跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

政府意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府网站。

Https公司

网站是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2016年5月1日；2(5):616-624.
doi:10.1001/jamancol.2015.5699。

儿童实体瘤临床肿瘤诊断率和种系全外显子序列测定

D威廉姆斯·帕森斯 1, 昂舒莫·罗伊 2, 杨亚萍 三, 王涛（音译） 4, 莎拉·斯科隆 5, 凯蒂·伯格斯特罗姆 5, 罗宾·科尔斯坦 5, 斯蒂芬妮·古铁雷斯 5, 安德烈亚·彼得森 三, 阿布谢克·巴夫勒 5, 弗兰克·Y·林 6, 多洛雷斯·洛佩斯·特拉达 2, 费德里科·蒙森 7, M约翰·希克斯 2, 凯伦·W·埃尔丁 7, Norma M Quintanilla公司 7, 阿德昆勒·M·阿德西纳 8, 卡莉·莫希拉（Carrie A Mohila） 7, 威廉·怀特黑德 9, 安德鲁·杰阿 9, 桑吉夫·瓦苏德万 10, 杰德·努克特恩 11, 乌玛·拉马穆尔西 12, 艾米·麦奎尔 13, 苏珊·希尔森贝克 4, 杰弗里·雷德 14, 唐娜·穆兹尼 14, 大卫·A·惠勒 15, 斯泰西·L·伯格 6, Murali M Chintagumpala村 6, Christine M Eng公司 三, 理查德·吉布斯 16, 沙龙·E·普隆 1
附属公司

儿童实体瘤临床肿瘤诊断率和种系全外显子序列测定

D威廉姆斯·帕森斯等。 JAMA Oncol公司. .

摘要

重要性：全外显子组测序（WES）有可能揭示与临床相关的肿瘤和种系突变，但对患有实体瘤的儿科患者的诊断结果尚不清楚。

目标：描述肿瘤与生殖系WES联合诊断儿童实体瘤的诊断率。

设计：2012年8月至2014年6月的23个月期间，在一家大型儿童学术医院前瞻性地将患有新诊断和以前未治疗的中枢神经系统（CNS）和非CNS实体肿瘤的未经挑选的儿童纳入BASIC3研究。血液和肿瘤样本在经认证的临床实验室中进行WES，基因结果根据感知的临床相关性进行分类，并输入电子健康记录。

主要成果和措施：体细胞突变的临床分类；有害种系突变的频率与患者表型和偶然的药物作用突变有关。

结果：在前150名参与者中（80名男孩和70名女孩，平均年龄7.4岁），121名患者（81%）的肿瘤样本足以用于WES。121例患者中有4例（3%）报告了已确定临床实用性（I类）的体细胞突变，121例中另有29例（24%）检测到潜在实用性（II类）突变。CTNNB1是突变频率最高的基因，KIT、TSC2和MAPK通路基因（BRAF、KRAS和NRAS）也有反复突变。121例肿瘤中，另有24例（20%）发现共有癌基因（III类）突变。在所检测的肿瘤类型中，已知反复突变的基因中，所鉴定的体细胞突变不到一半。在150例患者中，有15例（10%）发现了与患者表型相关的诊断生殖系发现：成人和儿童癌症易感基因中的13个致病性或可能致病性显性突变（包括TP53、VHL和BRCA1中各2个），1例肝细胞癌隐性肝病（TJP2）和1例肾诊断（CLCN5）。在150名患者中，有8名（5%）报告了意外发现。大多数患者在癌症基因（98%）、药物遗传变异（89%）和隐性携带者突变（85%）中存在种系不确定变异。

结论和相关性：肿瘤和生殖系WES显示了之前与成人和儿童癌症相关的广泛基因突变。结合肿瘤和生殖系WES的报告，在近40%新诊断的实体肿瘤患儿中发现了诊断性和/或潜在的可操作性发现。

PubMed免责声明

利益冲突声明

利益冲突披露：截至2015年2月，贝勒医学院（Baylor College of Medicine）和米拉卡控股公司（Miraca Holdings Inc）成立了一家合资企业，对贝勒米拉卡遗传学实验室（Baylor-Miraca Genetics Laboratories）拥有共同所有权和管理权，该实验室负责外显子组测序。吉布斯博士是首席科学官；Eng博士是副总裁兼执行实验室主任；Plon博士是Baylor Miraca遗传学实验室科学咨询委员会的成员。未报告其他冲突。

数字

图1
图1。临床肿瘤和种系全外显子序列测定报告中的突变结果类别
显示了体细胞突变（A）和种系突变（B）的报告类别。如果家长在研究登记时提出要求，则进行常染色体隐性携带者突变的种系检测。PCG表示药物遗传；VUS，具有不确定意义的变体。面板B中的图像改编自Scollon等人的研究，这是一篇开放存取的文章。有关分类的更多信息TSC2系统移码是一种II类突变，参见Perry等人、Krueger等人和Iyer等人。
图2
图2。在研究参与者中检测到体细胞突变
A、 通过肿瘤全基因组测序（WES）确定每个参与者的体细胞突变最高类别。除了可获得肿瘤样本的整个患者队列（n=121）外，还显示了患有中枢神经系统（CNS）肿瘤（n=40）和非CNS肿瘤（n=81）的儿童亚群的数据。I表示I类突变；二、 Ⅱ类突变；三、 Ⅲ类突变；四、 IV类或无突变。B、 肿瘤WES患者复发性体细胞突变靶向基因。
图3
图3。肿瘤和生殖系全外显子序列测定（WES）的联合产量
新诊断实体瘤儿童的肿瘤和生殖系WES确定的具有已知或潜在临床意义的突变。每个切片代表一个同时进行肿瘤和种系测序的不同患者（n=121），每个同心环代表一类体细胞或种系突变。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

