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InterPro注释
铜是生物体中最常见的过渡金属之一,其生物功能与其氧化还原特性密切相关。由于游离铜是有毒的,即使在非常低的浓度下,它在生物体内的体内平衡也受到微妙的分子机制的严格控制。在真核生物中,在通过CTR家族的高亲和力铜转运蛋白在细胞内转运之前,铜(II)离子被还原为铜(I)。在铜氧还蛋白等蓝色铜蛋白中,铜(I)离子形式被限制的His2Cys协调环境所稳定。
该条目代表铜氧还蛋白蛋白质以及铜氧还毒素的结构同源物。从结构上看,类铜氧还蛋白折叠由一个β-三明治组成,在2个β-片中有7条链,排列在希腊钥匙β-桶中[11867755]. 其中一些蛋白质失去了结合铜的能力。具有铜氧还蛋白型折叠的蛋白质存在于以下家族组中:
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浏览此超家族的基因组分配。SUPERFAMILY隐马尔可夫模型库用于在超家族水平上将SCOP结构域分配给所有基因组。
序列对齐144种型号单击上面的“Alignments”图标即可访问此超级系列中的。PDB序列一致性低于40%默认情况下显示,但可以对齐任何其他序列。选择PDB序列、基因组序列,或者粘贴或上传您自己的序列。
浏览和查看基因组中具有不同的结构域组合包括铜氧还蛋白结构域。
检查域超家族或家族在主要分类王国或王国内基因组中的分布。这给人一个直接的印象,即超级家族是如何被限制在某些生命王国中的。
探索域发生网络,其中节点表示基因组,边缘是包含感兴趣超家族的域架构(基因组之间共享)。
有144个隐马尔可夫模型代表铜氧还蛋白超家族。关于如何构建模型的信息,以及显示疏水性,匹配发射概率和插入/删除概率可以检查。
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