SUPERFAMILY 1.75 HMM库和基因组分配服务器

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铜氧还蛋白超家族

SCOP分类
根: SUPERFAMILY中的SCOP层次结构[ 0] (11)
类别: 所有β蛋白[ 48724] (174)
折叠: 类铜氧还蛋白[ 49502] (2)
超级家族:   铜氧还蛋白类[ 49503] (7)
家庭: 塑性蓝蛋白/类天青蛋白[ 49504](9)
  硝基异氰[ 63392] (2)
  细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ的周质结构域[ 49541] (2)
  多结构域铜氧还蛋白[ 49550] (7)
  Ephrin外结构域[ 74874] (2)
  肽基精氨酸脱氨酶Pad4,N-末端结构域[ 110107]
  SO1698类[ 141095]


超级家庭统计
基因组学(2,462) Uniprot 2018_03基因组 PDB链(SCOP1.75)
37,794 259,556 222
蛋白质 20,799 182,572 151


功能注释
一般类别 流程_IC
详细类别 离子代谢和运输

文件:
SCOP结构域超家族的功能注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEO水平注释(直接或继承)
酶委员会(EC)氧化还原酶类0信息最少直接
酶委员会(EC)对血红素捐赠者群体采取行动0高度信息化直接
酶委员会(EC)以氧气为受体0高度信息化直接
酶委员会(EC)以细胞色素为受体0高度信息化直接
酶委员会(EC)线性脒类0.000000000000003021美元高度信息化直接

文件:SCOP域的EC注释

疾病本体论

(显示详细信息)
DO术语FDR(全部)SDDO级别注释(直接或继承)
疾病本体论结缔组织病0.0008782信息量适中直接
疾病本体论造血系统疾病0.04738信息量适中继承
疾病本体论出血性疾病0.0008098信息直接

文件:SCOP域的DO注释

小鼠表型(MP)

(显示详细信息)
MP术语FDR(全部)SDMP级别注释(直接或继承)
哺乳动物表型(MP)神经系统表型0.04282信息最少继承
哺乳动物表型(MP)眼睛形态异常0.06401信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)大脑形态异常0.2914信息量适中继承
哺乳动物表型(MP)葡萄膜形态异常0.01107信息继承
哺乳动物表型(MP)眼前段形态异常0.1729信息继承

文件:SCOP域的MP注释

蠕虫表型(WP)

(显示详细信息)
WP术语FDR(全部)SDWP水平注释(直接或继承)
蠕虫表型(WP)细胞生理变异0.03479信息最少继承
蠕虫表型(WP)细胞凋亡变体0.0003732信息量适中直接
蠕虫表型(WP)细胞尸体数量减少0.000000002676高度信息化直接

文件:SCOP域的WP注释

酵母表型(YP)

(显示详细信息)
YP术语FDR(全部)SDYP级别注释(直接或继承)
酵母表型(YP)新陈代谢和生长0信息最少直接

文件:SCOP域的YP注释

斑马鱼解剖学(ZA)

(显示详细信息)
ZA术语FDR(全部)SDZA等级注释(直接或继承)
斑马鱼解剖学(ZA)复合器官0信息最少直接

文件:SCOP域的ZA注释

爪蟾解剖学(XA)

(显示详细信息) 文件:SCOP域的XA注释

拟南芥植物本体(AP)