  • 转移癌的全外显子序列测定和治疗反应的生物标记物。
    Beltran H、Eng K、Mosquera JM、Sigaras A、Romanel A、Rennert H、Kossai M、Pauli C、Faltas B、Fontugne J、Park K、Banfelder J、Prandi D、Madhukar N、Zhang T、Padilla J、Greco N、McNary TJ、Herrscher E、Wilkes D、MacDonald TY、Xue H、Vacic V、Emde AK、Oschwald D、Tan AY、Chen Z、Collins C、Gleave ME、Wang Y、Chakravarty D、Schiffman M、Kim R、，Campagne F、Robinson BD、Nanus DM、Tagawa ST、Xiang JZ、Smogorzewska A、Demichelis F、Rickman DS、Sboner A、Elemento O、Rubin MA。 Beltran H等人。 JAMA Oncol公司。2015年7月；1(4):466-74. doi:10.1001/jamancel.2015.1313。 JAMA Oncol公司。2015 PMID：26181256 免费PMC文章。
  • 临床全基因组测序患者的分子发现。
    Yang Y、Muzny DM、Xia F、Niu Z、Person R、Ding Y、Ward P、Braxton A、Wang M、Buhay C、Veeraraghavan N、Hawes A、Chiang T、Leduc M、Beuten J、Zhang J、He W、Scull J、Willis A、Landsverk M、Craigen WJ、Beheirnia MR、Stray Pedersen A、Liu P、Wen S、Alcaraz W、Cui H、Walkiewicz M、Reid J、Bainbridge M、Patel A、Boerwinkle E、Beaudet AL、Lupski JR，Plon SE、Gibbs RA、Eng CM。 杨毅等。 JAMA公司。2014年11月12日；312(18):1870-9. doi:10.1001/jama.2014.14601。 JAMA公司。2014 PMID：25326635 免费PMC文章。
  • 通过肿瘤和正常DNA中癌相关基因的通用序列与基于指南的种系检测对晚期癌症患者的突变检测。
    Mandelker D、Zhang L、Kemel Y、Stadler ZK、Joseph V、Zehir A、Pradhan N、Arnold A、Walsh MF、Li Y、Balakrishnan AR、Syed A、Prasad M、Nafa K、Carlo MI、Cadoo KA、Sheehan M、Fleischut MH、Salo-Mullen E、Trottier M、Lipkin SM、Lincoln A、Mukherjee S、Ravichandran V、Cambria R、Galle J、Abida W、Arcila ME、Benayed R、Shah R、Yu K、Bajorin DF、，科尔曼JA、Leach SD、Lowery MA、Garcia-Aguilar J、Kantoff PW、Sawyers CL、Dickler MN、Saltz L、Motzer RJ、O'Reilly EM、Scher HI、Baselga J、Klimstra DS、Solit DB、Hyman DM、Berger MF、Ladanii M、Robson ME、Offit K。 Mandelker D等人。 JAMA公司。2017年9月5日；318(9):825-835. doi:10.1001/jama.2017.11137。 JAMA公司。2017 PMID：28873162 免费PMC文章。
  • 儿童实体癌的遗传易感性。
    Capasso M、Montella A、Tirelli M、Maiorino T、Cantalupo S、Iolascon A。 Capasso M等人。 前Oncol。2020年10月28日；10:590033. doi:10.3389/fonc.2020.590033。eCollection 2020。 前Oncol。2020 PMID：33194750 免费PMC文章。 审查。
  • 胰腺腺泡细胞癌与巴西航空公司2生殖系突变：病例报道和文献综述。
    Kryklyva V、Haj Mohammad N、Morsink FHM、Ligtenberg MJL、Offerhaus GJA、Nagtegaal ID、de Leng WWJ、Brosens LAA。 Kryklyva V等人。 癌症生物治疗。2019年；20(7):949-955. doi:10.1080/15384047.2019.1595274。Epub 2019年4月19日。 癌症生物治疗。2019 PMID：31002019 免费PMC文章。 审查。
查看所有类似文章

引用人

查看所有“引用者”文章

工具书类

    1. Vogelstein B，Papadopoulos N，Velculescu VE，Zhou S，Diaz LA，Jr，Kinzler KW.癌症基因组景观。科学。2013;339(6127):1546–1558.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Yang Y，Muzny DM，Reid JG，等。孟德尔病诊断的临床全基因组测序。《新英格兰医学杂志》2013；369(16):1502–1511.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Yang Y，Muzny DM，Xia F，等。临床全基因组测序患者的分子发现。JAMA公司。2014;312(18):1870–1879.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Dorschner MO、Amendola LM、Turner EH等。国家心脏、肺和血液研究所大机会外显子序列项目。1000名受试者外显子中的致病性偶然发现。美国人类遗传学杂志。2013;93(4):631–640.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Garraway LA。基因组驱动的肿瘤学：新兴范式的框架。临床肿瘤学杂志。2013;31(15):1806–1814.-公共医学