doi:10.1016/j.xcrm.2022.100525。
转移性乳腺癌系列活检的组学和多维空间图谱
布雷特·约翰逊 1 2, Allison L Creason公司 1 2, 杰恩·M·斯托梅尔 1 2, 杰米·凯克 1, 斯瓦普尼·帕尔马 1, 考特尼·B·贝茨 1 三, 奥罗拉·布鲁彻 1 三, 克里斯托弗·博尼费斯 2 4, Elmar Bucher公司 2, 埃里克·伯林盖姆 2 5, 托德营地 1, Koei Chin先生 1 2, 詹妮弗·恩格(Jennifer Eng) 2, 约瑟夫·埃斯塔布鲁克 1 6, 海蒂·S·菲勒 1 2, 迈克尔·B·赫斯克特 6, 芝湖 1 2, 安妮特·科洛齐 1, 本·L·孔 1 7, 玛丽莲·拉布里 1 三, 李金浩(Jinho Lee) 1, 帕特里克·莱肖克 1, 苏拉亚·米特里 1, 贾妮斯·帕特森 1 8, 杰西卡·里斯特尔 2 9, 沙米琳·西瓦格纳姆 1 三 5, 朱莉娅·萨默斯 1 6, 达米尔·苏达尔 10, 纪尧姆·蒂鲍特 2, 本杰明·R·威德 2, 克里斯蒂娜·郑 1, 小林南 2 4, 里德·F·汤普森 2 11, 劳拉·M·海瑟 1 2, 保罗·T·斯佩尔曼 2 6, 乔治·汤姆斯 1 12, 埃米克·德米尔 1 6, 年轻的张焕 2 5, 丽莎·M·库森 1 三, 亚历山大·吉马拉斯 1 13, 克里斯托弗·科尔利斯 7 12, 杰里米·戈克斯 1 2, 雷蒙德·伯根 14, 扎希·米特里 15 16, 戈登·米尔斯 1 三, 乔·W·格雷 1 2
附属公司
附属公司
- 1美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所,邮编97239。
- 2美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学生物医学工程系,邮编97239。
- 三美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学细胞、发育与癌症生物学系,邮编97239。
- 4癌症早期检测高级研究中心,俄勒冈州波特兰俄勒冈健康与科学大学,美国俄勒冈97239。
- 5计算生物学项目,俄勒冈州波特兰俄勒冈健康与科学大学,俄勒冈97239,美国。
- 6美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学分子与医学遗传学系,邮编97239。
- 7美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学药学服务系,邮编97239。
- 8美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特诊断实验室97239。
- 9美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学多尺度显微镜岩芯,邮编97239。
- 10Quantitative Imaging Systems LLC,美国俄勒冈州波特兰市,邮编97239。
- 11美国俄勒冈州波特兰市VA波特兰医疗系统医院和专业医学部,邮编97239。
- 12美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学病理学与实验医学系,邮编97239。
- 13美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学放射诊断系,邮编97239。
- 14弗雷德·巴菲特癌症中心,内布拉斯加州大学医学中心,奥马哈,NE 68198,美国。
- 15美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所血液学和医学肿瘤科97239。
- 16美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所医学系,邮编97239。
剪贴板中的项目
转移性乳腺癌系列活检的组学和多维空间图谱
布雷特·约翰逊等。
细胞代表医学.
.
