QTL参考注释
协作杂交（CC）是一个大型（约1000株系）重组近交系（RI）小鼠菌株小组，正在通过社区努力开发（Churchill等人，2004年）。CC结合了八个遗传多样的创始菌株A/J、C57BL/6J、129S1/SvImJ、NOD/ShiLtJ、NZO/HlLtJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ和WSB/EiJ的基因组，捕获了实验室小鼠中存在的近90%的已知变异。CC菌株是使用独特的漏斗繁殖方案获得的。一旦近交，RI-CC系可以通过重组近交杂交（RIX）产生数千个潜在的“远交”但完全可复制的基因组。名称“PreCC”用于描述仍处于近亲繁殖初期的CC小鼠的绘图群体。CTC（2004），Churchill，G.A.等人，《协作十字架》，一种用于复杂性状遗传分析的社区资源。自然遗传学。36, 1133-7.
严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）于20022003年出现，是21世纪第一种高致病性人畜共患病毒。感染者经历了从轻度呼吸道症状到严重肺部疾病的疾病表型，包括弥漫性肺泡损伤（DAD）、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和死亡（10%死亡率）。
已知宿主遗传变异有助于感染后的不同发病机制。小鼠模型可以直接评估导致SARS-CoV敏感性的宿主遗传因素。基于对协作杂交（CC）小鼠多亲群体早期株系的评估，作者确定了两个对SARS-CoV具有高度不同敏感性的株系：抗性CC003/Unc和敏感性CC053/Unc。作者产生264只（CC003/Unc x CC053/Unc）F2小鼠，并用SARS-CoV感染它们。体重减轻、肺出血和病毒载量都是高度相关的疾病表型。使用MUGA阵列（Neogen Inc.，Lincoln，NE）对小鼠进行基因分型。作者在CC003/Unc和CC053/Unc）的重复样本中选择了以双等位基因方式表现的SNP标记，并使用argyle软件包，使用thin.genotypes（）函数得到一组304个均匀分布在基因组中的双等位标记，用于QTL定位。他们使用argyles as.rqtl.genotypes（）函数将这些数据导出到R/QTL包中，并使用rqtl中的scanone（）函数为每个测量的表型性状绘制QTL。QTL分析确定了8个新的QTL（相对于GRCm38/mm10的基因组坐标）：Hrsq5（宿主对SARS QTL 5的反应，D3%权重）映射到Chr 18:27.108062-58.694005 Mb，LOD峰值得分为5.55，为42.852536 Mb（backupUNC181069094）。Hrsq5解释了6.60个性状变异。Hrsq6（宿主对SARS QTL 6的反应，D3%重量）映射到Chr 9:116.476207-端粒，LOD峰值为3.11，为121.771517 Mb（backupJAX00708075）。Hrsq6解释了7%的性状变异。Hrsq7（宿主对SARS QTL 7的反应，对数滴度）映射到Chr 7:55.169841-117.22358 Mb，在96.668697 Mb处的峰值LOD得分为8.12（UNC070369595）。Hrsq7解释了12.30%的性状变异。Hrsq8（宿主对SARS QTL 8的反应，对数滴度）映射到Chr 12:81.649471-108.529109 Mb，LOD峰值为4.06，为88.541688 Mb（UNC120199018）。Hrsq8解释了5.40%的性状变异。Hrsq9（宿主对SARS QTL 9的反应，出血）映射到Chr 15：着丝粒-64.430001 Mb，LOD峰值为0.67，为30.785867 Mb（UNC150077326）。Hrsq9解释了9.10%的性状变异。Hrsq10（宿主对SARS QTL 10的反应，D4%权重）映射到Chr 18:27.108062-58.694005 Mb，LOD峰值为7.27，为51.250937 Mb（JAX00083358）。Hrsq10解释了8.50%的性状变异。Hrsq11（宿主对SARS QTL 11的反应，对数滴度）映射到Chr 18:27.108062-58.694005 Mb，LOD峰值为7.27，为51.250937 Mb（JAX00083358）。Hrsq11解释了12.90%的性状变异。Hrsq12（宿主对SARS QTL 12的反应，出血）映射到Chr 18:24.762824-78.29634 Mb，LOD峰值为7.27，为51.250937 Mb（JAX00083358）。Hrsq12解释了6%的性状变异。作者发现，Hrs5和Hrs6之间的加性相互作用有力地支持第3天的体重减轻（LOD=8.27，全基因组P=0.05阈值=6.25）。作者发现Hrs9和Hrs12对出血的加性相互作用有很强的支持（LOD=9.43，全基因组P=0.05阈值=6.4）。作者发现了Hrs7和Hrs8之间病毒滴度的完整相互作用模型（即加性和上位性相互作用）的证据（LOD=13.3，全基因组P=0.05阈值=11.4）。作者发现了Hrs7和Hrs11之间以及之间病毒滴度交互作用（即加性和上位性交互作用）的完整模型的证据（LOD=17.5，全基因组P=0.05阈值=11.4）。Hrsq5、Hrsq10、Hrsq11和Hrsq12基因座近端共享的PWK/PhJ单倍型在功能上将QTL区域减少到31.2-58.6 Mb，并且在最高度相关的标记（JAX00083358，Chr18:51.41 Mb），作者发现，CC003/Unc PWK衍生等位基因与CC053/Unc C57BL/6J衍生等位蛋白相关的疾病增强有关，这是一种违反分离的情况。与CC053/Unc单倍型（WSB/EiJ）相比，Hrsq6具有CC003/Unc单倍型（C57BL/6J），与体重减轻相关。Hrsq7显示CC003/UNC单倍型（PWK/PhJ 55.1-69 Mb；C57BL/6J 69-78 Mb；129S1/SvImJ 78-90 Mb；C67BL/6 J和129S1/Sv ImJ 90-117.22 Mb）与CC053/UNC单倍型相比病毒滴度降低相关（C57BL/6J和WSB/EiJ不确定性55.1-58 Mb，WSB/Ei J和PWK/Ph J不确定性58-81 Mb；WSB/EI J 81-117.22 M）。Hrsq8具有CC003/Unc单倍型（NOD/ShiLtJ），与CC053/Unc单倍型相比，其病毒滴度更低（WSB/EiJ 81.6-88.9 Mb；WSB/EiJ和CAST/EiJ不确定性88.9-108 Mb）。与CC053/Unc单倍型（NOD/ShiLtJ着丝粒-22.3 Mb；129S1/SvImJ 22.3-32.2 Mb；CAST/EiJ 32.2-64.4 Mb）相比，Hrsq9的CC003/Unc单倍型（PWK/PhJ着丝子-30 Mb，NZO/HlLtJ和PWK/PhJ不确定性30-36 Mb，PWK/Ph J 36-64.4 Mb）与下肺出血相关。作者将TLR信号通路中的衔接蛋白Ticam2确定为在Chr 18位点驱动差异疾病的候选基因。蒂卡姆2-/-小鼠对SARS-CoV感染高度敏感，表现出比对照小鼠体重减轻更多，肺出血更多。
