MGI数据和统计报告

下载小鼠的简短基因描述、基因表达、疾病注释、基因和分子相互作用以及变异数据，可从基因组资源联盟.

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小鼠遗传标记

1.小鼠遗传标记列表（按标记符号的字母顺序排序，以制表符分隔） MGI标记登录ID 染色体 cM位置 基因组坐标开始 基因组坐标结束 基因组链 标记符号 状态 标记器名称 标记器类型 功能类型（|-delimted） 标记同义词（以|分隔）         MRK_列表1.rpt（包括撤回的标记符号）         MRK_列表2.rpt（不包括撤回的标记符号）

2.MGI标记坐标（以制表符分隔） MGI标记访问ID 标记器类型 要素类型 标记符号 标记器名称 染色体 起始坐标 终点坐标 绞线 基因组构建 供应商 提供者显示         MGI_MRK_库德.rpt（GRCm39）

序列数据

1.MGI基因模型坐标（以制表符分隔） MGI标记访问ID 标记器类型 标记符号 标记器名称 基因组构建 Entrez基因ID NCBI基因染色体 NCBI基因启动 NCBI基因末端 NCBI基因链 集合基因ID 集合基因染色体 信号群基因启动 集合基因结束 集合基因链         MGI_Gene_Model_Coord.rpt（MGI_基因_模型_坐标.rpt）（GRCm39）

2.MGI序列坐标（GFF格式）（以制表符分隔） 染色体 功能的来源 标记器类型 起始坐标 终点坐标 清空列 绞线 清空列 ID=MGI ID；名称=标记符号；注意=标记功能         MGI_GTGUP.gff公司（GRCm39）

3.MGI序列坐标（GFF3格式）（制表符分隔） 3a、。MGI.gff3.gz公司 3b、。MGIreg.gff3.gz（监管功能）

4.MGI标记与序列（GenBank、RefSeq、Ensemble）信息的关联（制表符分隔） MGI标记访问ID 标记符号 状态 标记器类型 标记器名称 cM位置 染色体 基因组坐标开始 基因组坐标结束 绞线 GenBank接入ID （以管道分隔） RefSeq成绩单ID （如有） 乐团成绩单ID （如有） UniProt ID （如有） TrEMBL标识 （如有） 集合蛋白ID （如有） RefSeq蛋白ID （如有） 单基因ID （如有）         MRK_序列.rpt

5.MGI标记与SWISS-PROT和TrEMBL蛋白ID的关联（以tab分隔） MGI标记访问ID 标记符号 状态 标记器名称 cM位置 染色体 SWISS-PROT/TrEMBL蛋白质 访问ID （空格分隔）         MRK_SwissProt_TrEMBL.rpt公司

6.MGI标记与SWISS-PROT蛋白质ID的关联（以tab分隔） MGI标记访问ID 标记符号 状态 标记器名称 cM位置 染色体 SWISS-PROT蛋白 访问ID （以空格分隔）         MRK_SwissProt.rpt公司

7.MGI标记与基因陷阱ID的关联（以tab分隔） MGI标记访问ID 标记符号 状态 标记器名称 cM位置 染色体 突变体 细胞系ID （以空格分隔）         MRK_基因陷阱.rpt

8.MGI标记与Entrez基因的关联（tab-delimited） MGI标记访问ID 标记符号 状态 标记器名称 cM位置 染色体 类型 基因 DNA片段 其他基因组特征 综合体/集群/区域 微小核糖核酸 次要 访问ID （|-分隔） Entrez基因ID 同义词 （以|分隔） 功能类型（以|分隔） 基因组坐标开始 基因组坐标结束 绞线 生物类型 （以|分隔）         MGI_进入通用.rpt

9.MGI标记与信号群序列信息的关联（以制表符分隔） MGI标记登录ID 标记符号 标记器名称 cM位置 染色体 信号群接入ID 乐团成绩单ID （如有，以空格分隔） 恩森布尔蛋白ID （如有，以空格分隔） 功能类型（以|分隔） 基因组坐标开始 基因组坐标结束 绞线 生物类型 （以|分隔）         MRK_ENSEMBL.rpt公司

10.MGI标记与存在基因与假基因差异的Ensemble或NCBI基因模型的关联（tab-delimited） 标记符号 提供程序源 基因ID 生物型 MGI代表性基因模型         MGI_生物类型冲突.rpt

