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.2008年10月15日;24(20):2395-6.
doi:10.1093/bioinformatics/btn429。 Epub 2008年8月12日。

SeqMap:将大量寡核苷酸映射到基因组

附属公司

SeqMap:将大量寡核苷酸映射到基因组

汇江等。 生物信息学. .

摘要

SeqMap是一种将大量短序列映射到基因组的工具。它被设计用于查找参考基因组中每个序列可能来自的所有位置。这项任务对于分析超高通量测序机的数据至关重要。通过精心设计的索引过滤算法和高效的实现,SeqMap可以将数千万个短序列映射到数十亿个核苷酸的基因组中。序列中核苷酸碱基的多次替换和插入/缺失可以耐受,因此可以检测到。SeqMap支持FASTA输入格式和各种输出格式,并提供了用于调优映射过程几乎每个方面的命令行选项。典型的映射可以在台式PC上几个小时内完成。在集群上并行使用SeqMap也非常简单。

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