doi:10.1016/j.xcrm.2022.100525。
作者
布雷特·约翰逊 1 2, Allison L Creason公司 1 2, Jayne M斯托梅尔 1 2, 杰米·凯克 1, 斯瓦普尼·帕尔马 1, 考特尼·B·贝茨 1 三, 奥罗拉·布鲁彻 1 三, 克里斯托弗·博尼费斯 2 4, Elmar Bucher公司 2, 埃里克·伯林盖姆 2 5, 托德营地 1, Koei Chin先生 1 2, 詹妮弗·恩格(Jennifer Eng) 2, 约瑟夫·埃斯塔布鲁克 1 6, 海蒂·S·菲勒 1 2, 迈克尔·B·赫斯克特 6, 芝湖 1 2, 安妮特·科洛齐 1, 本·L·孔 1 7, 玛丽莲·拉布里 1 三, 李金浩(Jinho Lee) 1, 帕特里克·莱肖克 1, 苏拉亚·米特里 1, 珍妮丝·帕特森 1 8, 杰西卡·里斯特尔 2 9, 沙米琳·西瓦格纳姆 1 三 5, 朱莉娅·萨默斯 1 6, 达米尔·苏达尔 10, 纪尧姆·蒂鲍特 2, 本杰明·R·威德 2, 克里斯蒂娜·郑 1, 小林南 2 4, 里德·F·汤普森 2 11, 劳拉·M·海瑟 1 2, 保罗·T·斯佩尔曼 2 6, 乔治·汤姆斯 1 12, 埃米克·德米尔 1 6, Young Hwan Chang(张永焕) 2 5, 丽莎·M·库森 1 三, 亚历山大·吉马拉斯 1 13, 克里斯托弗·科尔利斯 7 12, 杰里米·戈克斯 1 2, 雷蒙德·伯根 14, 扎希·米特里 15 16, 戈登·米尔斯 1 三, 乔·W·格雷 1 2
附属公司
- 1美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所,邮编97239。
- 2美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学生物医学工程系,邮编97239。
- 三美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学细胞、发育与癌症生物学系,邮编97239。
- 4癌症早期检测高级研究中心,俄勒冈州波特兰俄勒冈健康与科学大学,美国俄勒冈97239。
- 5计算生物学项目,俄勒冈州波特兰俄勒冈健康与科学大学,俄勒冈97239,美国。
- 6美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学分子与医学遗传学系,邮编97239。
- 7美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学药学服务系,邮编97239。
- 8美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特诊断实验室,邮编97239。
- 9美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学多尺度显微镜岩芯,邮编97239。
- 10Quantitative Imaging Systems LLC,美国俄勒冈州波特兰市,邮编97239。
- 11美国俄勒冈州波特兰市VA波特兰医疗系统医院和专业医学部,邮编97239。
- 12美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学病理学与实验医学系,邮编97239。
- 13美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学放射诊断系97239。
- 14弗雷德·巴菲特癌症中心,内布拉斯加州大学医学中心,奥马哈,NE 68198,美国。
- 15美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所血液学和医学肿瘤学分部,邮编97239。
- 16美国俄勒冈州波特兰市俄勒冈健康与科学大学奈特癌症研究所医学系,邮编97239。
剪贴板中的项目
摘要
随着肿瘤细胞和外部微环境影响在治疗过程中的变化,转移性癌症的治疗耐药性和脆弱性机制也在演变。为了支持在个体中识别这些机制的方法的发展,我们提出了一个组学和多维空间(OMS)图谱,该图谱由一名转移性乳腺癌患者在3.5年治疗期间的四次连续活检生成。该资源将详细的纵向临床元数据(包括治疗时间和剂量、解剖成像和基于血液的反应测量)与临床和探索性分析联系起来,包括全面的DNA、RNA和蛋白质图谱;多重免疫染色图像;以及二维和三维扫描电子显微照片。这些数据报告了癌症基因组的异质性和进化、信号通路、免疫微环境、细胞组成和组织以及超微结构。我们举例说明了这些数据的综合分析如何揭示反应和耐药性的潜在机制,并提出了新的治疗漏洞。
关键词:人体肿瘤图谱;转移性乳腺癌;个性化医疗;精确肿瘤学。
©2022作者。
PubMed免责声明
利益冲突声明
