阿菲罗:《圣经》注释的统计推断和预测系统发生树

实现一个简约的进化模型来分析和预测Vega中描述的系统发育树中的基因功能注释Yon等人(2021)<doi:10.1371/journal.pcbi.1007948>. 关注计算效率,“aphylo”使评估池成为可能系统发育模型,包括数千(数百)个注释(树)同一次跑步。该包还提供了可视化工具注释系统发育,计算后验概率(预测)以及Vega Yon等人(2021年)中所述的良好性评估。

版本: 0.3-3
取决于: R(≥3.5.0),(≥ 5.0)
进口: 卢比(≥ 0.12.1),矩阵、方法、,尾波功能模块化管理委员会,实用程序,MASS(质量)xml语言2
链接到: 卢比
建议: 覆盖(covr)针织物小测试AUC公司rmarkdown公司
出版: 2023-09-07
作者: 乔治·维加·尹ORCID标识[aut,cre],国家癌症研究所(NCI)[fnd](批准号:5P01CA196569-02),南加州大学生物统计学
维护人员: 乔治·维加·尹(George Vega Yon)<g.vegayon at gmail.com>
错误报告: https://github.com/USBiostats/aphylo/issues网站
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/USBiostats/aphylo
需要编译:
分类/MSC: 90立方厘米3590磅18英寸91天30分
引用: 阿维罗引文信息
材料: 新闻 更改日志
在视图中: 系统发育学
CRAN检查: 阿维罗结果

文档:

参考手册: 阿菲罗.pdf
渐晕图: 模拟和推断

下载内容:

包源: 阿芙罗_0.3-3.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:阿菲罗0.3-3.zip,r版本:阿菲罗0.3-3.zip,r-oldrel:阿菲罗0.3-3.zip
macOS二进制文件: r释放(arm64):口型0.3-3.tgz,r-oldrel(arm64):口型0.3-3.tgz,r-release(x86_64):阿维罗_0.3-3.tgz,r-oldrel(x86_64):阿维罗_0.3-3.tgz
旧来源: 阿菲罗档案

链接:

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