跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

政府意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府网站。

Https系统

网站是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2010年2月18日；463(7283):899-905.
doi:10.1038/nature08822。

人类癌症中的体细胞拷贝数变化

拉明·贝鲁金 1, 克雷格·H·梅梅尔, 戴尔·波特, 郭伟, Soumya Raychaudhuri公司, 杰里·多诺万, 乔迪·巴雷蒂纳, 杰西·博姆, 詹妮弗·多布森, Urashima先生, 凯文·麦克·亨利, Reid M Pinchback公司, 阿兹拉·H·利贡, 尹在哲, 莱拉·海利, 海蒂·格雷奇, 迈克尔·雷奇, 温迪·温克勒, 迈克尔·劳伦斯, 芭芭拉A堰, 田中久美子, 德里克·Y·蒋, 亚当·巴斯斯, 艾丽斯·卢, 卡特·霍夫曼, 约翰·普伦斯纳, 特德·利菲尔德, 青高, 德里克·耶西斯, 萨宾娜·西尼奥雷蒂, 伊丽莎白·马赫, 弗雷德里克·凯伊, 佐佐木英夫, 乔尔·泰珀, 乔纳森·弗莱彻, 约塞普·塔伯内罗, 何塞·巴塞尔加, 曹明声, 弗朗西丝卡·德米切利斯, 马克·鲁宾, Pasi A Janne公司, 马克·J·戴利, 卡梅洛·努塞拉, 罗斯·L·莱文, 本杰明·L·埃伯特, 斯泰西·加布里埃尔, 阿尼尔·K·拉斯基, 克里斯蒂娜·安东尼斯库, 马克·拉塔尼, 安东尼·勒泰, 列维·A·加拉韦, 马西莫·洛达, 大卫·G·比尔, 劳伦斯·D·特鲁, 冈本爱口, 斯科特·波梅罗伊, 塞缪尔·辛格, 托德·戈卢布, 埃里克·S·兰德, 加德·盖兹, 威廉·塞勒斯, 马修·梅尔森
附属公司

人类癌症中的体细胞拷贝数变化

拉明·贝鲁金等。 自然. .

摘要

发现在肿瘤发生中起因果作用的关键基因的一个有效方法是确定人类癌症中经常发生改变的基因组区域。在这里，我们对3131例癌症标本的体细胞拷贝数变化（SCNA）进行了高分辨率分析，这些癌症标本主要属于26种组织学类型。我们确定了158个局灶性SCNA区域，这些区域在多种癌症类型中发生了显著的频率变化，其中122个区域不能用位于这些区域内的已知癌症靶基因的存在来解释。几个基因家族在局部SCNA的这些区域中富集，包括凋亡调节因子BCL2家族和NF-kappaBeta途径。我们表明，含有MCL1和BCL2L1抗凋亡基因扩增的癌细胞依赖于这些基因的表达来生存。最后，我们证明，在单个癌症类型中发现的大多数SCNA存在于多种癌症类型中。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益声明