(显示详细信息)
AP术语FDR(全部)SDAP级别注释(直接或继承)
植物非原子实体(PAN)0.05252信息最少继承
植物非原子实体(PAN)集体叶状体结构0.2855信息最少继承
植物非原子实体(PAN)多组织植物结构的重要组成部分0.374信息最少继承
植物非原子实体(PAN)整个工厂0.4539信息最少继承
植物非原子实体(PAN)0.9869信息最少继承
植物非原子实体(PAN)小孢子叶1信息最少继承
植物非原子实体(PAN)子叶1信息量适中继承
植物非原子实体(PAN)水果0.00009639信息直接
植物非原子实体(PAN)莲座叶0.0003313信息直接
植物非原子实体(PAN)长丝0高度信息化直接
植物非原子实体(PAN)叶表皮0.0000000000000173高度信息化直接
植物非原子实体(PAN)叶状维管系统0.00000000003852高度信息化直接
植物非原子实体(PAN)毛发0.0000000001917高度信息化直接
植物非原子实体(PAN)胚囊细胞0.005519高度信息化继承
工厂结构开发阶段(PDE)幼苗发育阶段0.000009839信息直接

文件:SCOP域的AP注释

酶委员会(EC)

(显示详细信息)
EC术语FDR(全部)SDEC级注释(直接或继承)
酶委员会(EC)氧化还原酶类0信息最少直接
酶委员会(EC)水解酶类1信息最少继承
酶委员会(EC)作用于碳氮键,而不是肽键0.2707信息量适中继承
酶委员会(EC)作为供体作用于其他含氮化合物0.001192信息继承
酶委员会(EC)以细胞色素为受体0高度信息化直接
酶委员会(EC)对血红素捐赠者群体采取行动0高度信息化直接
酶委员会(EC)线性脒类5.111e-16节高度信息化直接
酶委员会(EC)氧化金属离子0.0004438高度信息化直接

文件:SCOP域的EC注释

InterPro注释
交叉引用 IPR008972型 SSF49503型 蛋白质匹配
摘要

铜是生物体中最常见的过渡金属之一,其生物功能与其氧化还原特性密切相关。由于游离铜是有毒的,即使在非常低的浓度下,它在生物体内的体内平衡也受到微妙的分子机制的严格控制。在真核生物中,在通过CTR家族的高亲和力铜转运蛋白在细胞内转运之前,铜(II)离子被还原为铜(I)。在铜氧还蛋白等蓝色铜蛋白中,铜(I)离子形式被限制的His2Cys协调环境所稳定。

该条目代表铜氧还蛋白蛋白质以及铜氧还毒素的结构同源物。从结构上看,类铜氧还蛋白折叠由一个β-三明治组成,在2个β-片中有7条链,排列在希腊钥匙β-桶中[公共医学11867755]. 其中一些蛋白质失去了结合铜的能力。具有铜氧还蛋白型折叠的蛋白质存在于以下家族组中:

  • 单域铜氧还蛋白,如氨基氰胺、质体蓝蛋白、假天青蛋白、车前花青素、天青素、金苷、锈苷、星蓝蛋白和mavicyanin。
  • 多域铜氧还蛋白,如亚硝酸盐还原酶(该折叠的2个域)、多铜氧化酶CueO、孢子外壳蛋白A、抗坏血酸氧化酶(该折叠中的3个域),漆酶(该褶皱中的3个子域)、铜蓝蛋白(该折叠里的6个域)和凝血因子V。
  • 红铜蛋白氮青苷和氧化亚氮还原酶的C末端。
  • 醌氧化酶和细胞色素c氧化酶亚基II的周质结构域。
  • Ephrin-a5和Ephrin-b2外结构域,与铜氧还蛋白有关,但缺乏金属结合位点。
  • 精氨酸脱氨酶Pad4蛋白的N末端结构域,与铜氧还蛋白有关,但缺乏金属结合位点。


InterPro数据库


关于配体、序列和结构基序的PDBeMotif信息
交叉引用 PDB条目
配体结合统计
核酸结合统计
二级结构元素的出现
小型三维结构图案的出现

PDBeMotif资源

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内部数据库链接

浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于在超家族水平上将SCOP结构域分配给所有基因组。


序列对齐144种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。


浏览和查看基因组中具有不同的结构域组合包括铜氧还蛋白结构域。


检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。


探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。

有144个隐马尔可夫模型代表铜氧还蛋白超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率插入/删除概率可以检查。


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