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.2015年7月1日;43(W1):W589-98。
doi:10.1093/nar/gkv350。 Epub 2015年4月20日。

BioMart社区门户:大型集中数据存储库的创新替代方案

达米安·斯梅德利 1赛义德·海德尔 2斯特芬·杜林克 卢卡·潘迪尼 4保罗·普罗维罗 5詹姆斯·艾伦 6奥利维尔·阿奈兹 7穆罕默德·哈姆扎·阿威德 8理查德·巴尔多克 9朱莉娅·巴比埃拉 4菲利普·巴杜 10蒂姆·贝克 11安德鲁·布雷克 12Merideth Bonierbale公司 13安东尼·布鲁克斯 11加布里埃尔·布奇 4伊万·布埃蒂 4莎拉伯格 6塞德里克·卡布 10约瑟夫·卡尔森 14克劳德·切拉拉 15查拉兰博斯·克里斯托莫 11大卫·西塔罗 4奥利维尔·科林 16劳尔·科尔多瓦 13罗莎琳德·卡茨 15埃里克·达西 17亚历克斯·迪·热那瓦 18阿尼斯·贾里 19安东尼·埃斯波西托 20希瑟·埃斯特雷拉 20爱德华多·伊拉斯 21朱利奥·费尔南德斯·班特 20西蒙·福布斯 1罗伯特·C·弗里 11藤泽隆本 22伊曼纽拉·加达列塔 15何塞·M·加西亚-马提加 4大卫·古德斯坦 14克里斯蒂安·格雷 23何塞·阿方索·格拉·阿桑桑奥 15伯纳德·哈格蒂 9东晋韩 24Byung Woo Han先生 25托德·哈里斯 26杰森·哈什巴格 27罗伯特·K·黑斯廷斯 11理查德·海耶斯 14克莱尔·霍德 19沈虎 28胡志良 29露西·哈钦斯 30菅正炎 20川崎英彦 31阿米娜·凯利特 32阿诺德·科霍努 6Sunghoon Kim先生 24罗达·金塞拉 6克里斯托夫·克洛普 19香港理工大学 33丹尼尔·劳森 34拉扎雷维奇 4李继云 35托马斯·莱特利尔 32李传云 36彼得罗·里奥 37刘楚军 36杰罗 6亚历杭德罗·马斯 38杰罗姆·马里特 19托马斯·莫雷尔 6燕麦 4阿扎·穆斯塔法·穆罕默德 39弗朗索瓦·莫瑞斯 10伊布安明-纳比胡定 19纳尔逊·恩德格瓦 40塞琳·诺伊罗 19克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯 41迈克尔·普里明 42亚历山德罗·夸特龙 17哈迪·奎斯内维尔 32戴维德·兰巴迪 4詹姆斯·里西 29米歇拉·里巴 4史蒂文·罗萨诺夫 6阿姆娜·阿里·萨迪克 43伊丽莎·萨拉斯 13奥利维尔·萨卢 16丽贝卡·谢泼德 1莱因哈德·西蒙 13琳达·斯珀林 7威廉·斯普纳 44丹尼尔·M·斯坦斯 6德尔芬·斯坦巴赫 32凯文·斯通 30埃莉亚·斯塔普卡 4乔恩·提格 1阿布·达耶姆·乌拉 15王军(Jun Wang) 33Doreen Ware公司 45玛丽·旺·埃拉斯穆斯 46肯·尤恩斯·克拉克 45阿莫尼达·扎迪萨 6张世健 36阿雷克·卡斯普日克 47
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BioMart社区门户:大型集中数据存储库的创新替代方案

达米安·斯梅德利等。 核酸研究. .

摘要

BioMart社区门户(www.BioMart.org)是一个社区驱动的项目,旨在为分布在全球的生物医学数据库提供统一接口。该门户提供了对30个科学组织支持的众多数据库项目的访问。它包括800多个不同的生物数据集,涵盖基因组学、蛋白质组学、模型生物、癌症数据、本体信息等。通过门户网站提供的所有资源都由其所在组织独立管理和资助。BioMart数据联合技术为所有可用数据提供了统一接口。门户的最新版本附带了许多由我们不断增长的社区创建的新数据库。它还为数据分析和可视化工具提供了更好的支持和可扩展性。丰富分析工具是我们工具箱中新增的一个工具,现在可以通过图形和web服务界面访问。BioMart社区门户平均每天超过100万个请求。基于这一级别的服务和丰富的可用信息,BioMart社区门户引入了一种新的、更具扩展性和更便宜的替代方案,以取代由专业组织维护的大型数据存储。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
生物城社区数据库及其所在国。
图2。
图2。
BioMart浓缩工具的网络图形输出。使用包含人类数据的BED文件执行基因本体(GO)富集分析。此工具也可以通过web服务访问(仅限Java版本)。编程访问符合标准的BioMart接口:数据集、过滤器和属性。
图3。
图3。
XML web服务查询(A类)以及相应的两种输出类型:在将处理器设置为“TSV”后用制表符分隔(B类)和JSON,然后将处理器设置为“JSON”。

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引用人

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