.2015年7月1日;43(W1):W589-98。
doi:10.1093/nar/gkv350。
Epub 2015年4月20日。
BioMart社区门户:大型集中数据存储库的创新替代方案
达米安·斯梅德利 1, 赛义德·海德尔 2, 斯特芬·杜林克 三, 卢卡·潘迪尼 4, 保罗·普罗维罗 5, 詹姆斯·艾伦 6, 奥利维尔·阿奈兹 7, 穆罕默德·哈姆扎·阿威德 8, 理查德·巴尔多克 9, 朱莉娅·巴比埃拉 4, 菲利普·巴杜 10, 蒂姆·贝克 11, 安德鲁·布雷克 12, Merideth Bonierbale公司 13, 安东尼·布鲁克斯 11, 加布里埃尔·布奇 4, 伊万·布埃蒂 4, 莎拉伯格 6, 塞德里克·卡布 10, 约瑟夫·卡尔森 14, 克劳德·切拉拉 15, 查拉兰博斯·克里斯托莫 11, 大卫·西塔罗 4, 奥利维尔·科林 16, 劳尔·科尔多瓦 13, 罗莎琳德·卡茨 15, 埃里克·达西 17, 亚历克斯·迪·热那瓦 18, 阿尼斯·贾里 19, 安东尼·埃斯波西托 20, 希瑟·埃斯特雷拉 20, 爱德华多·伊拉斯 21, 朱利奥·费尔南德斯·班特 20, 西蒙·福布斯 1, 罗伯特·C·弗里 11, 藤泽隆本 22, 伊曼纽拉·加达列塔 15, 何塞·M·加西亚-马提加 4, 大卫·古德斯坦 14, 克里斯蒂安·格雷 23, 何塞·阿方索·格拉·阿桑桑奥 15, 伯纳德·哈格蒂 9, 东晋韩 24, Byung Woo Han先生 25, 托德·哈里斯 26, 杰森·哈什巴格 27, 罗伯特·K·黑斯廷斯 11, 理查德·海耶斯 14, 克莱尔·霍德 19, 沈虎 28, 胡志良 29, 露西·哈钦斯 30, 菅正炎 20, 川崎英彦 31, 阿米娜·凯利特 32, 阿诺德·科霍努 6, Sunghoon Kim先生 24, 罗达·金塞拉 6, 克里斯托夫·克洛普 19, 香港理工大学 33, 丹尼尔·劳森 34, 拉扎雷维奇 4, 李继云 35, 托马斯·莱特利尔 32, 李传云 36, 彼得罗·里奥 37, 刘楚军 36, 杰罗 6, 亚历杭德罗·马斯 38, 杰罗姆·马里特 19, 托马斯·莫雷尔 6, 燕麦 4, 阿扎·穆斯塔法·穆罕默德 39, 弗朗索瓦·莫瑞斯 10, 伊布安明-纳比胡定 19, 纳尔逊·恩德格瓦 40, 塞琳·诺伊罗 19, 克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯 41, 迈克尔·普里明 42, 亚历山德罗·夸特龙 17, 哈迪·奎斯内维尔 32, 戴维德·兰巴迪 4, 詹姆斯·里西 29, 米歇拉·里巴 4, 史蒂文·罗萨诺夫 6, 阿姆娜·阿里·萨迪克 43, 伊丽莎·萨拉斯 13, 奥利维尔·萨卢 16, 丽贝卡·谢泼德 1, 莱因哈德·西蒙 13, 琳达·斯珀林 7, 威廉·斯普纳 44, 丹尼尔·M·斯坦斯 6, 德尔芬·斯坦巴赫 32, 凯文·斯通 30, 埃莉亚·斯塔普卡 4, 乔恩·提格 1, 阿布·达耶姆·乌拉 15, 王军(Jun Wang) 33, Doreen Ware公司 45, 玛丽·旺·埃拉斯穆斯 46, 肯·尤恩斯·克拉克 45, 阿莫尼达·扎迪萨 6, 张世健 36, 阿雷克·卡斯普日克 47
附属公司
附属公司
- 1惠康信托桑格研究所,欢迎信托基因组校区,英国CB10 1SD,欣克斯顿。
- 2牛津大学威瑟尔分子医学研究所,牛津,OX3 9DS,英国。
- 三Genentech,Inc.1 DNA Way South San Francisco,CA 94080,USA公司。
- 4圣拉斐尔科学研究所转化基因组学和生物信息学中心,意大利米兰奥盖蒂纳58号,20132。
- 5圣拉斐尔科学研究所转化基因组学和生物信息学中心,Via Olgettina 5820132,意大利米兰,意大利都灵大学分子生物技术与健康科学系。
- 6欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息学研究所,Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK。