D.S.用于定量成像系统。L.M.C.是Cell Signaling Technologies、Shasqi和AbbVie的付费顾问;获得了Plexxikon、Pharmacyclics、Acerta Pharma、Deciphera Pharmaceuticals、Genentech、Roche Glycart AG、Syndax Pharmacueticals,Innate Pharma和NanoString Technologies的试剂和/或研究支持;是Syndax Pharmaceuticals、Carisma Therapeutics、Zymeworks、Verseau Therapeunics、Cytomix Therapeustics和Kineta的科学咨询委员会成员。通用汽车已将技术授权给Myriad Genetics和NanoString;在SAB任职或担任Amphista、AstraZeneca、Chrysallis Biotechnology、GSK、ImmunoMET、Ionis、Lilly、PDX Pharmaceuticals、Signalchem Lifesciences、Symphogen、Tarveda、Turbine和Zentalis Pharmacueticals的顾问;并拥有Catena Pharmaceuticals、ImmunoMet、SignalChem和Tarveda的股票/期权/财务权益。J.W.G.已将技术授权给雅培诊断公司、佐罗生物公司和PDX制药公司;拥有Convergent Genomics、Health Technology Innovations、Zorro Bio和PDX Pharmaceuticals的所有权;担任New Leaf Ventures的付费顾问;获得了赛默飞世尔科技(前身为FEI)、蔡司、Miltenyi Biotech、Cepheid(Danaher)、定量成像、健康技术创新和Micron Technologies的研究支持;并持有雅培诊断、雅培维、Alphabet、亚马逊、安进、苹果、通用电气、吉利德、英特尔、微软、英伟达和齐默尔生物科技的股票。
类似文章
-
通过系列活检和综合分析表征晚期乳腺癌的异质性和治疗耐药性。
Li A、Keck JM、Parmar S、Patterson J、Labrie M、Creason AL、Johnson BE、Downey M、Thomas G、Beadleing C、Heiser LM、Kolodzie A、Guimares AR、Corless CL、Gray JW、Mills GB、Bergan RC、Mitri ZI。
李安等。
NPJ Precis Oncol公司。2021年3月26日;5(1):28. doi:10.1038/s41698-021-00165-4。
NPJ Precis Oncol公司。2021
PMID:33772089
免费PMC文章。
-
治疗反应和肿瘤演变:从转移性乳腺癌患者的一系列多分析液体活检中吸取的教训。
Welter L、Xu L、McKinley D、Dago AE、Prabakar RK、Restrepo-Vassalli S、Xu K、Rodriguez-Lee M、Kolatkar A、Nevarez R、Ruiz C、Nieva J、Kuhn P、Hicks J。
Welter L等人。
冷泉Harb Mol Case螺柱,2020年12月17日;6(6):a005819。doi:10.1101/mcs.a005819。2020年12月印刷。
冷泉Harb Mol Case螺柱,2020年。
PMID:33203646
免费PMC文章。
-
单细胞RNA测序捕获乳腺癌胸腔积液中患者水平的异质性和相关的分子表型。
Whitfield HJ、Berthelet J、Mangiola S、Bell C、Anderson RL、Pal B、Yeo B、Papenfuss AT、Merino D、Davis MJ。
Whitfield HJ等人。
《临床传输医学》,2023年9月;13(9):e1356。doi:10.1002/ctm2.1356。
《临床医学杂志》,2023年。
PMID:37691350
免费PMC文章。
-
三阴性乳腺癌的遗传异质性、肿瘤微环境和免疫治疗。
Kudelova E、Smolar M、Holubekova V、Hornakova A、Dvorska D、Lucansky V、Koklesova L、Kudela E、Kubatka P。
Kudelova E等人。
国际分子科学杂志。2022年11月29日;23(23):14937. doi:10.3390/ijms2232314937。
国际分子科学杂志。2022
PMID:36499265
免费PMC文章。
审查。
-
循环肿瘤细胞和循环肿瘤DNA在乳腺癌精确肿瘤学中的应用。
Addanki S、Meas S、Sarli VN、Singh B、Lucci A。
Addanki S等人。
国际分子科学杂志。2022年7月16日;23(14):7843. doi:10.3390/ijms23147843。
国际分子科学杂志。2022
PMID:35887191
免费PMC文章。
审查。
引用人
-
亚细胞空间分辨率异质组织构建工程的多重单细胞生物印迹。
Helms HR、Oyama KA、Ware JP、Ibsen SD、Bertassoni LE。
Helms HR等人。
bioRxiv[预印本]。2024年2月11日2024.02.01.578499。doi:10.1101/2024.02.01.578499。
生物Rxiv。2024
PMID:38352428
免费PMC文章。
预打印。
-
使用深度学习在稀疏标记的3D电子显微镜图像上分割细胞超微结构。
Machireddy A、Thibault G、Loftis KG、Stoltz K、Bueno CE、Smith HR、Riester JL、Gray JW、Song X。
