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.2012;7(1):e29079。
doi:10.1371/journal.pone.0029079。 Epub 2012年1月17日。

晚期乳头状浆液性卵巢癌潜在卵巢癌干细胞基因表达谱的鉴定

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晚期乳头状浆液性卵巢癌潜在卵巢癌干细胞基因表达谱的鉴定

维诺德·瓦蒂帕迪埃卡尔等。 公共科学图书馆一号. 2012.

摘要

癌症干细胞基因表达谱的鉴定可能对理解肿瘤生物学和设计针对这些细胞的新疗法具有重要意义。在这里,我们报告了一个潜在的卵巢癌干细胞基因表达谱,该基因来自于来自高级晚期乳头状浆液性卵巢腺癌患者新鲜腹水的分离侧群。Affymetrix U133 Plus 2.0微阵列用于询问侧面群体(SP)和主要群体(MP)之间的差异表达基因,并使用BRB-ArrayTools通过配对T检验分析结果。我们确定了138个上调和302个下调基因,它们在所有10个SP/MP对之间差异表达。使用qRT-PCR验证了微阵列数据,17/19(89.5%)基因在微阵列和qRT-PCR表达数据之间显示出强大的相关性。Pathway Studio分析确定了几个与SP细胞特有的细胞生存、分化、增殖和凋亡相关的基因,并确定了Notch信号激活的机制。为了验证这些发现,我们从人类卵巢癌细胞系中鉴定并分离出富含肿瘤干细胞的SP细胞。与MP对应物相比,SP群体具有更高的集落形成效率,并且能够持续扩展和分化为SP和MP表型。50000个SP细胞在裸鼠体内产生肿瘤,而相同数量的MP细胞在注射后8周未能产生任何肿瘤。SP细胞对特异性γ-分泌酶抑制剂表现出剂量依赖性敏感性,这与Notch信号通路在SP细胞存活中的作用有关。此外,发现生成的SP基因列表在复发性卵巢癌肿瘤中富集。

