QTL参考注释
协作杂交（CC）是一个大型（约1000株系）重组近交系（RI）小鼠菌株小组，正在通过社区努力开发（Churchill等人，2004年）。CC结合了八个遗传多样的创始菌株的基因组——A/J、C57BL/6J、129S1/SvImJ、NOD/ShiLtJ、NZO/HlLtJ、CAST/EiJ、PWK/PhJ和WSB/EiJ——捕获了实验室小鼠中存在的近90%的已知变异。CC菌株是使用独特的漏斗繁殖方案获得的。一旦近交，RI-CC系可以通过重组近交杂交（RIX）产生数千个潜在的“远交”但完全可复制的基因组。名称“PreCC”用于描述仍处于近亲繁殖初期的CC小鼠的绘图群体。CTC（2004），Churchill，G.A.等人。协作交叉，一种用于复杂性状遗传分析的社区资源。自然遗传学。36, 1133-7.
对PreCC#/Geni小鼠（N16代及以后的110个CC系）的绘图群体进行连锁分析。用MegaMUGA（小鼠通用基因分型阵列）对小鼠进行77000个SNP标记的基因分型，并进行QTL定位以确定与毛色相关的基因座。所有坐标均相对于NCBI GRCm37（mm9）。
QTL Albc在7号染色体上定位于91-96 Mb，峰值位于93 Mb（未给出LOD评分），与白化皮毛颜色相关。分析清楚地表明，两名白化病创始者（NOD/LtJ和A/J）对表型有贡献。酪氨酸酶（Tyr）基因被鉴定为致病基因。Tyr突变已被功能验证为导致白化皮毛颜色。QTL Agoc定位于2号染色体上的153.8-158Mb，峰值位于154Mb（未给出LOD评分），与agouti毛色连锁。C57BL/6J和A/J创始菌株在该位点清楚地显示出等位基因分化，Agouti（A）基因是该区域最可能的候选基因。QTL Cinq在第4染色体上定位为78-81 Mb（LOD峰值得分和位置未给出），与肉桂色相关。峰值由A/J创始人等位基因定义；所有具有肉桂性状的菌株在该位点都具有A/J单倍型。Tyrp1被鉴定为潜在的候选基因；它编码酪氨酸酶相关蛋白，这已被证明导致棕色稀释特性。QTL Choq1在第2染色体上定位为149-156 Mb（LOD峰值得分和位置未给出），与巧克力色相关。巧克力色和肉桂色被毛小鼠共享相同的4号染色体基因/等位基因（即Tyrp1）。然而，与肉桂小鼠相比，所有巧克力色外壳小鼠在agouti基因座上都有C57BL/6J或a/J等位基因，这表明第2染色体上的非agouti等位基因与Tyrp1相互作用产生巧克力色外壳。QTL Choq2在第4染色体上定位为79.5-80.5 Mb（LOD峰值得分和位置未给出），与巧克力色相关。巧克力色和肉桂色被毛小鼠共享相同的4号染色体基因/等位基因（即Tyrp1）。然而，与肉桂小鼠相比，所有巧克力色外壳小鼠在agouti基因座上都有C57BL/6J或a/J等位基因，这表明第2染色体上的非agouti等位基因与Tyrp1相互作用产生巧克力色外壳。QTL Wbq定位于与白胚性状连锁的第2染色体（未给出LOD峰值和位点位置）。只有129S1/SvImJ单倍型有助于等位基因的分化。该菌株具有一种已知的促突变（Aw），可导致腹部色素沉着减少。Wbq位点与含有agouti（a）基因的区域重叠，使其成为Wbq QTL最可能的候选基因。