Machireddy A等人。
前Bioninform。2023年12月15日;3:1308708. doi:10.3389/fbinf.2023.1308708。eCollection 2023年。
前Bioninform。2023
PMID:38162124
免费PMC文章。
-
数字化你的生物!通过可解释的细胞行为对多细胞系统进行建模。
Johnson JAI、Stein-O’Brien GL、Booth M、Heiland R、Kurtoglu F、Bergman DR、Bucher E、Deshpande A、Forjaz A、Getz M、Godet I、Lyman M、Metzcar J、Mitchell J、Raddatz A、Rocha H、Solorzano J、Sundus A、Wang Y、Gilkes D、Kagohara LT、Kiemen AL、Thompson ED、Wirtz D、Wu PH、Zaidi N、Zheng L、Zimmerman JW、Jaffee EM、Hwan Chang Y、Coussens LM、Gray JW、,Heiser LM、Fertig EJ、Macklin P。
Johnson JAI等人。
bioRxiv[预印本]。2023年11月5日:2023.09.17.557982。doi:10.1101/2023.09.17.557982。
生物Rxiv。2023
PMID:37745323
免费PMC文章。
预打印。
-
翻译后修饰的泛癌分析揭示了蛋白质调节的共同模式。
Geffen Y、Anand S、Akiyama Y、Yaron TM、Song Y、Johnson JL、Govindan A、BaburØ、Li Y、Huntsman E、Wang LB、Birger C、Heiman DI、Zhang Q、Miller M、Maruvka YE、Haradhvala NJ、Calinawan A、Belkin S、Kerelsky A、Clauser KR、Krug K、Sapathy S、Payne SH、Mani DR、Gillette MA、Dhanasekaran SM、Thiagarajan M、Mesri M、Rodriguez H、Robles AI、Carr SA、,Lazar AJ、Aguet F、Cantley LC、Ding L、Getz G;临床蛋白质组肿瘤分析联盟。
Geffen Y等人。
细胞。2023年8月31日;186(18):3945-3967.e26。doi:10.1016/j.cell.2023.07.013。Epub 2023年8月14日。
细胞。2023
PMID:37582358
-
体积电子显微镜。
Peddie CJ、Genoud C、Kreshuk A、Meechan K、Micheva KD、Narayan K、Pape C、Parton RG、Schieber NL、Schwab Y、Titze B、Verkade P、Aubrey A、Collinson LM。
Peddie CJ等人。
Nat Rev Methods底漆。2022年7月7日;2:51. doi:10.1038/s43586-022-00131-9。
Nat Rev方法底漆。2022
PMID:37409324
免费PMC文章。
工具书类
-
- Von Hoff D.D.、Stephenson J.J.,Jr.、Rosen P.、Loesch D.M.、Borad M.J.、Anthony S.、Jameson G.、Brown S.、Cantafio N.、Richards D.A.等人。使用患者肿瘤的分子剖析来寻找潜在靶点并选择难治性癌症的治疗方法的初步研究。临床杂志。昂科尔。2010;28:4877–4883.-公共医学
-
- Schwaederle M.、Zhao M.、Lee J.J.、Eggermont A.M.、Schilsky R.L.、Mendelsohn J.、Lazar V.、Kurzrock R.精确医学对多种癌症的影响:II期临床试验的荟萃分析。临床杂志。昂科尔。2015;33:3817–3825.-项目管理咨询公司-公共医学
-
- Sanchez N.S.、Mills G.B.、Mills Shaw K.R.精准肿瘤学:既不是一颗银弹,也不是一个梦想。药物基因组学。2017;18:1525–1539.-公共医学
-
- Mitri Z.I.、Parmar S.、Johnson B.、Kolodzie A.、Keck J.M.、Morris M.、Guimaraes A.R.、Beckett B.R.、Borate U.、Lopez C.D.等。实施一个全面的转化肿瘤学平台:从分子测试到可操作性。J.翻译。2018年医学;16:358.-项目管理咨询公司-公共医学
-
- Rozenblatt-Rosen O.、Regev A.、Oberdoerffer P.、Nawy T.、Hupalowska A.、Rood J.E.、Ashenberg O.、Cerami E.、Coffey R.J.、Demir E.等。人类肿瘤图谱网络:以单细胞分辨率绘制跨空间和时间的肿瘤转变图。细胞。2020;181:236–249.-项目管理咨询公司-公共医学