覆层：测量形态多样性和进化速度

从离散字符数据和在系统发育树上估计进化速度。导入形态学来自#NEXUS的数据（Maddison等人（1997年）<doi:10.1093/sysbio/46.4.590>)使用read_nexus_matrix（）格式化，并写入#nexus和TNT格式（Goloboff等人（2008年）<doi:10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x>). 主要函数是test_rates（），它实现了AIC和似然Lloyd等人引入的离散字符率比率测试。(2012) <doi:10.1111/j.1558-5646.2011.01460.x号文件>，Brusatte等人（2014）<doi:10.1016/j.cub.2014年8月34日>，Close等人（2015）<doi:10.1016/j.cub.2015.06.047>和劳埃德（2016）<doi:10.1111/bij.12746>,和MatrixDistances（），它实现了多个离散字符Gower（1971）的距离度量<doi:10.2307/2528823>，Wills（1998）<doi:10.1006/bijl.1998.0255>，劳埃德（2016）<doi:10.1111/bij.12746>、和霍普金斯和圣约翰（2018）<doi:10.1098/rspb.2018.1784>。这还包括Lehmann等人（2019）的GED修正<doi:10.1111/pala.12430>.多功能实现形态空间图：plot_chronophylomorphospace（）实现Sakamoto和Ruta（2012）<doi:10.1371/journal.pone.0039752>，plot_morphospace（）实现Wills etal.（1994）<文件编号：10.1017/S009483730001263X>，绘图更改树（）实施Wang和Lloyd（2016）<doi:10.1098/rspb.2016.0214>、和plot_morphospace_stack（）实现了Foote（1993）<doi:10.1017/S00948373700015864>。其他功能包括safe_taxonomic_reduction（），实现了威尔金森（1995）<doi:10.1093/sysbio/44.4.501>，map_dollo_changes（）实现Tarver等人（2018）的Dollo随机特征映射<doi:10.1093/gbe/evy096>和estimate_ancestral_states（）实现劳埃德的祖传国家选择（2018）<doi:10.1111/pala.12380>.

版本：	0.6.3
取决于：	猿,植物醇,带子，R（≥3.5.0）
进口：	夹子,地理尺度，图形，grDevices，方法，stats，utils
建议：	rgl公司,测试那个
出版：	2020-09-26
作者：	格雷姆·劳埃德[aut，cre，cph]，托马斯·吉勒姆[aut，cph]，艾玛·谢拉特，史蒂夫·C·王[aut，cph]
维护人员：	格雷姆·劳埃德（Graeme T.Lloyd）
许可证：	GPL-2型|GPL-3公司[扩展自：GPL（≥2）]
需要编译：	不
引用：	Claddis引文信息
材料：	自述文件 变更日志
在视图中：	系统发育学
CRAN检查：	Claddis结果

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