QTL参考注释
多样性出血热异质种群（J:DO）是一个发展中的小鼠种群，来源于协作杂交（CC）的祖细胞系。CC是一组重组近交系（RI）小鼠菌株，它结合了八个遗传多样性创始菌株的基因组——a/J、C57BL/6J、129S1/SvImJ、NOD/ShiLtJ、NZO/HlLtJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ和WSB/EiJ——以捕获实验室小鼠中近90%的已知变异（Churchill等人，2004年）。来自160个早期近交CC系的动物被用于建立DO种群，该种群是通过避免兄弟姐妹交配的随机远交策略维持的。因此，DO和CC群体捕获了相同的一组自然等位基因变体，这些变体来源于一组常见的8个创始菌株，DO小鼠被远交，CC群体被近交。CTC（2004），Churchill，G.A.等人。协作十字，复杂性状遗传分析的社区资源。自然遗传学。36, 1133-7.
肠道微生物群对宿主生理和健康有着深远的影响。栖息于人类和其他哺乳动物远端肠道的微生物群落表现出很大的诱导间变异。虽然宿主遗传是影响肠道微生物群组成的已知因素，但这种变异的机制在很大程度上仍不清楚。胆汁酸（BA）是由宿主产生并由肠道细菌进行化学修饰的激素。胆汁酸是微生物的环境线索和营养物质，但也具有抗菌作用。我们假设BA代谢和体内平衡中的宿主遗传变异会影响肠道微生物群的组成。
为了解决这一问题，作者对400只多样性出血热（J:DO）小鼠的粪便微生物群组成、血浆和盲肠BA谱进行了表征，这些小鼠维持高脂肪高蔗糖饮食约22周。作者对血浆和盲肠内容物进行了LC-MS/MS分析，以评估27种BA水平的相对变化。测定血浆和盲肠胆汁酸，以全面了解全身BA稳态。此外，他们利用实验结束时收集的粪便样品中提取的DNA的16S rRNA基因扩增子序列测定了肠道微生物群组成（n=399）。在随后的分析中，他们确定了一个核心可测量微生物群（CMM），他们将其定义为在至少20%的小鼠中发现的分类单元。总的来说，CMM由86个ESV和42个聚集分类群组成。CMM特征只占检测到的微生物总数的一小部分，但占稀有序列读数的94.5%，因此构成可识别微生物群的重要部分。为了确定小鼠基因组区域与上述临床和分子特征之间的关联，作者使用R/qtl2软件包进行了QTL分析。他们使用性别、节食天数和实验波作为协变量。在Neogen（Lincoln，NE）使用小鼠通用基因分型阵列（GigaMUGA；143259标记）进行基因分型。使用R/qtl2包中实现的隐马尔可夫模型（HMM）将基因型转换为创建者菌株倍型重建。他们将GigaMUGA标记插入到间距为0.02-cM的均匀网格中，并添加标记以填充具有稀疏物理表示的区域，从而产生69005个伪标记。作者确定了细菌、胆汁酸和体重性状的13个显著QTL（LOD>=7.66；P<0.05）和50个暗示QTLBal1（胆汁酸水平1，血浆TUDCA）映射到Chr 8:93.0702-95.1271 Mb，LOD峰值得分为13.4383，为94.9356 Mb。Lwq13（肝重QTL 13）映射到Chr 9:62.2738-67.8503 Mb，在66.7099 Mb处LOD峰值得分为9.3300。Micab19（微生物丰度19，变形杆菌）映射到Chr 18:23.2653-23.7547 Mb，LOD峰值得分为8.6701，为23.7341 Mb。Micab20（微生物丰度20，16S ESV）映射到Chr 2:164.2552-165.1435 Mb，LOD峰值为8.2516，为164.3141 Mb。Micab21（微生物丰度21，16S ESV）映射到Chr 12:31.2622-33.3823 Mb，LOD峰值得分为8.1564，为33.2267 Mb。Micab22（微生物丰度22，Turicibacterales）映射到Chr 8:4.316-6.9358 Mb，LOD峰值得分为8.0438，为4.3166 Mb。Micab23（微生物丰度23，Turicibacteraceae）映射到Chr 8:4.3166-6.9358 Mb，在4.3166 Mb处的峰值LOD得分为8.0438。