基因本体(GO)GO描述了三个互补的生物学概念,包括生物过程(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC)。GO的层次结构被组织为有向无环图(DAG),方法是将单个术语视为节点,将其与父术语的关系(允许多个父项)视为有向边。要导航此层次结构,我们显示所有家长GO条款以当前GO术语的最短距离排序。也,仅直接子GO术语列出了当前GO术语的。
蛋白质结构分类(SCOP)SCOP将进化相关领域划分为超级家族水平和家庭级别。因此,我们为这三个概念中的每一个在两个域级别上生成了以域为中心的GO注释。
结构域功能本体(SDFO)作为以领域为中心的本体,SDFO仅指那些注释SCOP领域信息量最大的GO术语。
SCOP域的GO注释有关详细信息,请访问文档:SCOP域的GO注释其中,我们提供了几个相关文件(数据可用性)下载。它包括两个映射结果:Domain2GO受两者支持,Domain2GO仅受所有人支持。对于每个映射结果,都可以使用本体和注释文件。注释(即。,域2GO_supported_by_both.txt)和相应的本体(即。,SDFO.两者.txt)适合小规模研究(高质量,和下方可浏览),而注释(即。,域2GO_supported_only_by_all.txt)和相应的本体(即。,SDFO.全部.txt)用于大规模研究(高覆盖率,如功能富集分析)。
超域功能本体(SPFO)作为扩展,SPFO包括那些GO术语,这些术语信息最丰富,可以在超级家族级别。
超域的GO注释有关详细信息,请访问文档:超域的GO注释。其中,我们提供了几个相关文件(数据可用性)用于下载,包括注释文件(即。,SP2GO.txt文件)和本体论(即。,SPFO.txt格式). 为了便于浏览,下面列出了那些超域(单域、双域、三域、四域)。