Deep sequencing-based expression analysis shows major advances in robustness, resolution and inter-lab portability over five microarray platforms

doi:10.1093/nar/gkn705

比较研究

.2008年12月；36（21）：e141。

doi:10.1093/nar/gkn705。 Epub 2008年10月15日。

基于深度序列的表达分析表明，在五种微阵列平台上，在稳健性、分辨率和实验室间可移植性方面取得了重大进展

Peter A C’t Hoen（彼得·A·C’t霍恩）¹, 亚武兹·阿里尤雷克, 海伦·H·蒂格森, 厄诺·弗鲁格登希尔, 罗尔夫·H·A·M·沃森, 勒内·德梅内泽斯, 朱迪思·M·波尔, Gert-Jan B van Ommen公司, 约翰·登·邓宁（Johan T den Dunnen）

附属公司

PMID： 18927111
预防性维修识别码：下午258528
内政部： 10.1093/nar/gkn705

比较研究

基于深度序列的表达分析表明，在五种微阵列平台上，在稳健性、分辨率和实验室间可移植性方面取得了重大进展

Peter A C’t Hoen（彼得·A·C’t霍恩）等。核酸研究. 2008年12月.

.2008年12月；36（21）：e141。

doi:10.1093/nar/gkn705。 Epub 2008年10月15日。

作者

附属

¹荷兰莱顿大学医学中心人类和临床遗传学中心。p.a.c.hoen@lumc.nl邮箱

PMID： 18927111
预防性维修识别码：项目经理2588528
内政部： 10.1093/nar/gkn705

摘要

采用Solexa/Illumina深度测序技术和五种不同的微阵列平台比较野生型小鼠和deltaC-doublecortin-like激酶转基因小鼠的海马表达谱。通过Illumina的数字基因表达分析，我们获得了每个样本约240万个序列标签，其丰度跨越四个数量级。即使在实验室中，结果也具有高度的重复性。使用专用贝叶斯模型，我们发现3179个转录本的差异表达，估计错误发现率为8.5%。这是一个比微阵列更高的数字。深度测序和微阵列发现的差异表达转录物重叠对Affymetrix最为显著。深度测序观察到的表达变化大于微阵列或定量PCR观察到的变化。相关过程，如钙调素依赖性蛋白激酶活性和沿微管的囊泡转运，被发现受深测序影响，但不受微阵列影响。尽管微阵列无法检测到，但51%的基因发现了反义转录，47%的基因出现了选择性多聚腺苷酸化。我们的结论是，深度测序在表达谱数据的稳健性、可比性和丰富性方面取得了重大进展，有望推动协作、比较和综合基因组学研究。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
标签的分类和丰富性。不同类别（八个样本的平均值）上独特标签（黑条）和单个读取（计数；开条）的分布（占总数的百分比）：高置信转录物（标准）、低置信转录物[非标准]、线粒体RNA（丝裂原）、核糖体RNA（核糖）、，没有转录证据的基因组区域（仅基因组）、重复基因组区域（重复）和基因组中没有点击的标签。

**图2。**
规范标签的火山图。对于每个标签，转基因小鼠与野生型小鼠的表达水平之比(²对数刻度，x个-轴）相对于贝叶斯错误率绘制(¹⁰对数刻度，年-轴）。水平线表示应用的显著性阈值，3179个差异表达标签位于该线之上。图中显示，转基因小鼠和野生型小鼠（图的最左侧和右侧）之间平均差异最大的标签并不都显著（由于组内变异较大）。最显著的标记（图的顶部）通常在转基因和野生型之间显示出较小的表达差异，但由于相对较高的表达水平，因此测量非常准确，因此显示出较低的组内变异。

**图3。**
绝对表达水平（DGE）和微阵列信号强度之间的相关性。标记丰度的相关性（平方根转换；x个-轴）和强度[如（9）所述标准化]在五个微阵列平台上(年-轴）用于匹配ENSEMBL转录本，用于野生型样本1。图表中显示了皮尔逊相关性。ABI：应用生物系统；AFF：Affymetrix；ILL：照明；AGL：安捷伦；LGTC：家庭盆栽长寡核苷酸阵列。

**图4。**
评估DGE的精度和准确性。**（A）**来自野生型和转基因池的样品在三个不同的通道中进行测序。我们计算了转基因和野生型样品（技术复制品）之间的三个可能的独立对数比率。为了测量精度，我们确定了这些技术复制品之间的成对差异。这些差异的分布绘制为密度函数（黑线）。这也适用于安捷伦（红色）和家庭盆栽（蓝色）微阵列上测定的野生型与转基因比率的三个技术复制。我们通过随机选择21886个特征来平衡每个平台的观测数量。**（B）**作为准确性的测量，我们将DGE获得的转基因小鼠与野生型小鼠的表达记录比率进行了关联(x个-轴）相对于qPCR获得的结果(年-轴）。所有数据和引物序列都可以在补充表3.

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