Micab24（微生物丰度24，Turicibacter）映射到Chr 8:4.316-6.9358 Mb，LOD峰值为8.0438，为4.3166 Mb。Micab25（微生物丰度25，16S ESV）映射到Chr 2:106.4954-115.5507 Mb，LOD峰值为7.9848，为115.1504 Mb。Micab26（微生物丰度26，16S ESV）映射到Chr 6:135.7233-137.7530 Mb，LOD峰值得分为7.8509，为136.5912 Mb。Micab27（微生物丰度27，16S ESV）映射到Chr 1:18.5001-21.1273 Mb，LOD峰值得分为7.8391，为19.3712 Mb。Micab28（微生物丰度28，16S ESV）映射到Chr 17:62.8397-62.9952 Mb，LOD峰值得分为7.7337，为62.8645 Mb。Micab29（微生物丰度29，16S ESV）映射到Chr 14:24.5798-25.4152 Mb，LOD峰值得分为7.6780，为24.9530 Mb。对于盲肠脱氧胆酸（DCA）（Bal2-5），WSB/EiJ创始人单倍型与较高水平的BA相关，而NOD/ShiLtJ创始人单倍型与较低水平相关。血浆牛磺脱氧胆酸呈现相反的模式，其中NOD/ShiLtJ和WSB/EiJ单倍型分别与较高和较低水平相关。盲肠DCA的提示性QTL为：Bal2（胆汁酸水平2，盲肠DCA）映射到Chr 18:41.7507-44.2413 Mb，LOD峰值得分为6.9832，为42.2771 Mb。Bal3（胆汁酸水平3，盲肠DCA）映射到Chr 12:105.0624-106.2201 Mb，LOD峰值得分为6.4398，为105.4887 Mb。Bal4（胆汁酸水平4，盲肠DCA）映射到Chr 13:25.7665-118.2735 Mb，LOD峰值得分为6.3664，为108.8442 Mb。Bal5（胆汁酸水平5，盲肠DCA）映射到Chr 1:121.3282-127.6879 Mb，LOD峰值评分为6.2822，为125.7685 Mb。作者还确定了Chr 11上~71 Mbp的二级BA石胆酸（LCA）（Bal6）和异石胆酸（ILCA）（Bal 7）盲肠水平的重叠暗示QTL，后者是由细菌差向异构化产生的LCA的异构体：Bal6（胆汁酸水平6，盲肠LCA）映射到Chr 11:58.3553-77.9319 Mb，LOD峰值得分为6.4792，为71.7827 Mb。Bal7（胆汁酸水平7，盲肠ILCA）映射到Chr 11:71.4398-78.3584 Mb，LOD峰值得分为7.3233，为72.9745 Mb。较高水平的盲肠BA与129S1/SvImJ创始者单倍型相关，较低水平与A/J创始单倍型有关。作者确定了位置候选基因Slc13a5，它是一种钠依赖性转运蛋白，介导细胞摄取柠檬酸盐，柠檬酸盐是脂肪酸和胆固醇生物合成的重要前体。最近的证据表明，Slc13a5影响宿主代谢和能量平衡。Slc13a5是孕烷X受体（PXR）的转录靶点，它还调节参与BA生物合成、运输和代谢的基因表达。作者将他们的共定位分析集中在约5.5 Mbp的Chr 8上，其中显著的Turicibacter sp.QTL Micab24与提示性血浆胆酸（CA）QTL Bal8重叠：Bal8（胆汁酸水平8，血浆CA）映射到Chr 8:4.3166-6.5812 Mb，LOD峰值得分为6.5561，为4.3166 Mb。这些特征特别令人感兴趣，因为先前的研究表明，两者都受到宿主遗传学的影响。在小鼠和人类的遗传研究中，Turicibacter被认为是高度遗传的，多项报告发现CA水平的差异与宿主基因型有关。此外，CA水平受到宿主遗传和微生物代谢的影响，因为它是由宿主肝脏酶从胆固醇合成的，随后被肠道微生物修饰。值得注意的是，这些共映射性状也具有相同的等位基因效应模式，其中A/J和WSB/EiJ单倍型分别具有强烈的正向和负向关联。重叠QTL定位到包含回肠胆汁酸转运蛋白Slc10a2基因的位点。中介分析和随后的后续验证实验表明，与不同菌株相关的Slc10a2基因表达的差异影响了这两个性状的水平，并揭示了Turicibacter和BA之间的新的相互作用。