- 7细胞综合生物学研究所(I2BC),CEA,CNRS,巴黎南大学,1 avenue de la terrasse,91198 Gif-sur-Yvette,France。
- 8沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学工程学院电气与计算机工程系。
- 9英国爱丁堡西部综合医院遗传与分子医学研究所人类遗传学研究室,EH4 2XU。
- 10Sigenae,INRA,Castanet-Tolosan,法国。
- 11英国莱斯特大学遗传系,莱斯特大学路,LE1 7RH。
- 12MRC Harwell,英国牛津郡Harwell科学与创新校园,OX11 0RD。
- 13秘鲁利马国际马铃薯中心(CIP),1558年。
- 14美国核桃溪联合基因组研究所能源部。
- 15伦敦玛丽女王大学巴特斯癌症研究所分子肿瘤学中心,英国伦敦EC1M 6BQ查特豪斯广场。
- 16IRISA-INRIA,Campus de Beaulieu 35042 Rennes,France(法国雷恩)。
- 17意大利特伦托大学综合生物学中心转化基因组实验室。
- 18智利大学数学建模中心和基因组调控中心,智利Beauchef 851,7楼。
- 19图卢兹生物信息平台Genotoul,Mathématiques et informatique Appliques de Toulouse,INRA,Castanet-Tolosan,法国。
- 20肿瘤计算生物学,辉瑞,美国拉荷亚。
- 21加泰罗尼亚研究与高级研究所(ICREA),Passeig Lluis Companys 23,E-08010 Barcelona,西班牙蓬佩法布拉大学,Aiguader博士88 E-08003 Barcelon,西班牙。
- 22Kasuza DNA研究所,千叶,292-0818,日本。
- 23HUGO基因命名委员会(HGNC),欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,CB10 1SD,UK。
- 24韩国首尔国立大学药学院药物生物融合研究中心,首尔151-742,韩国首尔大学分子医学和生物制药科学系,首尔51-742,大韩民国。
- 25首尔国立大学药学院药物科学研究所,首尔151-742,韩国首尔国立大学生物药理学网络信息中心,水原443-270,韩国。
- 26加拿大多伦多安大略癌症研究所,M5G 0A3。
- 27日立生命科学技术中心(CLST),基因组技术部(DGT),神奈川,230-0045,日本。
- 28加利福尼亚大学洛杉矶分校(UCLA)牙科学院和牙科研究所,洛杉矶,加利福尼亚州90095-1668,美国。
- 29美国爱荷华州立大学。
- 30小鼠基因组信息学小组,美国ME 04609,Bar Harbor,Jackson实验室。
- 31RIKEN生命科学技术中心(CLST),基因组技术部(DGT),神奈川,230-0045,日本RIKEN预防医学和诊断创新计划,日本崎岖351-0198。
- 32法国凡尔赛INRA URGI Centre de Versailles,b–timent 18 Route de Saint Cyr 78026 Versaille,France。
- 33北京大学生命科学学院蛋白质与植物基因研究国家重点实验室生物信息中心,北京,100871。
- 34VectorBase,欧洲生物信息学研究所,威康信托基因组园区,英国CB10 1SD,欣克斯顿。
- 35首尔国立大学药学院药物生物融合研究中心,首尔151-742,大韩民国药学研究所,首尔国立高校药学院,首尔51-742,韩国生物药理学网络信息中心,首城国立大学,水原443-270,大韩民国。
- 36北京大学分子医学研究所,北京,中国。
- 37英国剑桥大学计算机实验室,剑桥,CB3 0FD。
- 38智利大学数学建模中心和基因组调控中心,智利大学数学工程系7楼,博厨师851,Av。智利圣地亚哥Beauchef 851号5楼。
- 39沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学女孩科学学院生物化学系。
