获取年表的方法和工作流(即具有分支长度的系统发育树与时间成比例),使用公开的、同行评审的、最先进的科学数据来研究谱系分化的时间。此包构成DateLife web服务的主要底层代码在<https://www.datelife.org>. 从一组我们实现了超距离矩阵(SDM)方法Criscuolo等人(2006)中描述了<网址:10.1080/10635150600969872>.寻找具有足够重叠的分类群的年表树丛为了总结,我们实现了定理1.1。摘自Ané等人(2009)<doi:10.1007/s00026-009-0017-x>.给定的系统发育树可以使用谱系分化时间数据进行年代测定作为二次校准(注意,参见Schenk(2016)<doi:10.1371/journal.pone.0148228>)。为了获得并应用二次校准,软件包实现了所描述的一致性方法伊士曼等人(2013)<doi:10.111/2041-210X.12051>. 树龄测定可以用不同的方法进行包括BLADJ(Webb等人(2008)<doi:10.1093/bioinformatics/btn358>),路径8(Britton等人(2007)<doi:10.1080/10635150701613783>),Bayes先生(Huelsenbeck和伦奎斯特(2001)<doi:10.1093/bioinformatics/17.8.754>)和treePL(史密斯和O'Meara(2012)<doi:10.1093/bioinformatics/bts492>)。
请使用规范形式https://CRAN.R-project.org/package=datelife链接到此页面。