候选基因
通过对重组同源(RC)菌株CXB5/ByJ的精细定位,将Pas15肺癌易感性位点定位于小鼠6号染色体上的486kb区域。CXB5/ByJ来源于BALB/cJ和C57BL/6J祖细胞株,对肺部肿瘤的发展具有高度抵抗力。对29个近交系Pas15附近1Mb区域的65个标记进行基因分型,发现核心单倍型为C57BL/6衍生或a/J衍生。Pas1关键区域包含6个候选基因:Bcat1、Lrmp、Kras、Casc1、4933403M22Rik和4930469P12Rik。在(A/J x C57BL/6J)F1小鼠的肺部肿瘤中,Casc1似乎仅由A/J等位基因表达,4933403M22Rik的表达似乎完全下调。
先前确定的QTL Pas15(肺腺瘤易感性1)在小鼠6号染色体上的间隔为468 kb。该区域包含六个候选基因:Lrmp、Casc1、4930469P12Rik(aka Ghiso)和4933403M22Rik,aka Lmna-rs1。每个候选基因的等位基因特异性表达构建来自近交系A/J(肺腺瘤易感株)和C57BL/6J(肺腺瘤耐药株)的肺mRNA。将表达构建物转染到2个人类小细胞肺癌细胞系中并进行转化检测。Lrmp和4930469P12Rik构建物转化人肺癌细胞的能力在A/J和C57BL/6J等位基因之间没有差异。然而,与C57BL/6J等位基因相比,Casc1的A/J等位蛋白产生的转化人类细胞更少,而4933403M22Rik的A/J等位基因产生的转化人体细胞更多。Casc1在A/J衍生等位基因的肺部肿瘤中优先表达。在任何基因型的小鼠肺肿瘤中均未观察到4933403M22Rik的表达。作者表示,实验结果并不一定排除Lrmp和4930469P12Rik作为Pas1的候选基因。
该QTL的定位和表型信息,其变体和相关标记
先前鉴定的QTL Pas1和Pas2在F11代使用(A/J x C57BL/6)高级杂交系(AIL)进行了确认和精细定位。父母株A/J易患肺肿瘤,而父母株C57BL/6具有耐药性。
在Kras附近的小鼠6号染色体上,Pas1被解析为1 cM-1.3 cM的区间,在D6Mit57(71.7 cM)处LOD得分>150。1.7.2016-策展人注:由于Pas1最初是在J:17778中绘制的,1997年使用了(C57BL/6J x A/J)F2杂交,其方向与这里使用的杂交不同,我们认为当前的研究是一个单独的作图实验,并将该QTL命名为Pas15。Pas15区域的候选基因包括Lrmp、4933403M22Rik、4930469P12Rik,Bcat1(Eca39)、5133400D11Rik(mHoj-1)和Sspn(Krag)。这些候选基因的SNP分析显示Lrmp、4933403M22Rik和4930469P12Rik中存在编码区多态性,但Bcat1(Eca39)、5133400D11Rik(mHoj-1)或Sspn(Krag)中没有。候选基因4933403M22Rik与Pas15高度相关,作者称其为Pas1c1(Pas1候选基因1)。4933403M22Rik的半定量RT-PCR分析显示C57BL/6和A/J中存在不同的亚型转录物。Pas2定位于小鼠17号染色体D17Mit23和D17Mit131之间的7.6Mb区域,在D17Mis16(17.4cM)具有最强的相关性(LOD=3.0)。Pas1和Pas2之间可能存在相互作用。1.4.2016-策展人注:由于Pas2最初在J:21801中使用(C57BL/6JOlaHsd x A/JOlaHsd)F2杂交和回交群体进行了定位,这与此处使用的杂交方向不同,因此我们认为当前研究是一个单独的定位实验,并将QTL命名为Pas19。在使用高级杂交系的研究中,未检测到Pas3。
利用77个多态性标记对(a/J x C57BL/6J)F1 x C57BI/6J回交动物群体进行连锁分析,以确定与肺腺瘤易感性相关的QTL。父母株A/J易患ENU诱导的肺腺瘤,而父母株C57BL/6J具有耐药性。
一个QTL,峰值LOD=4.78,定位于第6号染色体的一个区域,该区域两侧有Kras和与D6Int1紧密相连的远端标记。2015年4月12日。馆长注:作者将此QTL等同于Pas1。然而,由于Pas1最初在J:17778中作图,1997年使用(C57BL/6J x A/J)F2杂交,其中杂交方向与此处使用的杂交方向不同,我们认为这是一个单独的作图实验,并标记了这个QTL,Pas15。这个基因座是遗传变异的50%。D19Mit42和D19Mit19之间在小鼠19号染色体上约有16 cM的显著关联。这个基因座叫做Pas3,解释了10%的遗传变异。Pas3附近的候选基因为Tnfrsf6(以前叫Fas)和Slc3a2(以前叫Mdu1)。12.14.2015. 策展人注:Pas3最初在J:21801中绘制,使用来自(C57BL/6JOlaHsd x a/JOLaH sd)F2交叉种群和(C57BI/6JOLa Hsd×a/JOLa H sd)F1 x a/JOLah sd和(C57 BL/6JolaH dd×a/JOlaHsd)F1 x C57BL/6JOlaHsd回交种群的汇总结果。由于本研究中用于产生F1雌性的杂交方向不同,我们将此视为单独的图谱实验,并将QTL Pas16命名为QTL。Pas15和Pas16似乎相互作用。与其他基因型相比,Pas15和Pas16的杂合性使肿瘤计数增加。