- 40瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所医学流行病学和生物统计部,邮政信箱281,17177。
- 41西班牙巴塞罗那蓬佩·法布拉大学爱国者博士88 E-08003。
- 42Inserm U1085 IRSET,雷恩大学1号,35042雷恩,法国。
- 43沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学女孩科学学院生物科学系。
- 44冷泉港实验室,纽约州冷泉港,11724,美国鹰基因组有限公司,英国剑桥市Babraham研究园区,CB22 3AT。
- 45美国纽约州冷泉港冷泉港实验室,邮编:11724。
- 46美国加利福尼亚州圣地亚哥市,邮编92121,路140号,10835,人类长寿公司。
- 47转化基因组学和生物信息学中心圣拉斐尔科学研究所,Via Olgettina 58,20132米兰,意大利,科学院生物科学系,沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学Arek.Kasprzyk@gmail.com。
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BioMart社区门户:大型集中数据存储库的创新替代方案
达米安·斯梅德利等。
核酸研究.
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.2015年7月1日;43(W1):W589-98。
doi:10.1093/nar/gkv350。
Epub 2015年4月20日。
作者
达米安·斯梅德利 1, 赛义德·海德尔 2, 斯特芬·杜林克 三, 卢卡·潘迪尼 4, 保罗·普罗维罗 5, 詹姆斯·艾伦 6, 奥利维尔·阿奈兹 7, 穆罕默德·哈姆扎·阿威德 8, 理查德·巴尔多克 9, 朱莉娅·巴比埃拉 4, 菲利普·巴杜 10, 蒂姆·贝克 11, 安德鲁·布雷克 12, Merideth Bonierbale公司 13, 安东尼·布鲁克斯 11, 加布里埃尔·布奇 4, 伊万·布埃蒂 4, 莎拉伯格 6, 塞德里克·卡布 10, 约瑟夫·卡尔森 14, 克劳德·切拉拉 15, 查拉兰博斯·克里斯托莫 11, 大卫·西塔罗 4, 奥利维尔·科林 16, 劳尔·科尔多瓦 13, Rosalind J Cutts公司 15, 埃里克·达西 17, 亚历克斯·迪吉诺娃 18, 阿尼斯·贾里 19, 安东尼·埃斯波西托 20, 希瑟·埃斯特雷拉 20, 爱德华多·伊拉斯 21, 朱利奥·费尔南德斯·班特 20, 西蒙·福布斯 1, 罗伯特·C·弗里 11, 藤泽隆本 22, 伊曼纽拉·加达列塔 15, 何塞·M·加西亚-马提加 4, 大卫·古德斯坦 14, 克里斯蒂安·格雷 23, 何塞·阿方索·格拉·阿桑桑奥 15, 伯纳德·哈格蒂 9, 东晋韩 24, Byung Woo Han先生 25, 托德·哈里斯 26, 杰森·哈什巴格 27, 罗伯特·K·黑斯廷斯 11, 理查德·海耶斯 14, 克莱尔·霍德 19, 沈虎 28, 胡志良 29, 露西·哈钦斯 30, 菅正炎 20, 川崎英彦 31, 阿米娜·凯利特 32, 阿诺德·科霍努 6, Sunghoon Kim先生 24, 罗达·金塞拉 6, 克里斯托夫·克洛普 19, 雷孔(Lei Kong) 33, 丹尼尔·劳森 34, 拉扎雷维奇 4, 李继云 35, 托马斯·莱特利尔 32, 李传云 36, 彼得罗·里奥 37, 刘楚军 36, 杰罗 6, 亚历杭德罗·马斯 38, 杰罗姆·马里特 19, 托马斯·莫雷尔 6, 燕麦 4, 阿扎·穆斯塔法·穆罕默德 39, 弗朗索瓦·莫瑞斯 10, 伊布安明-纳比胡定 19, 纳尔逊·恩德格瓦 40, 塞琳·诺伊罗 19, 克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯 41, 迈克尔·普里米格 42, 亚历山德罗·夸特龙 17, 哈迪·奎斯内维尔 32, 戴维德·兰巴迪 4, 