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.2013年12月9日;24(6):710-24.
doi:10.1016/j.ccr.2013.11.002。

针对胚胎性横纹肌肉瘤的氧化应激

附属公司

针对胚胎性横纹肌肉瘤的氧化应激

向晨等。 癌细胞. .

摘要

横纹肌肉瘤是一种软组织肉瘤,具有发育中骨骼肌的分子和细胞特征。横纹肌肉瘤有两个主要的组织学亚型,胚胎型和肺泡型,每个亚型都有不同的临床、分子和遗传特征。基因组分析表明,胚胎性肿瘤比肺泡性肿瘤具有更多的结构和拷贝数变异。RAS/NF1通路的突变与中高危胚胎性横纹肌肉瘤(ERMS)显著相关。相比之下,肺泡横纹肌肉瘤(ARMS)的总体遗传损伤较少,并且没有已知的复发突变的癌症共识基因。为了确定ERMS的治疗方法,我们开发了肿瘤原位异种移植物,并对其进行了特征分析。对这些异种移植物来源的原代培养物进行高通量筛选,确定氧化应激是ERMS治疗相关性的途径。

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数字

图1
图1。胚胎型横纹肌肉瘤的基因组结构与肺泡型横纹肌肉瘤的不同。(A)
发现队列中ERMS和ARMS肿瘤中验证BMR、非沉默SNV数量、总SV和总CNV数量的箱线图。(B)发现队列中两个ERMS和两个ARMS肿瘤的经验证突变和染色体损伤的代表性CIRCOS图。显示杂合性丢失(橙色)、增益(红色)和丢失(蓝色)。显示了染色体内易位(绿色线)和染色体间易位(紫色线)。Refseq基因的序列突变包括沉默单核苷酸变体(SNV,绿色)、无义和错义SNV(棕色)、剪接位点和UTR突变(深蓝色)以及插入/缺失突变(红色)。(C)染色体3上的代表性序列图读取了匹配的生殖系(绿色)和肿瘤(红色)样本。拷贝号更改的不同区域由箭头指示。为了清楚起见,一些基因名称已从CIRCOS图中删除。在SJRHB003和SJRHB004中,基因破坏SV的标签已被移除。另请参见表S1,2和图S1。
图2
图2。复发性胚胎性横纹肌肉瘤获得新的突变。(A、B)
SJRHB011患者诊断肿瘤切片的苏木精和伊红染色(A)和肌生成素免疫组织化学(IHC)(B)。(C)诊断肿瘤和复发标本中经验证的序列突变和染色体损伤的CIRCOS图。(D、E)SJRHB012患者诊断肿瘤切片的H&E染色(D)和肌生成素IHC(E)。诊断肿瘤和复发标本中经验证的序列突变和染色体病变的CIRCOS图。该患者复发时收集了两个不同部位的肿瘤。CIRCOS图如图1B所示。在SJRHB011_D中,基因干扰SV的标签已被删除。在SJRHB012_R,S中,基因中断SVs、非编码突变和沉默突变的标签已被删除。另请参见图S2。
图3
图3。胚胎横纹肌肉瘤在治疗后克隆性发展。(A)
用于SJRHB011克隆进化分析的841个SNV(MAF,以红色强度表示)的热图。4个不同的簇(A-D)在热图右侧用不同的颜色标记。(B)SJRHB011克隆进化模型。SNV簇显示为与(A)中所示颜色对应的点。(C)用于SJRHB012进化分析的1049个SNV的热图(MAF以红色强度表示)。6个不同的簇(A-F)在热图右侧用不同的颜色标记。(D)SNV簇显示为与(A)中所示颜色对应的点。
图4
图4。原位异种移植物保留了患者肿瘤的分子和细胞特征。(A)
来自原发性肿瘤(SJRHB012_D)和相应异种移植物(SJRHB012_X)的代表性H&E和肌生成素免疫组化。(B)SJRHB012_X的透射电子显微镜显示横纹肌肉瘤的特征,包括肌纤维和糖原。显示了Nuclei(n)。(C)SJRHB012_D/SJRHB012_X对的外显子SNV的Circos图。黑色的基因名称包含在原始和异种移植样本中发现的SNV,蓝色显示的是异种移植特有的SNV。(D)SNP 6.0对匹配的原代和异种移植样品的拷贝数变化(左)和LOH(右)进行分析,红色显示增益,蓝色显示拷贝数丢失,蓝色显示下面板的LOH。(E)对具有代表性的原发肿瘤和异种移植物配对的RNA-seq数据进行相关分析,该配对的系数为0.752(红线)。(F)匹配诊断对和异种移植对的DNA甲基化热图分析。另请参见图S3。
图5
图5。胚胎横纹肌肉瘤有WNT突变。(A)
发现队列中SJRHB004和SJRHB 005中β-catenin基因的激活突变。(B)β-catenin对SJRHB004、SJRHB 005和肺泡横纹肌肉瘤SJRH B008的免疫组织化学研究。另请参见图S4和表S3-S6。
图6
图6。RAS和p53通路在胚胎性横纹肌肉瘤中反复突变。(A)
发现(粗体)和验证队列中癌症共识基因突变和非癌症共识基因复发突变的总结。肿瘤样本按组织学亚型和分期组织。(B)致癌突变的分布NRAS、KRAS人力资源管理系统.(C、D)错义突变的分布FGFR4公司(C) 和TP53型(D) ●●●●。另请参见图S5和表S7、S8。
图7
图7。胚胎横纹肌肉瘤异种移植物对靶向氧化应激的药物敏感。(A)
SJRHB012_X在NSG免疫低下小鼠肌肉中原位异种移植的图片。(B)从(a)中所示的相应小鼠中分离出的肿瘤。(C)药物筛选用384孔培养皿中原代SJRHB012_X细胞的差示干涉对比显微照片。(D)两种横纹肌肉瘤细胞系(RD和RMS13)和本研究中特征的6种异种移植物的热图和无监督药敏聚类。(E)细胞系和异种移植物对某些研究化合物的剂量反应曲线。缩写:CPM,环磷酰胺;组蛋白脱乙酰酶抑制剂;录像机,(E)长春新碱;DACT,放线菌素D;DOXO、阿霉素。比例尺,单位为c,10μm。另请参见图S6和表S9、S10。

中的注释

  • 横纹肌肉瘤中的RAS和ROS。
    Zhang M,Linardic CM,Kirsch DG。 张明等。 癌细胞。2013年12月9日;24(6):689-91。doi:10.1016/j.ccr.2013.11.015。 癌细胞。2013 采购管理信息:24332036 免费PMC文章。

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