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竞争利益:提交人声明,不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。腹水标本中SP/MP细胞的表达谱。
(A) 热图显示了卵巢癌患者中区分SP细胞和MP细胞的438个探针的表达模式。垂直列表示单个样本;水平行代表单个基因。红色和蓝色分别表示上调和下调。(B) 使用qRT-PCR验证微阵列数据:使用19个随机选择的基因验证微阵列的数据。为了计算每个基因的相对表达,2-ΔΔCT方法是将三个看家基因(亲环素A、GUSB、GAPDH)的CT值平均为一个参考基因值。(C) 微阵列和qRT-PCR数据之间相关性分析的代表图:2-ΔCT根据信号强度值(微阵列)绘制数值(qRT-PCR)。使用GraphPad Prism 4.00版,通过Pearson和Spearman方法对每个基因进行相关性分析。
图2
图2。确定与卵巢癌SP细胞存活、自我更新和肿瘤维持有关的假定信号事件。
(A) 微阵列数据的基因本体分析(P值<0.01):饼图显示了SP和MP细胞之间差异表达基因的生物学功能。基因签名丰富了凋亡、细胞周期、细胞增殖、转运、信号转导、转录、翻译、蛋白质修饰、代谢和蛋白水解等基因本体生物学过程中的基因。其他代表参与防御反应、血管生成、凝血、视觉感知、个体发生、细胞基质粘附和原始卵泡生长启动的基因。(B) 文献的图形表示衍生出有关SP细胞生物途径的事实。Pathway Studio 6.0软件用于识别SP细胞中激活的通路。实心符号表示SP细胞中下调的基因(EGFR、TNFRSF6、BCL2L11、FOXO3A、RUNX1),开放符号表示上调的基因(EPHB4、EPHB2、PAWR、AKT1),灰色符号表示SP和MP细胞之间表达没有显著变化的基因。(C) Notch信号通路:该图显示了Notch信号转导元件的示意图。SP细胞中的过度表达蛋白(FPTG、ST3GAL6和ADAM19)显示为蓝色。前体Notch-protein的翻译后修饰包括被转高尔基体中的蛋白酶和糖基化裂解。Notch胞外结构域(ECN)与Notch胞内结构域(ICN)的粘附导致成熟的Notch异二聚体并转移到细胞膜。受体与邻近细胞上DSL家族配体(Delta、Serrate、Lag3)的相互作用通过ECN的糖基化调节。细胞外配体区域与ECN的EGF-like重复序列的成功相互作用导致ADAM蛋白酶和具有γ-分泌酶活性的早老素通过两个连续步骤对Notch跨膜结构域进行蛋白水解裂解。释放的Notch胞内结构域被转位到核酸酶,在那里它与CSL1相互作用,取代CSL阻遏物,并与Mastermind-like因子和转录辅激活物形成转录复合物。这种转录复合物激活下游靶基因,并可能解释卵巢肿瘤干细胞存活、自我更新和肿瘤维持。
图3
图3。卵巢癌细胞系副群细胞的鉴定和验证。
(A) 已建立的人卵巢癌细胞系中SP细胞的鉴定。用Hoechst 33342染料标记SKOV3和A224细胞株并进行流式细胞术分析。概述了在维拉帕米(一种多药转运蛋白抑制剂)存在下消失的SP细胞,并显示为占总细胞数的百分比。三次独立测量得到了类似的结果。(B) 验证从SKOV3细胞系分离的SP和MP细胞的SP基因列表中随机选择的基因。(C,D)集落形成效率测定:来自SKOV3和A224细胞系的分选SP和MP细胞的集落形成率。为了分析集落形成效率(CFE),SP和MP细胞在组织培养六孔板中等量分选和培养,并生长14天。然后用冷甲醇固定细胞,用0.5%结晶紫溶液染色,用显微镜计数菌落数。实验分三次进行。(E,F)传代数:根据传代数评估SKOV3和A224细胞系中分选的SP和MP细胞的集落形成效率。细胞用冷甲醇固定,并用0.5%结晶紫染色。
图4
图4。卵巢癌细胞系分离的SP细胞的生物学验证。
(A,B)来自SKOV3和A224细胞系的分选SP和MP细胞的锚定非依赖性生长。(C,D)96孔板中的单细胞分析:在单个孔中培养A224和SKOV3 SP和MP细胞的单细胞。让单个细胞生长14天,并使用结晶紫染色评估集落形成效率。(E)体内SKOV3 SP和MP细胞在雌性裸鼠体内的肿瘤生长。
图5
图5。来自细胞系的SP细胞的验证以及GSI-IX抑制剂对SP细胞集落形成效率的影响。
(A) 重组试验:SKOV3和A224细胞用Hoechst 33342染料染色,并根据SP和MP群体进行分类。将细胞培养8天进行重新繁殖,然后用流式细胞仪重新分析。这表明SP细胞富集(SKOV3和A224分别为22.5%和10.4%),具有再生MP细胞的能力。干细胞标记基因和转运蛋白基因的(B,C,D)qRT-PCR分析(p<0.01)。为了计算每个基因的相对表达,2-ΔΔCT方法是将三个看家基因(亲环素A、GUSB、GAPDH)的CT值平均为一个参考基因值。(E,F)GSI-IX对SKOV3分选SP和MP细胞集落形成效率的抑制作用。将细胞分为SP和MP群体,并用10和20µg GSI-IX处理。抑制剂载体DMSO用作对照。
图6
图6。卵巢肿瘤复发表达数据库中SP细胞特征的验证。
(A,B)qRT-PCR验证复发性卵巢癌标本中的SP细胞基因特征。(A) 第1组肿瘤复发时间为1至12个月,第2组为13至24个月。(C) 复发性卵巢癌患者SP细胞基因签名的电子验证。

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