SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

超级家族2可访问supfam.org。拜托联系我们如果你遇到任何问题。

主页>SCOP层次结构>细胞因子超家族

细胞因子超家族

根：	SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别：	所有β蛋白[ 48724] (174)
折叠：	β-三叶草[ 50352] (8)
超级家族:	细胞因子[ 50353] (2)
家庭：	成纤维细胞生长因子（FGF）[ 50354] (9)
	白细胞介素-1（IL-1）[ 50362] (5)

超级家庭统计

	基因组(149)	Uniprot 2018_03基因组	PDB链（SCOP1.75)
域	2,549	6,821	61
蛋白质	2,494	6,688	61

功能注释

一般类别	流程_EC
详细类别	免疫应答

文档：SCOP域超家族的功能注释

疾病本体（DO）

(显示详细信息)

	DO术语	FDR（全部）	SDDO级别	注释（直接或继承）
疾病本体（DO）	神经系统疾病	0.4928	信息最少	继承
疾病本体（DO）	皮肤病	0.0007937	信息量适中	直接
疾病本体（DO）	下呼吸道疾病	0.02945	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	过敏反应Ⅱ型疾病	0.04386	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	胃肠系统疾病	0.1029	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	感觉系统疾病	0.1874	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	造血系统疾病	0.2079	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	传染源性疾病	0.501	信息量适中	继承
疾病本体（DO）	牙周病	0.00001112	信息	直接
疾病本体（DO）	身体紊乱	0.00002179	信息	直接
疾病本体（DO）	大疱性类天疱疮	0.00009262	信息	直接
疾病本体（DO）	出血性疾病	0.001274	信息	继承
疾病本体（DO）	女性生殖系统疾病	0.001654	信息	继承
疾病本体（DO）	寄生原生动物传染病	0.006546	信息	继承
疾病本体（DO）	间质性肺病	0.02485	信息	继承
疾病本体（DO）	紫癜	0.0001123	高度信息化	直接
疾病本体（DO）	白塞病	0.0001417	高度信息化	直接
疾病本体（DO）	阻塞性肺病	0.0001429	高度信息化	直接
疾病本体（DO）	原发性开角型青光眼	0.0002982	高度信息化	直接
疾病本体（DO）	子宫内膜异位症	0.0004511	高度信息化	直接

文档：SCOP域的DO注释

人类表型（HP）

(显示详细信息)

	HP术语	FDR（全部）	SDHP水平	注释（直接或继承）
表型异常（PA）	泌尿生殖系统异常	0.8572	信息最少	继承
表型异常（PA）	上尿路异常	0.4331	信息量适中	继承
表型异常（PA）	肾脏形态异常	0.2343	信息	继承

文档：SCOP域的HP注释

小鼠表型（MP）

(显示详细信息)

	MP术语	FDR（全部）	SDMP级别	注释（直接或继承）
哺乳动物表型（MP）	心血管系统表型	0.03965	信息最少	继承
哺乳动物表型（MP）	细胞表型	0.3951	信息最少	继承
哺乳动物表型（MP）	异常内稳态	0.9624	信息最少	继承
哺乳动物表型（MP）	表皮表型	0.001134	信息量适中	继承
哺乳动物表型（MP）	血管形态异常	0.01573	信息量适中	继承
哺乳动物表型（MP）	听力/前庭/耳表型	0.07072	信息量适中	继承
哺乳动物表型（MP）	胚胎表型	0.2771	信息量适中	继承
哺乳动物表型（MP）	心脏形态异常	0.8141	信息量适中	继承
哺乳动物表型（MP）	肢体形态异常	0.01333	信息	继承
哺乳动物表型（MP）	全身动脉形态异常	0.1519	信息	继承
哺乳动物表型（MP）	异常涂层外观	1	信息	继承
哺乳动物表型（MP）	右锁骨下动脉形态异常	0.0002683	高度信息化	直接
哺乳动物表型（MP）	心房形态异常	0.0006339	高度信息化	直接
哺乳动物表型（MP）	体温稳态异常	0.0008147	高度信息化	直接
哺乳动物表型（MP）	主动脉弓形态异常	0.005403	高度信息化	继承
哺乳动物表型（MP）	前肢形态异常	0.06631	高度信息化	继承
哺乳动物表型（MP）	毛发异常生长	0.1858	高度信息化	继承

文档：SCOP域的MP注释

苍蝇表型（FP）

(显示详细信息)

	FP术语	FDR（全部）	SDFP级别	注释（直接或继承）
苍蝇表型（FP）	死亡率增加	0	信息最少	直接
苍蝇表型（FP）	电池编号有缺陷	0	信息	直接
苍蝇表型（FP）	细胞迁移缺陷	0	高度信息化	直接

文档：SCOP域的FP注释

飞行解剖学（FA）

(显示详细信息)

	FA术语	FDR（全部）	SDFA级别	注释（直接或继承）
飞行解剖学（FA）	幼虫	0	信息最少	直接
飞行解剖学（FA）	神经系统	0	信息最少	直接
飞行解剖学（FA）	细胞	0	信息最少	直接
飞行解剖学（FA）	有机体细分	0	信息最少	直接
飞行解剖学（FA）	器官系统细分	0	信息最少	直接
飞行解剖学（FA）	胚胎	0	信息量适中	直接
飞行解剖学（FA）	中枢神经系统	0	信息量适中	直接
飞行解剖学（FA）	腹段	0	信息	直接
飞行解剖学（FA）	扩展生殖带胚胎	0	信息	直接
飞行解剖学（FA）	背侧闭合胚胎	0	信息	直接
飞行解剖学（FA）	原基	0	信息	直接
飞行解剖学（FA）	CNS胶质细胞	0	高度信息化	直接
飞行解剖学（FA）	晚期扩展生殖带胚胎	0	高度信息化	直接
飞行解剖学（FA）	早期扩展生殖带胚胎	0	高度信息化	直接

