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.2007年3月;4(3):207-14.
doi:10.1038/nmeth1019。

提高大规模蛋白质质谱鉴定可信度的目标经济搜索策略

附属公司

提高质谱大规模蛋白质鉴定置信度的目标诱饵搜索策略

约书亚·E·埃利亚斯等。 Nat方法. 2007年3月.

摘要

液相色谱和串联质谱(LC-MS/MS)已成为进行大规模蛋白质组调查的首选方法。然而,由于各种原因,串联质谱(MS/MS)光谱的自动解释可能存在问题。由于大多数序列搜索引擎甚至返回“不匹配”光谱的结果,蛋白质组研究人员必须设计方法来区分正确和错误的肽识别。target-decoy搜索策略代表了管理此工作的一种简单有效的方法。尽管这种方法表面上很简单,但其成功应用仍存在一些争议。在这里,我们通过基于观察到的诱饵命中频率解决四个问题来阐明我们的首选方法:(i)使用此数据库搜索策略所做的主要假设是合理的;(ii)与单独的目标数据库和诱饵数据库搜索相比,级联目标数据库搜索更可取;(iii)可以估计与目标诱饵假阳性(FP)率测量相关联的理论误差;以及(iv)一旦考虑到某些因素,构建诱饵数据库的替代方法也同样有效。

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