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.2022年3月15日;3(2):101243.
doi:10.1016/j.xpro.2022.101243。 eCollection 2022年6月17日。

基于细胞分类的细胞周期小规模ChIP测序协议

附属公司

一种基于细胞分选的细胞周期小规模ChIP测序协议

Johnathan R Whetstine公司等。 STAR协议. .

摘要

描述细胞周期的经典方法利用化学物质或改变的核苷酸池,这可能会影响细胞周期特定阶段的染色质状态。这些方法可能导致代谢改变和/或DNA损伤,从而重塑蛋白质募集和组蛋白修饰。在本协议中,我们描述了根据细胞DNA含量在整个细胞周期中固定和分类细胞的方法。我们进一步详细介绍了免疫沉淀和文库制备,允许通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析少量细胞的表观基因组。有关本协议的使用和执行的完整详细信息,请参阅Van Rechem等人(2021年)。

关键词:细胞分离;ChIPseq;染色质免疫沉淀(ChIP);流式细胞术/质量细胞术;分子生物学。

PubMed免责声明

利益冲突声明

去年,J.R.W.为Qsonica(Q800R系统制造商)提供咨询。J.R.W.曾担任Salarius Pharmaceuticals、Daiichi Sankyo,Inc.和VYNE Therapeutics的顾问或顾问。J.R.W.还接受了Salarius Pharmaceuticals的赞助研究。C.V.R.声明无竞争利益。

数字

无
图形摘要
图1
图1
超声处理后琼脂糖凝胶剖面示例
图2
图2
单元格排序的选通示例
图3
图3
准备好或不准备再次悬浮在水中用于DNA纯化的AMPure珠示例
图4
图4
使用此协议执行的典型ChIP-seq库的TapeStation分析

类似文章

引用人

工具书类

    1. Van Rechem C.,Ji F.,Chakraborty D.,Black J.C.,Sadreyev R.I.,Whetstine J.R.染色质修饰的集体调控预测细胞周期中的复制时间。细胞报告2021;37:109799.-项目管理咨询公司-公共医学

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