文档：SCOP域的FA注释

斑马鱼解剖学（ZA）

(显示详细信息)

	ZA术语	FDR（全部）	SDZA等级	注释（直接或继承）
斑马鱼解剖学（ZA）	有机体细分	0.3058	信息最少	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	复合器官	0.5203	信息最少	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	解剖簇	0.3834	信息量适中	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	头	0.763	信息量适中	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	骨骼系统	0.007094	信息	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	表面结构	0.01154	信息	继承
斑马鱼解剖学（ZA）	胸鳍	0.0001613	高度信息化	直接
斑马鱼解剖学（ZA）	嗅觉区	0.0009129	高度信息化	直接
斑马鱼解剖学（ZA）	骨元素	0.1827	高度信息化	继承

文档：SCOP域的ZA注释

爪蟾解剖学（XA）

(显示详细信息)

	XA术语	FDR（全部）	SDXA级别	注释（直接或继承）
爪蟾非原子实体（XAN）	胚胎	0	信息最少	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	神经系统	0	信息最少	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	头	0	信息最少	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	组织	0	信息最少	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	空泡复合器官	0.301	信息最少	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	感觉系统	0	信息量适中	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	胚胎结构	0.0000003357	信息量适中	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	多组织结构	0.000001004	信息量适中	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	肌肉骨骼系统	0.003125	信息量适中	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	脑	0.08471	信息量适中	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	外胚层	0.13	信息量适中	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	眼睛	0.000000002703	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	中胚层	0.0000007824	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	咽部	0.000008729	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	神经嵴	0.00001844	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	解剖方向	0.00003891	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	脊索	0.0001018	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	前脑	0.0002849	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	表面结构	0.0003061	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	颅板	0.0009979	信息	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	外周神经系统	0.00103	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	间充质	0.001179	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	尾	0.002016	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	前庭听觉系统	0.1236	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	骨骼系统	0.181	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	肢	0.7907	信息	继承
爪蟾非原子实体（XAN）	神经管	0.0000000365	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	神经原板	0.000001571	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	骨盆附件	0.000008323	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	颅神经嵴	0.00001556	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	尾端	0.00002191	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	眼前中胚层	0.00002426	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	神经节	0.00006683	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	芽基	0.0001532	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	头盖骨	0.0004686	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	尾芽	0.0009121	高度信息化	直接
爪蟾非原子实体（XAN）	肢芽	0.001736	高度信息化	继承
爪蟾发育阶段（XDE）	胚胎期	0.02532	信息量适中	继承
爪蟾发育阶段（XDE）	尾芽晚期	0.5896	信息	继承
爪蟾发育阶段（XDE）	NF阶段40	0.00002451	高度信息化	直接

文档：SCOP域的XA注释

InterPro注释

交叉引用知识产权008996 SSF50353型蛋白质匹配

摘要
人碱性成纤维细胞生长因子（hFGF-2）1是一种由不同细胞类型合成的球形单链肝素结合多肽，参与细胞增殖和分化过程。通过x射线晶体学测定hFGF-2的三维结构，发现了一种不含任何二硫键的复合全β片蛋白。整体结构与白细胞介素-1的折叠具有很强的同源性，可以描述为三个拓扑单元组成的三角金字塔，每个拓扑单元由四个反平行β-片组成，从而使分子内部具有伪三重对称性。这两种蛋白质只有10-13%的序列一致性，但其碳骨架的重叠涉及12条β-片链中的9条，包括包含分子N端和C端区域的反平行β-片[10567376]。

InterPro数据库

关于配体、序列和结构基序的PDBeMotif信息

交叉引用	PDB条目配体结合统计核酸结合统计二级结构元素的出现小型3D结构图案的出现

PDBeMotif资源

跳转到[页面顶部·SCOP分类·InterPro注释·PDBeMotif链接·功能注释·疾病本体（DO）·人类表型（HP）·小鼠表型（MP）·苍蝇表型（FP）·飞行解剖学（FA）·斑马鱼解剖学（ZA）·爪蟾解剖学（XA）]

内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于超家族水平上所有基因组的外SCOP域分配。

序列对齐33种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示，但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列，或粘贴或上传您自己的序列。

浏览和查看具有以下特征的基因组中的蛋白质不同的结构域组合，包括细胞因子结构域。

检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象，即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。

探索域发生网络，其中节点表示基因组，边缘是包含感兴趣超家族的域架构（基因组之间共享）。

有33个隐马尔可夫模型代表细胞因子超家族。关于如何构建模型的信息，以及显示疏水性，匹配发射概率和插入/删除概率可以检查。

跳转到[页面顶部·SCOP分类·InterPro注释·PDBeMotif链接·功能注释·疾病本体（DO）·人类表型（HP）·小鼠表型（MP）·苍蝇表型（FP）·飞行解剖学（FA）·斑马鱼解剖学（ZA）·爪蟾解剖学（XA）·内部数据库链接]