11.引物序列 标记符号 标记器名称 底漆标记名称 MGI标记访问ID MGI引物对ID 底漆1序列 底漆2序列 放大器大小 染色体 地图位置         PRB_初级序列rpt

12.InterPro域（以制表符分隔） InterPro ID（InterPro ID） 域标记名称 MGI标记访问ID 标记符号         MGI_跨域.rpt

脊椎动物同源性

1.同源类-包括：小鼠、人类、大鼠、斑马鱼（tab-delimited） DB类密钥 常见生物体名称 NCBI税号 符号 EntrezGene ID 鼠标MGI ID HGNC标识 OMIM基因ID 遗传位置 基因组坐标（小鼠或人类构建） 姓名 同义词（管道分隔）         主页_所有有机体.rpt（按DB类关键字排序）

2.具有序列信息的人类和小鼠同源类（以制表符分隔） DB类密钥 常见生物体名称 NCBI税号 符号 EntrezGene ID 鼠标MGI ID HGNC标识 OMIM基因ID 遗传位置 基因组坐标（小鼠或人类构建） 核苷酸RefSeq ID（以逗号分隔） 蛋白质RefSeq ID（逗号分隔） SWISS-PROT标识 （以逗号分隔）         HOM_房屋人类序列.rpt（按DB类关键字排序）

3.具有联盟同源性和HGNC和CCDS ID的小鼠基因 MGI标记访问ID 鼠标标记符号 鼠标标记名称 NCBI基因ID NCBI基因染色体 NCBI基因启动 NCBI基因结束 NCBI基因链 集合基因ID 集合基因染色体 信号群基因启动 集合基因结束 Ensembl基因链 CCDS ID（逗号分隔） HGNC标识         HGNC_联盟同源.rpt

4.带表型注释的小鼠/人类矫形学（以制表符分隔） 人类标记符号 人类Entrez基因ID 鼠标标记符号 MGI标记登录ID 高级哺乳动物表型ID （以逗号分隔）         HMD_人类表型.rpt

基因本体数据

1.带GO注释的标记的标记/SWISS-PROT关联（制表符分隔） MGI标记访问ID SWISS-PROT ID（；分隔）         gp2蛋白.mgi

2.小鼠标记的基因本体（GO）注释（另请参见GO注释文件格式在基因本体协会)         请注意，MGI中的GO数据包括官方发布日期之后的最新注释，因此可能不在当前官方发布文件中。 GAF文件：https://current.geneontology.org/annotations/mgi.gaf.gz GPI文件：https://current.geneontology.org/annotations/mgi.gpi.gz GPAD2.0文件：https://current.geneontology.org/annotations/mgi.gpad.gz

应变和多态性

1.官方菌株命名法（以制表符分隔） MGI菌株ID 菌株名称 应变类型         MGI_列车.rpt （按菌株名称的字母顺序排序）

2.未经审查的非标准小鼠菌株和库存命名法（以制表符分隔） MGI菌株ID 菌株名称 应变类型         MGI_非标准列车.rpt （按菌株名称的字母顺序排序）

3.ES细胞系名称和来源菌株列表（以制表符分隔） ES细胞系名称 菌株名称         ES_CellLine.rpt公司

基因表达

1.带有GXD文献内容记录的MGI遗传标记（以制表符分隔） MGI标记访问ID 鼠标标记符号 MGI引用访问ID（J:）（以逗号分隔）         MRK_GXD.rpt公司

2.带有GXD分析记录的MGI遗传标记（以tab分隔） MGI标记登录ID 鼠标标记符号 MGI化验登录ID（以逗号分隔）         MRK_GXD分析.rpt

3.MGI微阵列注释文件（制表符分隔） 探针集ID 序列ID MGI标识 基因符号 基因名称 染色体 起始坐标 终点坐标 绞线         Affy_1.0_ST_mgi.rpt公司（Affymetrix小鼠基因1.0 ST阵列）         Affy_430_2.0_mgi.rpt公司（Affymetrix基因芯片小鼠基因组430 2.0阵列）         Affy_U74_mgi.rpt公司（Affymetrix基因芯片小鼠基因组U74A-B-C_2）