詹姆斯·里西 29, 米歇拉·里巴 4, 史蒂文·罗萨诺夫 6, 阿姆娜·阿里·萨迪克 43, 伊丽莎·萨拉斯 13, 奥利维尔·萨鲁 16, 丽贝卡·谢泼德 1, 莱因哈德·西蒙 13, 琳达·斯珀林 7, 威廉·斯普纳 44, 丹尼尔·M·斯坦斯 6, 德尔芬·斯坦巴赫 32, 凯文·斯通 30, 埃莉亚·斯塔普卡 4, 乔恩·提格 1, 阿布·达耶姆·乌拉 15, 王军(Jun Wang) 33, Doreen Ware公司 45, Marie Wong伊拉斯谟 46, 肯·尤恩斯·克拉克 45, 阿莫尼达·扎迪萨 6, 张世健 36, 阿雷克·卡斯普日克 47
附属公司
- 1Wellcome Trust Sanger Institute,Welcome Trust Genome Campus,英国CB10 1SD Hinxton。
- 2牛津大学威瑟尔分子医学研究所,牛津,OX3 9DS,英国。
- 三Genentech,Inc.1 DNA Way South San Francisco,CA 94080,USA公司。
- 4圣拉斐尔科学研究所转化基因组学和生物信息学中心,意大利米兰奥盖蒂纳58号,20132。
- 5转化基因组学和生物信息学中心San Raffaele科学研究所,Via Olgettina 582013,意大利米兰,意大利都灵大学分子生物技术和健康科学系。
- 6欧洲分子生物学实验室,欧洲生物信息学研究所,Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,CB10 1SD,UK。
- 7细胞综合生物学研究所(I2BC),CEA,CNRS,巴黎南大学,1 avenue de la terrasse,91198 Gif-sur-Yvette,France。
- 8沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学工程学院电气与计算机工程系。
- 9英国爱丁堡西部综合医院遗传与分子医学研究所人类遗传学研究室,EH4 2XU。
- 10Sigenae,INRA,Castanet-Tolosan,法国。
- 11英国莱斯特大学遗传系,莱斯特大学路,LE1 7RH。
- 12MRC Harwell,英国牛津郡Harwell科学与创新校园,OX11 0RD。
- 13秘鲁利马国际马铃薯中心(CIP),1558年。
- 14美国核桃溪联合基因组研究所能源部。
- 15伦敦玛丽女王大学巴特斯癌症研究所分子肿瘤学中心,英国伦敦EC1M 6BQ查特豪斯广场。
- 16IRISA-INRIA,Campus de Beaulieu 35042 Rennes,France(法国雷恩)。
- 17意大利特伦托大学综合生物学中心转化基因组实验室。
- 18智利大学数学建模中心和基因组调控中心,智利Beauchef 851,7楼。
- 19图卢兹生物信息平台Genotoul,Mathématiques et informatique Appliques de Toulouse,INRA,Castanet-Tolosan,法国。
- 20肿瘤计算生物学,辉瑞,美国拉荷亚。
- 21加泰罗尼亚研究与高级研究所(ICREA),Passeig Lluis Companys 23,E-08010 Barcelona,西班牙蓬佩法布拉大学,Aiguader博士88 E-08003 Barcelon,西班牙。
- 22Kasuza DNA研究所,千叶,292-0818,日本。
- 23HUGO基因命名委员会(HGNC),欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,CB10 1SD,UK。
- 24韩国首尔国立大学药学院药物生物融合研究中心,首尔151-742,韩国首尔大学分子医学和生物制药科学系,首尔51-742,大韩民国。
- 25首尔国立大学药学院药物科学研究所,首尔151-742,大韩民国生物制药网络信息中心,首尔国立学院,韩国水原443-270。
- 26加拿大多伦多安大略癌症研究所,M5G 0A3。
- 27日立生命科学技术中心(CLST),基因组技术部(DGT),神奈川,230-0045,日本。
