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.2016年9月1日;32(17):2704-6。
doi:10.1093/bioinformatics/btw286。 Epub 2016年5月10日。

SimLoRD:长读取数据的模拟

附属公司

SimLoRD:长读取数据的模拟

比安卡·K·斯托克等。 生物信息学. .

摘要

动机:第三代测序方法比第二代方法提供更长的读取时间,并且具有明显的错误特征。虽然第二代数据有许多读取模拟器,但第三代数据的选择非常有限。

结果:我们分析了Pacific Biosciences(PacBio)SMRT测序的公共数据,开发了一个错误模型,并在名为SimLoRD的新读取模拟器中实现了该模型。它提供了选择读取长度分布和根据通过定序器的次数建模错误概率的选项。新的错误模型使SimLoRD成为可用的最真实的SMRT读取模拟器。

可用性和实施:SimLoRD可在以下位置获得开源http://bitbucket.org/genemoeinformatics/simlord/可通过Bioconda安装(http://biotoda.github.io).

联系人:Bianca.Stoecker@uni-due.de斯文·拉赫曼@uni-due.de

补充信息:补充数据可在生物信息学网站上获得。

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