本体论：基于本体论的系统发育比较分析

为分析离散性状数据提供了新的工具，集成了生物个体学和系统发育学。它扩展了Tarasov等人（2019）以前的工作<doi:10.1093/isd/ixz009>. PARAMO管道允许重建祖先现象，将形态特征组视为单个复杂特征。在合并单个字符随机映射的过程中，该管道合并了来自本体的知识。在这里，我们通过添加新的统计方法来扩展当前的PARAMO功能，以使用非齐次泊松过程（NHPP）推断进化现象动力学。新的功能包括：（1）重建跨谱系和时间的物候进化速率转移；（2） 通过时间重构形态空间动力学；以及（3）在解剖层次的不同层次（例如，仅全身或特定区域）估计物候进化速率。该软件包还包括用户友好的工具，用于使用感兴趣生物体的矢量图像可视化不同解剖区域的进化速度。

版本：	1.1.3
取决于：	R（≥3.5.0）
进口：	马格里特，数字播放器，第三年，呜呜声，易怒的，ggplot2，字符串主义者，猿，植物醇，本体索引，R彩色啤酒，网格，树干规范，芬科娃，gr导入
建议：	rmarkdown公司，针织物，氧气2，测试那个(≥ 3.0.0),字符串
出版：	2024-01-10
作者：	迭戈·S·波尔图[aut，cre]，谢尔盖·塔拉索夫[自动]
维护人员：	迭戈·S·波尔图（Diego S.Porto）<diegosporto at gmail.com>
错误报告：	https://github.com/diegosasso/notophylo/issues
许可证：	麻省理工学院+文件许可证
网址：	https://github.com/diegoasso/ontophylo
需要编译：	不
语言：	英语-美国
材料：	自述文件
CRAN检查：	个体反应结果

文档：

参考手册：

本体论.pdf

下载内容：

包源：	本体论1.1.3.tar.gz
Windows二进制文件：	r-devel公司：ontophylo_1.1.3.拉链，r版本：ontophylo_1.1.3.拉链，r-oldrel：ontophylo_1.1.3.拉链
macOS二进制文件：	r释放（arm64）：本体论1.1.3.tgz，r-oldrel（arm64）：本体论1.1.3.tgz，r-release（x86_64）：本体论1.1.3.tgz，r-oldrel（x86_64）：个体门1.1.3.tgz
旧来源：	本体论档案

链接：

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