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2009年1月2日;323(5910):133-8。
doi:10.1126/science.1162986。 Epub 2008年11月20日。

单聚合酶分子实时DNA测序

附属公司

单聚合酶分子实时DNA测序

约翰·艾德等人。 科学类

摘要

我们提供了从DNA聚合酶获得的单分子实时测序数据,该聚合酶使用四种不同的荧光标记脱氧核糖核苷酸三磷酸(dNTPs)进行不间断的模板定向合成。我们用零模式波导纳米结构阵列检测了它们酶促结合到生长中的DNA链中的时间顺序,该阵列提供了光学观察体积限制,并能够并行、同时检测数千个单分子测序反应。荧光团与dNTP末端磷酸部分的结合允许在数千个碱基上连续观察DNA合成,而无需空间位阻。该数据直接报告聚合酶动力学,揭示了与DNA二级结构相对应的不同聚合状态和暂停位点。序列数据与已知参考序列对齐,以测定每个模板位置的聚合生物物理参数。从15倍覆盖率的单分子读数中生成了一致性序列,显示出99.3%的中位准确度,没有超出荧光依赖性错误率的系统误差。

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