- 28加利福尼亚大学洛杉矶分校(UCLA)牙科学院和牙科研究所,洛杉矶,加利福尼亚州90095-1668,美国。
- 29美国爱荷华州立大学。
- 30小鼠基因组信息学小组,美国ME 04609,Bar Harbor,Jackson实验室。
- 31RIKEN生命科学技术中心(CLST),基因组技术部(DGT),神奈川,230-0045,日本RIKEN预防医学和诊断创新计划,日本崎岖351-0198。
- 32法国凡尔赛INRA URGI Centre de Versailles,b–timent 18 Route de Saint Cyr 78026 Versaille,France。
- 33北京大学生命科学学院蛋白质与植物基因研究国家重点实验室生物信息中心,北京,100871。
- 34VectorBase,欧洲生物信息学研究所,Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,CB10 1SD,UK。
- 35首尔国立大学药学院药物生物融合研究中心,首尔151-742,大韩民国药学研究所,首尔国立高校药学院,首尔51-742,韩国生物药理学网络信息中心,首城国立大学,水原443-270,大韩民国。
- 36北京大学分子医学研究所,北京,中国。
- 37剑桥大学计算机实验室,剑桥,CB3 0FD,英国。
- 38智利大学数学建模中心和基因组调控中心,Beauchef 851,7楼,智利大学数学工程系,Av。智利圣地亚哥Beauchef 851号5楼。
- 39沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学女孩科学学院生物化学系。
- 40瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所医学流行病学和生物统计部,邮政信箱281,17177。
- 41西班牙巴塞罗那庞培法布拉大学,Aiguader 88 E-08003博士。
- 42Inserm U1085 IRSET,雷恩大学1号,35042雷恩,法国。
- 43沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学女孩科学学院生物科学系。
- 44冷泉港实验室,纽约州冷泉港,11724,美国鹰基因组有限公司,英国剑桥市Babraham研究园区,CB22 3AT。
- 45美国纽约州冷泉港冷泉港实验室,邮编:11724。
- 46美国加利福尼亚州圣地亚哥市,邮编92121,路140号,10835,人类长寿公司。
- 47转化基因组学和生物信息学中心圣拉斐尔科学研究所,Via Olgettina 58,20132米兰,意大利,科学院生物科学系,沙特阿拉伯吉达阿卜杜拉齐兹国王大学Arek.Kasprzyk@gmail.com。
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摘要
BioMart社区门户(www.BioMart.org)是一个社区驱动的项目,旨在为分布在全球的生物医学数据库提供统一接口。该门户提供了对30个科学组织支持的众多数据库项目的访问。它包括800多个不同的生物数据集,涵盖基因组学、蛋白质组学、模型生物、癌症数据、本体信息等。通过门户网站提供的所有资源都由其所在组织独立管理和资助。BioMart数据联合技术为所有可用数据提供了统一接口。门户的最新版本附带了许多由我们不断增长的社区创建的新数据库。它还为数据分析和可视化工具提供了更好的支持和可扩展性。丰富分析工具是我们工具箱中新增的一个工具,现在可以通过图形和web服务界面访问。BioMart社区门户平均每天超过100万个请求。基于这一级别的服务和丰富的可用信息,BioMart社区门户引入了一种新的、更具扩展性和更便宜的替代方案,以取代由专业组织维护的大型数据存储。
©作者2015。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。
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引用