BioVenn - a web application for the comparison and visualization of biological lists using area-proportional Venn diagrams

doi:10.1186/1471-2164-9-488

.2008年10月16日9:488。

doi:10.186/1471-2164-9-488。

BioVenn-使用面积比例维恩图比较和可视化生物列表的web应用程序

蒂姆·赫尔森¹, 雅各布·德弗利格, 维南德·阿尔凯马

附属公司

PMID： 18925949
预防性维修识别码：项目经理2584113
内政部： 10.1186/1471-2164-9-488

BioVenn-使用面积比例维恩图比较和可视化生物列表的web应用程序

蒂姆·赫尔森等。 BMC基因组学. 2008.

.2008年10月16日9:488。

doi:10.1186/1471-2164-9-488。

作者

蒂姆·赫尔森¹, 雅各布·德弗利格, 维南德·阿尔凯马

附属

¹计算药物发现，CMBI，NCMLS，Radboud University Nijmegen Medical Centre，PO Box 9101，6500 HB Nijmegen，The Netherlands。T.Hulsen@cmbi.ru.nl

PMID： 18925949
预防性维修识别码：项目经理2584113
内政部： 10.1186/1471-2164-9-488

摘要

背景：在许多基因组学项目中，产生了许多包含生物标识符的列表。通常，看到不同列表之间的重叠是有用的，这使研究人员能够快速观察他们正在分析的数据集之间的相似性和差异。可视化数据集之间重叠和差异的最常用方法之一是维恩图：由两个或多个圆组成的图，其中每个圆对应一个数据集，圆之间的重叠对应数据集之间的重叠。当维恩图是“面积比例图”时尤其有用，即圆和重叠的大小与数据集的大小相对应。目前还没有可用的程序可以创建连接到广泛生物数据库的面积-比例维恩图。

结果：我们设计了一个名为BioVenn的web应用程序，使用面积比例维恩图总结两个或三个标识符列表之间的重叠。用户只需在文本框中输入这些标识符列表，然后按下提交按钮。颜色和文本大小等参数可以通过web界面轻松调整。文本的位置可以通过“拖放”原则进行调整。输出的维恩图可以显示为嵌入在web应用程序中的SVG或PNG图像，也可以显示为独立的SVG和PNG图像。后一个选项对于批查询很有用。除了维恩图之外，BioVenn还输出每个结果子集的标识符列表。如果标识符被识别为属于某个受支持的生物数据库，则输出链接到该数据库。最后，BioVenn可以将Affymetrix和EntrezGene标识符映射到集成基因。

结论：BioVenn是一个易于使用的web应用程序，可以从生物标识符列表中生成面积-比例维恩图。它支持当前可用的最常用生物数据库中的广泛标识符。它在万维网上的实现使得它可以在任何具有互联网连接的计算机上使用，不依赖于操作系统，也不需要在本地安装程序。BioVenn位于http://www.comi.ru.nl/cdd/biovenn/。

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数字

图1
**三圈BioVenn图的构造**.生成三圈BioVenn图的方法。考虑到圆的大小和重叠，计算每对圆的中心之间的距离。利用这些距离将每对圆放在一起。然后将三个圆放在一起，生成一个不仅有两个圆重叠而且有三个圆重叠的三圆图。

图2
**BioVenn输入页面**BioVenn输入页面，包含三个Affymetrix探针标识符列表的示例。

图3
**BioVenn图示例**PubMed对术语“生物信息学”、“基因组学”和“系统生物学”进行比较后得出的BioVenn图。

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[1] 关于命题和推理的图解和机械表示法。哲学杂志和科学杂志。1880;9:1–18.

[2] 关于命题和推理的图解和机械表示法。哲学杂志和科学杂志。1880;9:1–18.

[3] Chow S，Ruskey F.图形绘制。第2912卷。柏林/海德堡：施普林格；2004.绘制面积比例维恩图和欧拉图；第466–477页。

[4] Chow S，Ruskey F.图形绘制。第2912卷。柏林/海德堡：施普林格；2004.绘制面积比例维恩图和欧拉图；第466–477页。

[5] 威尼斯。用于将列表与维恩图进行比较的交互式工具http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

[6] 威尼斯。用于将列表与维恩图进行比较的交互式工具http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

[7] Pirooznia M、Nagarajan V、Deng Y.GeneVenn–使用维恩图比较基因列表的web应用程序。生物信息。2007;1:420–422.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Pirooznia M、Nagarajan V、Deng Y.GeneVenn–使用维恩图比较基因列表的web应用程序。生物信息。2007;1:420–422.-项目管理咨询公司-公共医学

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