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.2013年1月1日；29(1):15-21.
doi:10.1093/bioinformatics/bts635。 Epub 2012年10月25日。

STAR：超快速通用RNA-seq对准器

亚历山大·多宾 1, 凯莉·A·戴维斯, 费利克斯·施莱辛格, 乔格·德伦科, 克里斯·扎尔斯基, 索纳利·贾, 菲利普·巴图特, 马克·查森, 托马斯·金戈拉斯
附属公司

STAR：超快速通用RNA-seq对准器

亚历山大·多宾等。 生物信息学. .

摘要

动机：高通量RNA-seq数据的精确比对是一个具有挑战性但尚未解决的问题，因为测序技术的转录结构不连续，读取长度相对较短，吞吐量不断增加。目前可用的RNA-seq比对仪存在定位错误率高、定位速度慢、读取长度限制和定位偏差等问题。

结果：为了对齐我们的大型（>800亿读取数）ENCODE转录组RNA-seq数据集，我们基于之前未描述的RNA-seqalignment算法开发了拼接转录组对齐到参考（STAR）软件，该算法使用未压缩后缀数组中的顺序最大可映射种子搜索，然后执行种子聚类和缝合程序。STAR在绘图速度上优于其他比对器50倍以上，与普通12核服务器上每小时5.5亿个2×76 bp配对读取的人类基因组一致，同时提高了比对灵敏度和精确度。除了对规范连接进行无偏见的从头检测外，STAR还可以发现非规范剪接和嵌合（融合）转录物，并能够绘制全长RNA序列。使用Roche 454逆转录聚合酶链反应扩增子测序，我们实验验证了1960种新的基因间剪接连接，成功率为80-90%，证实了STAR定位策略的高精度。

可用性和实施：STAR是作为一个独立的C++代码实现的。STAR是根据GPLv3许可发布的免费开源软件，可从以下网址下载http://code.google.com/p/rna-star/。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
STAR检测算法中最大可映射前缀搜索的示意图(一)拼接接头(b条)不匹配和(c（c）)尾部
图2。
图2。
STAR、TopHat2、GSNAP、RUM和MapSplice模拟RNA-seq数据的真阳性率与假阳性率（ROC曲线）
图3。
图3。
实验RNA-seq数据中拼接接头检测的各种精度指标。制图员的颜色编码方案在所有绘图中都是相同的。X（X）-绘图中的轴(一), (b条), (d日)和(e（电子）)是指检测阈值，定义为在每个连接处映射的读取数，即具有X（X）-的值N个表示由至少N个读取给定对齐器映射的内容。（a） 检测到的接头总数，带注释（实线）和未带注释（虚线）；（b） 注释的检测到的连接的百分比；(c（c）)伪ROC曲线：检测到的所有注释连接的百分比与未注释的检测连接的百分比；（d） 由至少两个映射器检测到的未标记结的数目（实线）和仅由一个映射器检测到的未标记结的数目（虚线）；（e） 仅由一个映射器和(（f）)伪ROC曲线：至少由两个映射器检测到的未标记连接的百分比与仅由一个映射器唯一检测到的已检测未标记连接百分比
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    1. Darling AE等人，《渐进性损伤：基因获得、丢失和重排的多基因组比对》。公共科学图书馆一号。2010;5:e11147。-项目管理咨询公司-公共医学
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