4.OBO格式的鼠标解剖         成人_老鼠_解剖.obo

5.鼠-人解剖图         ma2ncit.obo公司

6.哺乳动物表型（MP）-小鼠发育解剖学（EMAPA）绘图 MP ID（MP ID） MP期限 电子邮箱ID EMAPA术语         MP_EMAPA.摘录

等位基因和表型

1.OBO v1.2中的哺乳动物表型词汇，制表符分隔，JSON和OWL格式         MPheno_OBO.ontology         VOC_哺乳动物表型.rpt         mp.json（mp.json）         mp.owl（mp.owl）         mp-国际猫头鹰

2.带表型注释的小鼠/人类矫形学（以制表符分隔） 人类标记符号 人类Entrez基因ID 鼠标标记符号 MGI标记访问ID 高级哺乳动物表型ID （空格分隔）         HMD_人类表型.rpt

3.所有小鼠表型等位基因列表（以制表符分隔） MGI通道接入ID Allele符号 Allele名称 Allele类型 Allele属性 原始参考PubMed ID MGI标记访问ID 标记符号 标记RefSeq ID 标记信号群ID 高级哺乳动物表型ID（以逗号分隔） 同义词（以|分隔） 标记器名称         MGI_表型通道.rpt

4.所有小鼠QTL等位基因列表（以tab分隔） MGI通道接入ID Allele符号 Allele名称 等位基因型 原始参考PubMed ID MGI标记访问ID 标记符号 标记RefSeq ID 标记信号群ID 标记染色体 标记起始坐标 标记结束坐标 基因组构建 高级哺乳动物表型ID（逗号分隔）         MGI_QTLAllele.rpt公司

5.所有基因型和哺乳动物表型注释（以制表符分隔） 等位基因组成 Allele符号 遗传背景 哺乳动物表型ID 公共医疗ID MGI标记登录ID（逗号分隔）         MGI_表型基因组.rpt

6.所有KOMP等位基因列表（以制表符分隔） 突变细胞系ID 逻辑数据库名称 MGI通道接入ID Allele符号 Allele名称 MGI标记访问ID 标记符号         KOMP_列尔.rpt

7.所有EUCOMM等位基因列表（以制表符分隔） 突变细胞系ID 逻辑数据库名称 MGI通道接入ID Allele符号 Allele名称 MGI标记访问ID 标记符号         欧盟通信委员会_ Allele.rpt

8.所有NorCOMM等位基因列表（以制表符分隔） 突变细胞系ID 逻辑数据库名称 MGI通道接入ID Allele符号 Allele名称 MGI标记访问ID 标记符号         诺尔COMM_Allele.rpt

9.标记型基因（不包括条件突变）的基因型和哺乳动物表型注释（tab-delimited） 等位基因组成 Allele符号 通道ID 遗传背景 哺乳动物表型ID PubMed ID（管道分隔） MGI标记访问ID（管道分隔） MGI基因型接入ID（管道分隔）         MGI_基因表型.rpt

10.标记型基因同时具有表型和疾病注释的基因型，不包括条件突变（以tab分隔） 等位基因组成 Allele符号 通道ID 遗传背景 哺乳动物表型ID PubMed ID（管道分隔） MGI标记访问ID（管道分隔） DO ID（以管道分隔）         MGI_基因_疾病DO.rpt

11.标记型基因的表型和阴性疾病注释的基因型，不包括条件突变（tab-delimited） 等位基因组成 Allele符号 通道ID 遗传背景 哺乳动物表型ID PubMed ID（管道分隔） MGI标记访问ID（管道分隔） DO ID（以管道分隔）         MGI_基因_非疾病DO.rpt

12.小鼠基因与DO疾病的相关性 DO疾病ID DO疾病名称 OMIM ID（管道分隔） 常见生物体名称 NCBI税号 符号 EntrezGene ID 鼠标MGI ID         MGI_DO.rpt公司

13.IMSR/KOMP计数 标记符号 MGI标记访问ID IMSR菌株总数 通道总数         MGI_IMSR公司.rpt

14.具有性别特异表型的基因型 基因型ID 性别 管理程序ID MP术语 等位基因组成 背景应变 性别特异性正常是/否 引文（如果没有PubMed ID，则为MGI ID）         MGI_现象_示例.rpt

