Tbvq2型普华永道/菲律宾
QTL变量细节
总结
QTL变体: Tbvq2型普华永道/菲律宾
姓名: 骨小梁体积QTL 2;普华永道/菲律宾
MGI编号: MGI:6111827
QTL基因: Tbvq2型  地点:Chr2:115430481-124741920基点遗传位置:Chr2,同步
变体
起源
试样应变:  普华永道/菲律宾
变体
描述
通道类型:    QTL(数量限制)
笔记

该QTL的定位和表型信息,其变体和相关标记

J: 240008个

QTL参考注释

协作杂交(CC)是一个大型(约1000株系)重组近交系(RI)小鼠菌株小组,正在通过社区努力开发(Churchill等人,2004年)。CC结合了八个遗传多样的创始菌株的基因组——A/J、C57BL/6J、129S1/SvImJ、NOD/ShiLtJ、NZO/HlLtJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ和WSB/EiJ——捕获了实验室小鼠中存在的近90%的已知变异。CC菌株是使用独特的漏斗繁殖方案获得的。一旦近交,RI-CC系可以通过重组近交杂交(RIX)产生数千个潜在的“远交”但完全可复制的基因组。名称“PreCC”用于描述仍处于近亲繁殖初期的CC小鼠的绘图群体。CTC(2004),Churchill,G.A.等人,《协作十字架》,一种用于复杂性状遗传分析的社区资源。自然遗传学。36, 1133-7.

本研究的目的是在协同杂交(CC)小鼠群体中确定与骨强度相关的骨微结构和代谢的新遗传决定因素。

使用来自31个CC系(平均每系5只小鼠)的10至13周龄PreCC#/Tau小鼠(雄性n=86;雌性n=74)进行77808个单核苷酸多态性(SNP)的全基因组单倍型映射。

通过对股骨远端干骺端进行10 m分辨率的扫描,通过显微断层分析获得小梁特征的微观结构。在每只CC动物中,测量股骨远端干骺端的小梁骨体积分数(BV/TV)、小梁骨数(Tb.N)、小梁厚度(Tb.Th)和小梁骨连接密度(Conn.D)。虽然在雄性和雌性中都观察到表型异质性,但各品系之间的雌性变异性更大(图S1)。不考虑性别影响,数据表明体重不会影响任何分析的骨骼参数。

所有QTL均高于全基因组99个百分位阈值;它们是通过200次置换模拟实验获得的,每次扫描的实验范围内错误发现率(FDR)低于1%。

在调整性别和年龄并取每个品系的平均值后,进行单倍型关联分析。适用于BV/TV和Tb。每个性状的两个近端QTL分别在第2和第7染色体上鉴定。Tb、。N和Conn.D分别在第8染色体和第14染色体上产生了一个QTL。

QTL Tbvq1(骨小梁体积QTL 1)在第2染色体上的95%置信区间为126.2~135.6 Mb,logP值为6.67。

QTL Tbvq2(骨小梁体积QTL 2)以95%置信区间定位在2号染色体上,其范围为115.6至124.9Mb,logP值为6.31。

QTL Tbnq1(小梁骨数QTL 1)在第8染色体上的95%置信区间为30.8~46.9 Mb,logP值为5.63。

QTL Tbthq1(骨小梁厚度QTL 1)在7号染色体上定位,其95%置信区间为62.7~68.1 Mb,logP值为7.87。

QTL Tbthq2(骨小梁厚度QTL 2)在7号染色体上定位,其95%置信区间为66.01~77.9 Mb,logP值为5.36。

QTL Tbconq1(小梁骨连接性QTL 1)在第14号染色体上以95%的置信区间进行了定位,置信区间为64.7~77.1 Mb,logP值为6.36。

随后,评估创始菌株对每个QTL的单倍型贡献;Tbvq1、Tbvq 2、Tbthq1和Tbthq 2主要受PWK创始菌株的影响。相比之下,Tbnq1和Tbconq1的创始人贡献更大。

根据文献,在分析中排名特别高(P<10-6)且在骨骼生物学中具有验证因果作用的候选基因中,有Avp、Oxt、B2m(与Tbvq1和Tbvq2相关)、Cnot7(与Tb nq1相关)、Pcsk6、Rgma(与Tbthq1和Ththq2相关),Rb1和Cpb2(与Tbconq1相关的)。分析强烈建议的其他候选基因包括Sgcz、Fgf20(与Tbnq1相关)和Chd2(与Tbthq1和Ththq2相关)。

工具书类
原件:  J: 240008个Levy R等,基因关联研究中的合作杂交小鼠揭示了骨微结构的新候选基因。BMC基因组学。2015年11月26日;2016年10月13日
全部:  1个参考

贡献项目:
小鼠基因组数据库(MGD)、基因表达数据库(GXD)、人类癌症小鼠模型数据库(MMHCdb)(前身为小鼠肿瘤生物学(MTB))、基因本体(GO)
引用这些资源
资金筹措信息
保修免责声明、隐私声明、许可和版权
向发送问题和评论用户支持.
上次数据库更新
04/16/2024
MGI 6.23标准
杰克逊实验室