MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability

doi:10.1093/molbev/mst010

.2013年4月；30(4):772-80.

doi:10.1093/molbev/mst010。 Epub 2013年1月16日。

MAFFT多序列比对软件版本7：性能和可用性的改进

Kazutaka加藤¹, 达龙·M·斯坦利

附属公司

PMID： 23329690
预防性维修识别码： PMC3603318型
内政部： 10.1093/molbev/mst010

MAFFT多序列比对软件版本7：性能和可用性的改进

Kazutaka加藤等人。分子生物学进化. 2013年4月.

.2013年4月；30（4）：772-80。

doi:10.1093/molbev/mst010。 Epub 2013年1月16日。

作者

Kazutaka加藤¹, 达龙·M·斯坦利

附属

¹日本大阪市佐田市大阪大学免疫学前沿研究中心。kazutaka.katoh@aist.go.jp

PMID： 23329690
预防性维修识别码： PMC3603318型
内政部： 10.1093/molbev/mst010

摘要

我们报告了MAFFT多序列比对程序的主要更新。该版本有几个新功能，包括将未对齐序列添加到现有比对中的选项、核苷酸比对方向的调整、约束比对和并行处理，这些都是在上一次主要更新后实现的。本报告显示了实际示例，以解释这些功能是如何单独或组合工作的。还显示了一些MAFFT未正确对齐的示例，以澄清其局限性。我们讨论了如何避免错位，以及我们正在努力克服这些限制。

PubMed免责声明

数字

<b>F<sc>ig</sc>。1</b>。 — **F类免疫球蛋白. 1**.
MAFFT不同选项中系统发育关系的假设。(A类)黑手党文件, (B类)––添加配置文件, (C)，滥用黑手党文件、和(D类)––添加或––添加配置文件.

F<sc>ig</sc>。2 — **F类免疫球蛋白. 2.**
Jalview上显示的不同MAFFT选项的ITS对齐（Waterhouse等人，2009年）。(A类,B类)FFT-NS-2和L-INS-i算法分别导致不正确对齐。(C)不正确的对齐方式黑手党文件。使用L-INS-i算法对全长序列进行比对，然后将每个新序列分别添加到全长比对中，使用黑手党文件. (D类)通过两步战略进行合理调整。这个––6人马––添加碎片选项用于第二步。(E类)D的重新排序版本；对序列进行排序，以便将相似的序列紧密地放置在一起。所有计算都是在Linux PC上使用16核进行的，该PC具有2.67 GHz Intel Xeon E7-8837/256 GB RAM。

F<sc>ig</sc>。三。 — **F类免疫球蛋白. 3.**
(A类)的一部分输出––树出（treeout）显示新序列的系统发育位置的选项(新#)在现有路线的树中(主干#)，在线形计算之前进行估算。此文件还显示了现有路线的Newick格式树（此图中未显示）。对于每个新序列，现有路线中最近的序列(最近序列)，与最近序列的近似距离(近似距离)和姐妹组的成员(姐妹团体)如图所示。(B类)的图形表示(A类).

<b>F<sc>ig</sc>。4</b>。 — **F类免疫球蛋白. 4**.
(A类)PyMOL（Schrödinger LLC 2010）可视化的3v33、2qip和1taq结构的叠加。(B类)在jalview上显示MAFFT-L-INS-i序列比对（Waterhouse等人，2009）。未对齐的D以红色高亮显示(C)具有正确对齐D的结构化MSA；Alpha螺旋和beta表分别以蓝色和黄色显示，单位为(*A–C*).

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[10] Blackburne BP，Whelan S.多序列比对算法影响基因组分析。分子生物学进化。2012a Advance access于2012年12月4日发布，doi:10.1093/molbev/mss256。-公共医学

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