作者声明，他们没有相互竞争的经济利益。

数字

图1
图1
确定跨癌症的重要陆军和局部SCNA。a） SCNA的长度分布。b） 所示染色体臂的增益（x轴）和损耗（y轴）的长度调整Z分数。红色、蓝色、紫色和黑色的手臂分别表现出显著的增益和/或损耗。c） 缺失（左，蓝色）和扩增（右，红色）的GISTIC q值（x轴）绘制在基因组上（y轴）。峰区内已知或推测的基因靶点(TRB公司@用星号表示，紧邻）表示20个最显著的峰值；括号中的值表示峰值区域中的基因数量。
图2
图2
重要焦点SCNA的特征。a） 基因是根据所占基因组的数量进行排名的。局部基因密度根据全基因组平均值进行标准化。b） 作为拷贝数函数的平均基因密度。c） 为每个峰值区域绘制的GRAIL分析p值反映了该区域基因与所有其他区域基因之间的相似性。增加的重要性被绘制在顶部，反映出更大的相似性。显示随机放置区域的p值直方图（“Permuted controls”）。d） 文献中的术语与缺失或扩增峰值中的基因最为相关，但并非两者都相关。
图3
图3
癌细胞株对扩增产物的依赖性BCL2级家庭成员，MCL1公司和BCL2L1型a）增加促凋亡和抗凋亡药物BCL2级家族成员缺失和扩增高峰。b） 周围50个肿瘤的拷贝数分布MCL1公司（谱系位于顶部；基因组位置位于左侧）。c） 之后的单元格数更改MCL1公司相对于控件的击倒。d） 针对所列基因进行siRNA转染后NCI-H2110细胞的增殖率。e） 的影响MCL1公司抑制NCI-H2110异种移植物的生长。f） 之后的单元格数更改BCL2L1型相对于控件的击倒。误差条表示3个实验中的s.e.m。
图4
图4
在任何一种肿瘤类型中鉴定的大多数显著的局灶性SCNA峰也在数据集的其余部分（其补体）中鉴定。顶部的维恩图代表了由>40个样本代表的17种肿瘤类型的中间结果。代表非小细胞肺癌、食管腺癌和急性淋巴细胞白血病的具体例子的Venn图显示在底部。图表不是按比例绘制的。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

  • PAQR4癌基因：一种新的癌症治疗靶点。
    Patil D、Raut S、Joshi M、Bhatt P和Bhatt LK。 Patil D等人。 医学Oncol。2024年5月20日；41（6）:161。doi:10.1007/s12032-024-02382-w。 医学Oncol。2024 PMID：38767705 审查。
  • 探讨三阴性乳腺癌臂平面拷贝数改变的预后意义。
    DoréS、Ali M、Sorin M、McDowell SAC、Desharnais L、Breton V、Yu MW、Arabzadeh A、Ryan MI、Milette S、Quail DF、Walsh LA。 DoréS等人。 致癌物。2024年5月14日。doi:10.1038/s41388-024-03051-y。打印前在线。 致癌物。2024 PMID：38744952
  • 核型进化动力学。
    Kuzmin E、Baker TM、Van Loo P、Glass L。 Kuzmin E等人。 混乱。2024年5月1日；34(5):051502. doi:10.1063/5.0206011。 混乱。2024 PMID：38717409
  • 癌症患者循环回到叶酸代谢。
    Lee Y、Vousden KH、Hennequart M。 Lee Y等人。 Nat Cancer杂志。2024年5月2日。doi:10.1038/s43018-024-00739-8。打印前在线。 Nat Cancer杂志。2024 PMID：38698089 审查。
  • 血管生成拟态特征的泛癌解剖提供潜在的治疗靶点。
    唐浩，陈雷，刘X，曾S，谭浩，陈G。 唐华等。 Front Pharmacol公司。2024年4月17日；15:1346719. doi:10.3389/fphar.2024.1346719。eCollection 2024年。 Front Pharmacol公司。2024 PMID：38694917 免费PMC文章。
查看所有“引用者”文章

工具书类

    1. Futreal PA等人，人类癌症基因普查。Nat Rev癌症。2004;4:177–183.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Stuart D，卖方WR。将癌症中的体细胞遗传改变与治疗联系起来。当前操作细胞生物学。2009;21:304–310.-公共医学
    1. Stratton MR、Campbell PJ、Futreal PA。癌症基因组。自然。2009;458:719–724.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Baudis M.5918例恶性上皮性肿瘤的基因组失衡：染色体CGH数据的探索性荟萃分析。BMC癌症。2007;7点226分。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Mitelman F、Johansson B、Mertens F编辑。癌症染色体畸变的Mitelman数据库。2009http://cgap.nci.nih.gov/染色体/Mitelman.

出版物类型

关联数据