Autonomous silencing of the imprinted Cdkn1c gene in stem cells

doi:10.4161/epi.5.3.11275

.2010年4月；5（3）:214-21。

doi:10.4161/epi.5.3.11275。 Epub 2010年4月1日。

干细胞中印迹Cdkn1c基因的自主沉默

米歇尔·德·伍德¹, Hiura Hitoshi Hiura², Simon J Tunster公司¹, 高弘阿里马², Jong-Yeon Shin先生³, 迈克尔·希金斯³, 罗莎琳德·M·约翰¹

附属机构

PMID： 20372090
预防性维修识别码：项目经理3033483
内政部： 10.4161/epi.5.3.11275

干细胞中印迹Cdkn1c基因的自主沉默

米歇尔·德·伍德等。表观遗传学. 2010年4月.

.2010年4月；5(3):214-21.

doi:10.4161/epi.5.3.11275。 Epub 2010年4月1日。

作者

米歇尔·德·伍德¹, Hitoshi Hiura先生², Simon J Tunster公司¹, 高弘阿里马², Jong-Yeon Shin先生³, 迈克尔·希金斯³, 罗莎琳德·M·约翰¹

附属机构

¹加的夫大学。
²东北大学。
³罗斯韦尔公园癌症研究所。

PMID： 20372090
预防性维修识别码：项目经理3033483
内政部： 10.4161/epi.5.3.11275

摘要

印迹基因的亲本特异表达依赖于特定基因组区域的差异DNA甲基化。差异甲基化区域（DMR）在配子发生期间（初级DMR）或受精后等位基因特异表达建立后（次级DMR）获得DNA甲基化。对于这些二级DMR的功能知之甚少。我们研究了小鼠胚胎干细胞、雄激素生成干细胞和胚胎生殖干细胞中跨越DMR的Cdkn1c。在所有情况下，体外分化细胞中Cdkn1c的表达均受到适当抑制。然而，即使在持续分化后，干细胞也无法使沉默的基因重新甲基化。在缺乏持续的DNA甲基化（Dnmt1（-/-））的情况下，Cdkn1c逃避沉默，证明了体内长期沉默对DNA甲基化的要求。我们认为受精后差异甲基化反映了在成人中保留印迹位点子集的单基因剂量的重要性。

PubMed免责声明

数字

图1
*Cdkn1c型*在体外分化干细胞中的表达。（A）小鼠7号染色体远端的800-kb IC2结构域显示了体细胞中的差异DNA甲基化区域，如棒棒糖所示。（B）的印记*Cdkn1c公司*干细胞中是否存在*阿瓦伊*限制性内切酶位点*Cdkn1c公司*如图所示，从cDNA样品中扩增出PCR产物。（C）的相对表达水平*Cdkn1c公司*双亲ES细胞系CES3和SF1-1以及EG细胞系Sv6.1和TMAS21G分化前（D0）和分化后（D14）。使用类胚体方案（2）的三个独立分化或使用单层方案的两个实验的综合结果（1）。（D）的表达式配置文件*Cdkn1c型*通过类胚体方案进行21天以上的体外分化。

图2
*Kcnq1其他1*表达式。（A）的相对表达水平*Kcnq1其他1*双亲ES细胞系CES3和EG细胞系Sv6.1和TMAS21G分化前（D0）和分化后（D14）。（B）的表达式配置文件*Kcnq1其他1*21天以上的分化持续提高*Kcnq1其他1*在EG细胞系中表达。（C）核糖核酸酶保护试验*Kcnq1其他1*成绩单。酵母RNA作为阴性对照物和核糖探针*亲环素*包括控制RNA完整性和负载。通过胚胎体方案进行分化。

图3
二次甲基化分析*Cdkn1c公司*-未分化和分化干细胞中的DMR。（A）新生儿肾脏亚硫酸氢盐序列数据。每一行对应一个单独的测序DNA克隆。每个圆圈代表链上的CpG，填充圆圈和开放圆圈分别表示甲基化和非甲基化位点。（B）未分化双亲ES干细胞系CES3和KES1以及未分化印迹电泳EG干细胞系Sv6.1的亚硫酸氢盐序列数据。（C）未分化双亲干细胞系129/1和Pgk、未分化EG干细胞系Sv6.1和未分化和D21分化雄激素生成干细胞系AKR1的Southern blot数据。DNA被消化*巴米希*和伊格（D）干细胞系CES3、SF1-1、AKR1和Sv6.1的亚硫酸氢盐序列数据通过单层方案分化14天，Sv6.1数据通过类胚体方案分化21天。箭头标记多态性的位置家蝇（C57BL/6）和*斯普雷图斯*.

图4
ChIP分析*Kcnq1其他1*和*Cdkn1c公司*未分化和分化干细胞中的启动子区域。使用抗体进行染色质免疫沉淀（ChIP），以检测未分化和分化AKR1和EG干细胞中与活性染色质相关的标记三甲基化H3K4（H3K4me3）和与沉默染色质相关联的标记三甲化H3K27（H3K27me3）。结果表示为相对于输入染色质的富集百分比。对转录起始位点600 bp以内的区域进行定量PCRCdkn1c公司和*Kcnq1其他1*类胚体协议。

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[8] Kaneda M、Okano M、Hata K、Sado T、Tsujimoto N、Li E、Sasaki H。新生DNA甲基转移酶Dnmt3a在父系和母系印记中的重要作用。自然。2004;429:900–902.-公共医学

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