15.人类基因人类疾病小鼠模型（以tab分隔） 人类基因符号 人类基因名称 人类基因的HGNC id（以管道分隔） 与人类基因相关的DO术语名称 与人类基因相关的DO术语ID 与DO项相关的小鼠基因型ID（以管道分隔） 小鼠基因 鼠标MGI ID 设施（以管道为界） 存储库ID（以管道分隔）         MGI_疾病基因模型.rpt

16.按基因型划分的人类疾病和小鼠模型（仅限1:1正交）（以tab分隔） 与人类基因相关的DO术语名称 与人类基因相关的DO术语ID NOT型号 Allele对 应变背景 Allele符号 Allele MGI标识 等位基因参考总数 等位基因的存储库ID（以管道分隔） 小鼠基因型RR id（以管道分隔） 小鼠基因符号 小鼠基因ID 基因的存储库ID（以管道分隔）         MGI_疾病鼠标模型.rpt

重组酶（cre）特异性

1.重组酶（cre）特异性 驾驶员 Allele符号 姓名 在中检测到 缺席者： IMSR应变 通道ID         MGI_重组_Full.html         MGI重组完整.rpt（制表符分隔的版本）

工具书类

1.MGI标记和PubMed ID的关联（以制表符分隔） MGI标记访问ID 标记符号 标记器名称 标记同义词 （以|分隔） PubMed ID （以|分隔）         MRK_参考.rpt

2.MGI引用访问ID和PubMed ID的关联（以制表符分隔） MGI参考访问ID 公共医疗ID 替代MGI参考检索ID（J:）         BIB_PubMed.rpt银行

克隆集合

1.所有克隆（以制表符分隔） MGI克隆ID 克隆名称 MGI标记ID 标记符号 克隆集         MGI_克隆集.rpt

DNA映射面板

1.科普兰-詹金斯-（C57BL/6J x M.spretus）F1 x C57BL/6J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 205只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_波兰-Jenkins_Panel.rpt（制表符分隔）

2.EUCIB（BSB）-（C57BL/6J x SPR或SEG/Pas）F1 x C57BL6J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 482只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_EUCIB_BSB_面板.rpt（制表符分隔）

3.EUCIB（BSS）-（C57BL/6J x SPR或SEG/Pas）F1 x SPR or SEG/Pas 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 501只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_EUCIB_BSS_面板.rpt（制表符分隔）

4.JAX（BSB）-（C57BL/6J x M.spretus）F1 x C57BL/6J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 94只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_JAX_BSB_面板.rpt（制表符分隔）

5.JAX（BSS）-（C57BL/6JEi x SPRET/Ei）F1 x SPRET/EiJ 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 94只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_JAX_BSS_面板.rpt（制表符分隔）

6.JAX小鼠突变体资源BCB-（C57BL/6J x CAST/Ei）F1 x C57BL/6J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 144只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_JAX_Mouse_Mutant_Resource_BCB_Panel.rpt（制表符分隔）

7.JAX小鼠突变资源BSS-（C57BL/6J x SPRET/Ei）F1 x SPRET/EiJ 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 139只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_JAX_Mouse_Mutant_Resource_BSS_Panel.rpt（制表符分隔）

8.科扎克FvC58-（NFS/N x M.spretus）F1 x C58/J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 93只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_Kozak_FvC58_面板.rpt（制表符分隔）

9.科扎克FvSpr-（NFS/N x M.spretus）F1 x M.sprestus 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 24只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_Kozak_FvSpr_Panel.rpt公司（制表符分隔）

10.Kozak Skive-（NFS/N或C58/J x M.M.musculus）F1 x M.M.musculusus 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 94只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_Kozak_Skive_Panel.rpt公司（制表符分隔）

11.麻省理工学院-（C57BL/6J-Lep<ob>x CAST）F1 x 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 46只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_MIT_面板.rpt（制表符分隔）

12.里夫斯（第16章）-性别平均亚种间绘图面板 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 707只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_Reeves_Chr_16_面板.rpt（制表符分隔）

13.赛尔丁-（C3H/HeJ-Fasl<gld>x M.spretus）F1 x C3H/HeJ-Fasl<gld>/J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 849只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_选择面板.rpt（制表符分隔）

14.加州大学洛杉矶分校（BSB）-（C57BL/6J x M.spretus）F1 x C57BL/6J 染色体 MGI标记访问ID 标记符号 67只动物的等位基因数据（每只动物1列） J编号         MGI_UCLA_BSB_面板.rpt（制表符分隔）