dartR:导入和分析由生成的“SNP”和“Silicodart”数据全基因组限制性片段分析

提供了便于导入和分析的功能“SNP”(单核苷酸多态性)和“silicodart”(有无)数据。主要关注由“DarT”(分集阵列技术)生成的数据,然而,来自其他测序平台的数据可以使用一次“SNP”或相关导入任何来源的碎片存在/缺失数据。遗传数据集以派生的“genlight”格式(包“adegenet”)存储,允许数据和元数据的非常紧凑的存储。功能可用于导入和导出“SNP”和“silicodart”数据,用于报告和筛选各种标准(例如“CallRate”、杂合性、再现性、,最大等位基因频率)。其他功能可用于可视化(例如主坐标分析)并创建空间表示使用地图。”dartR还支持对第三方软件包的分析例如“newhybrid”、“structure”、“NeEstimator”和“blast”。自版本以来2.0.3我们还实现了模拟功能,允许正向模拟不同种群和进化动态下的‘SNP’动态。全面的教程和支持可以在我们的“github”存储库中找到:github.com/green-striped-gecko/dartR/。如果你想引用“dartR”,你会发现通过在控制台中键入引文('dartR')来获取信息。

版本: 2.9.7
取决于: R(≥3.5),阿德根特(≥2.0.0),ggplot2,数字播放器,飞镖R.data
进口: ,蜡笔,数据表,领域,foreach公司,额外网格,MASS(质量),方法,拼凑,胶合板,PopGen报告,光栅,重塑2,闪亮的,SNP关联,服务提供商(≥ 1.6.1),标准AMPP,统计,字符串,第三年,实用程序,素食主义者
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出版: 2023-06-07
作者: 伯恩德·格鲁伯[aut,cre],亚瑟·乔治,Jose L.Mijangos【aut】,卡洛·帕西奥尼[aut],Peter J.Unmack【ctb】,奥利弗·贝里[ctb],林赛·V·克拉克,Floriaan Devloo-Delva【ctb】,埃里克·阿彻
维护人员: Bernd Gruber<Bernd.Gruber at canberra.edu.au>
错误报告: https://groups.google.com/g/darr?pli=1
许可证: GPL(≥3)
网址: https://green-striped-gecko.github.io/dartR/
需要编译:
引用: dartR引文信息
CRAN检查: dartR结果

文档:

参考手册: dartR.pdf
渐晕图: dartR_教程

下载内容:

包源: 飞镖R_2.9.7.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:省道R_2.9.7.zip,r-释放:省道R_2.9.7.zip,r-oldrel:省道R_2.9.7.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):省道R_2.9.7.tgz,r-oldrel(arm64):省道R_2.9.7.tgz,r-版本(x86_64):省道R_2.9.7.tgz,r-oldrel(x86_64):省道R_2.9.7.tgz
旧来源: dartR存档

反向依赖关系:

反向进口: PopGenHelpR软件

链接:

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