000004058高度信息化直接
疾病本体论机会性真菌病0.0001611高度信息化直接

文档:SCOP域的DO注释

人类表型(HP)

(显示详细信息)
HP术语FDR(全部)SDHP水平注释(直接或继承)
外显率不完全0信息直接
表型异常(PA)心血管系统异常0.7182信息最少继承
表型异常(PA)消化系统异常0.7673信息最少继承
表型异常(PA)头部异常0.7828信息最少继承
表型异常(PA)泌尿生殖系统异常0.8311信息最少继承
表型异常(PA)代谢/体内平衡异常0.9945信息最少继承
表型异常(PA)心血管系统生理异常0.3892信息量适中继承
表型异常(PA)上尿路异常0.7057信息量适中继承
表型异常(PA)泌尿系统生理异常0.713信息量适中继承
表型异常(PA)消化系统生理异常0.7267信息量适中继承
表型异常(PA)胃肠道异常0.92信息量适中继承
表型异常(PA)血液和造血组织异常1信息量适中继承
表型异常(PA)尿细胞学异常0.05824信息继承
表型异常(PA)凝血级联异常0.1235信息继承
表型异常(PA)血液循环异常0.4164信息继承
表型异常(PA)异常血小板形态0.4819信息继承
表型异常(PA)肾脏生理异常0.5288信息继承
表型异常(PA)肾形态异常0.593信息继承
表型异常(PA)鼻子异常0.699信息继承
表型异常(PA)胃肠道功能异常0.7127信息继承
表型异常(PA)异常出血0.7761信息继承
表型异常(PA)手术后长时间出血0.0007119高度信息化直接
表型异常(PA)鼻出血0.06598高度信息化继承
表型异常(PA)胃肠道出血0.1552高度信息化继承
表型异常(PA)骨髓细胞形态异常0.2111高度信息化继承
表型异常(PA)血小板减少0.362高度信息化继承

文档:SCOP域的HP注释

小鼠表型(MP)

(显示详细信息)
MP术语FDR(全部)SDMP级别注释(直接或继承)
哺乳动物表型(MP)神经系统表型0.1702信息最少继承
哺乳动物表型(MP)免疫系统表型0.6118信息最少继承
哺乳动物表型(MP)造血系统表型0.975信息最少继承
哺乳动物表型(MP)生长/大小/身体部位表型0.9941信息最少继承
哺乳动物表型(MP)表皮表型0.2158信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)异常的专业抗原呈递细胞生理学0.2853信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)骨骼形态异常0.458信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)异常肌肉形态0.4963信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)白细胞生理异常0.6645信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)眼睛形态异常0.692信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)神经系统生理异常0.8206信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)肌肉生理异常0.8595信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)免疫血清蛋白生理异常0.8717信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)出生后生长/体重/体型异常0.9037信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)生殖系统形态异常0.9424信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)巨噬细胞生理异常0.03856信息继承
哺乳动物表型(MP)脊髓形态异常0.04031信息继承
哺乳动物表型(MP)异常致密骨形态0.05819信息继承
哺乳动物表型(MP)眼前段形态异常0.2008信息继承
哺乳动物表型(MP)异常皮肤生理0.2452信息继承
哺乳动物表型(MP)白细胞介素分泌异常0.3088信息继承
哺乳动物表型(MP)男性内生殖器形态异常0.6241信息继承
哺乳动物表型(MP)白细胞介素-12b分泌减少0.0001083高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)异常皮肤拉伸强度0.0001238高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)脊髓腹连合形态异常0.0002486高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)肌腱形态异常0.0003413高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)巨噬细胞细胞因子生成减少0.0005058高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)神经系统异常再生0.0006055高度信息化直接
哺乳动物表型(MP)角膜形态异常0.004873高度信息化继承
哺乳动物表型(MP)附睾形态异常0.05779高度信息化继承
哺乳动物表型(MP)异常的减肥敏感性0.06716高度信息化继承
哺乳动物表型(MP)脊髓白质形态异常0.1342高度信息化继承
哺乳动物表型(MP)骨量减少0.2104高度信息化继承

文档:SCOP域的MP注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息)
WP术语FDR(全部)SDWP水平注释(直接或继承)
蠕虫表型(WP)细胞形态变异1信息最少继承

文档:SCOP域的WP注释

酵母表型(YP)

(显示详细信息) 文档:SCOP域的YP注释

飞行解剖学(FA)

(显示详细信息)
FA术语FDR(全部)SDFA级别注释(直接或继承)
飞行解剖学(FA)成人0.1279信息最少继承
飞行解剖学(FA)幼虫0.1861信息最少继承
飞行解剖学(FA)细胞0.2316信息最少继承
飞行解剖学(FA)神经系统0.5424信息最少继承
飞行解剖学(FA)神经元0.157信息量适中继承

文档:SCOP域的FA注释

斑马鱼解剖学(ZA)

(显示详细信息)
ZA术语FDR(全部)SDZA等级注释(直接或继承)
斑马鱼解剖学(ZA)多组织结构0.06648信息最少继承
斑马鱼解剖学(ZA)有机体细分0.6483信息最少继承
斑马鱼解剖学(ZA)表面结构0.8305信息继承
斑马鱼解剖学(ZA)表皮0.1827高度信息化继承

文档:SCOP域的ZA注释

爪蟾解剖学(XA)

(显示详细信息)
XA术语FDR(全部)SDXA级别注释(直接或继承)
爪蟾发育阶段(XDE)胚胎期0.0005789信息量适中直接
爪蟾发育阶段(XDE)尾芽早期0.1243高度信息化继承

文档:SCOP域的XA注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息)
AP术语FDR(全部)SDAP级别注释(直接或继承)
植物非原子实体(PAN)分生组织部分1信息最少继承

文档:SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)转移含磷基团0信息最少直接
酶委员会(EC)氧化还原酶类1信息最少继承
酶委员会(EC)水解酶类1信息最少继承
酶委员会(EC)裂解酶1信息最少继承
酶委员会(EC)蛋白质-氨基酸/苏氨酸激酶0信息量适中直接
酶委员会(EC)氨酰转移酶类0.00000197信息量适中直接
酶委员会(EC)糖基化酶0.4375信息量适中继承
酶委员会(EC)磷酸单酯水解酶0.7469信息量适中继承
酶委员会(EC)蛋白质酪氨酸激酶0信息直接
酶委员会(EC)非特异性丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶0信息直接
酶委员会(EC)产生5'-磷酸单酯的外核糖核酸酶0信息直接
酶委员会(EC)环型E3泛素转移酶0.0000000007957信息直接
酶委员会(EC)水解N-糖基化合物0.000584信息直接
酶委员会(EC)作为受体作用于过氧化物0.0006561信息直接
酶委员会(EC)转移烷基或芳基,甲基除外1信息继承
酶委员会(EC)磷氧裂解酶1信息继承
酶委员会(EC)受体蛋白酪氨酸激酶0高度信息化直接
酶委员会(EC)聚(A)特异性核糖核酸酶0高度信息化直接
酶委员会(EC)ADP-核糖基环化酶/环ADP-核糖水解酶5.111e-16节高度信息化直接
酶委员会(EC)腺苷酸环化酶0.00000001751高度信息化直接
酶委员会(EC)蛋白质-氨基酸/苏氨酸磷酸酶0.00000003554高度信息化直接

文档:SCOP域的EC注释

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内部数据库链接

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浏览和查看基因组中具有不同的域组合,包括L类域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有50个隐马尔可夫模型代表L域类超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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