reh:使用“扩展单倍型”搜索选择足迹基于纯合度的测试

群体遗传数据,如“单核苷酸”多态性(SNP)通常用于识别基因组区域最近自然或人工选择的并可能为适应的分子机制提供线索。一种方法是“扩展单倍型纯合子”(EHH)的概念,由(Sabeti 2002)介绍<doi:10.1038/nature01140>,产生了为全基因组扫描设计的几个统计数据。该包提供了计算其中三个的功能,即:“iHS”(Voight2006)<doi:10.1371/journal.pbio.0040072>的在单个群体中检测到阳性或“达尔文”选择,以及“Rsb”(唐,2007)<doi:10.1371/journal.pbio.0050171>和“XP-EHH”(Sabeti 2007)<doi:10.1038/nature06250>,目标明确在两个群体之间的差异选择。包括各种绘图功能,以便于这些统计数据的可视化和解释。

版本: 3.2.2
取决于: R(≥2.10)
进口: 方法,重复数据
建议: 预订数据表缺口针织物qqman(质量管理人员)rmarkdown公司R.utils公司测试那个真空断路器
出版: 2021-09-15
作者: 亚历山大·克拉斯曼,马修·戈蒂埃[aut],雷诺德·维塔利斯
维护人员: 亚历山大·克拉斯曼(Alexander Klassmann)
错误报告: https://gitlab.com/oneoverx/reh/-/issues网站
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