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.2011;6（8）：e23505。
doi:10.1371/journal.pone.0023505。 Epub 2011年8月15日。

NR-2L：基于序列衍生特征识别核受体亚家族的两级预测因子

王璞（Pu Wang） 1, 宣晓, 郭振秋
附属公司

NR-2L：基于序列衍生特征识别核受体亚家族的两级预测因子

王璞（Pu Wang）等。 公共科学图书馆一号. 2011.

摘要

核受体是动物体内最丰富的转录调控因子之一。它们调节多种功能，如体内平衡、生殖、发育和新陈代谢。因此，NRs是药物开发的一个非常重要的目标。核受体是一个与系统发育相关的蛋白质超家族，由于其结构域的多样性，已被细分为不同的亚家族。在这项研究中，开发了一种称为NR-2L的两级预测因子，它可以用于识别查询蛋白是否为核受体，也可以不基于其序列信息；如果是，预测将自动继续，以在以下七个亚家族中进一步确定：（1）甲状腺激素样（NR1），（2）HNF4样（NR2），（3）雌激素样，（4）神经生长因子IB样（NR4），（5）福氏tarazu-F1样（NR5），（6）生殖细胞核因子样（NR6），和（7）刀刃样（NR0）。基于伪氨基酸组成的模糊K最近邻分类器（FK-NN）进行识别，伪氨基酸组成由蛋白质序列衍生的各种物理化学和统计特征组成，如氨基酸组成、二肽组成、复杂性因子、，和低频傅里叶频谱成分。作为证明，通过从NucleaRDB和UniProt获得的低冗余度基准数据集可以看出，在第一级和第二级，折刀测试的总体成功率分别约为93%和89%。高成功率表明，新的两级预测器可以成为识别NR及其子家族的有用工具。作为一个用户友好的网络服务器，NR-2L可以在http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/NR2L或http://www.jci-bioinfo.cn/NR2L。提交给NR-2L的每个作业可以包含多达500个查询蛋白序列，并在2分钟内完成。查询蛋白的数量越少，时间通常越短。NR-2L的所有程序代码均可根据要求用于非商业用途。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益：提交人声明，不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。显示沿着蛋白质链具有不同间隙的二肽的示意图。
（a） 传统的（0-gap）二肽、（b）1-gap二肽和（c）2-gaps二肽，其中代表序列位置1、位置2的氨基酸残基，依此类推。经周允许改编。
图2
图2。显示NR-2L操作过程的流程图。
T1表示从支持信息S1中获取的数据，用于训练一级预测；T2表示支持信息S1中用于训练二级预测的信息。有关进一步的解释，请参阅正文。
图3
图3。3D图形显示不同参数的折刀成功率。
（a） 通过一级预测得到的结果，以及（b）通过二级预测获得的结果，其中参数和在公式16中定义。
图4
图4。预测结果在四个象限中的分布。
（一） TP，正确预测阳性数据集的真阳性象限（绿色），（II）FP，错误预测阴性数据集的假阳性象限；（三） TN，正确预测负数据集的真负象限（蓝色）；（IV）FN，错误预测阳性数据集的假阴性象限（粉红色）。
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  • NRPreTo：基于机器学习的核受体和子家族预测工具。
    Madugula SS、Pandey S、Amalapurapu S、Bozdag S。 Madugula SS等人。 ACS欧米茄。2023年5月30日；8(23):20379-20388. doi:10.1021/acsomega.3c00286。eCollection 2023年6月13日。 ACS欧米茄。2023 PMID：37323377 免费PMC文章。
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    1. Altucci L，Gronemeyer H.细胞生死中的核受体。内分泌和代谢趋势。2001;12:460–468.-公共医学
    1. Mangelsdorf DJ、Thummel C、Beato M、Herrlich P、Schutz G等。核受体超家族：第二个十年。单元格。1995;83:835–839.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Robinson-Rechavi M，Garcia HE，Laudet V.核受体超家族。细胞科学杂志。2003;116:585–586.-公共医学
    1. Florence H、Gerrit V、Fred EC。收集和收集生物数据：GPCRDB和NucleaRDB信息系统。核酸研究。2001;29:346–349.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Altschul SF、Madden TL、Schäffer AA、Zhang J、ZhangZ等。缺口BLAST和PSI-BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。核酸研究1997；25:3389–3402.-项目管理咨询公司-公共医学

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